永元五年（93年），匈奴单于於除鞬叛乱，刘肇派遣遣中郎将任尚平定於除鞬。同年，武陵郡兵大破武陵蛮，护羌校尉贯友讨伐烧当羌使其遁逃，南单于安国叛乱为骨都侯喜斩杀。永元六年（94年）七月，西域都护班超大破焉耆、尉犁，西域降附者五十余国。
同年，南匈奴逢侯单于率胡兵出塞叛乱，九月，刘肇以光禄勋邓鸿为主将，统帅越骑校尉冯柱、行度辽将军朱徽、使匈奴中郎将杜崇征讨匈奴叛军，十一月，护乌桓校尉任尚率乌桓、鲜卑大破逢候单于，冯柱遣兵追击复破之。
永元八年（96年）五月，南匈奴右温禺犊王叛乱寇边，七月，行度辽将军庞奋、越骑校尉冯柱追讨叛军，斩杀右温禺犊王。同年五月，车师后王叛乱。永元九年（97年）三月，西域长史王林击破车师后王并杀之。 同年八月，羌人侵犯陇西杀长史，刘肇派遣征西将军刘尚、越骑校尉赵世等平定羌乱。
永元十三年（101年）八月，护羌校尉周鲔讨伐烧当羌，大破之。 十一月，鲜卑侵犯北平进入渔阳为渔阳太守击破。十二月，巫蛮叛乱侵犯南郡， 永元十四年（102年）四月，刘肇派遣使者都督荆州兵迫降巫蛮。永元一朝，武功赫赫，开疆拓土，四夷宾服。
汉章帝时，居巢侯刘般逝世，按规定应由长子刘恺袭爵，但为满足父亲的遗愿，他坚持让弟弟刘宪袭封，自己则逃往外地。执政官上奏请示收回刘恺封国，章帝嘉其义，特许等待他。而刘恺始终没有回来，十多年后，执政官又提起此事。
对此，侍中贾逵上书说：“孔子曾说‘能以礼让，治理国家有什么难的呢？’有司没有推究刘恺此举的乐善之心，而是以平常之法加以处理，这样做恐怕不能助长礼让的风气，成就宽弘的教化啊！刘肇”深以为然，下诏说：“王法崇善，成人之美。”于是不仅同意刘宪袭爵，而且征刘恺为郎。
刘肇十分体恤民众疾苦，多次诏令理冤狱，恤鳏寡，矜孤弱，薄赋敛，告诫上下官吏认真思考造成天灾人祸的自身原因。而他也常常以此自责，如永元八年（96年）京城洛阳地区发生蝗灾，他下诏首先说：“蝗虫之异，殆不虚生，万方有罪，在予一人。”忧民之心，殷殷可见。
岭南（今广东地区）出产生龙眼、荔枝，为了满足朝廷需要，往往“十里一置，五里一候，昼夜传送”，经风历险，劳民伤财。唐羌上书，请求停止，刘肇批示：“远国珍羞，本以荐奉宗庙，苟有伤害，岂爱民之本？其敕太官勿复受献！”爱民之意，发自肺腑。
永元九年（97年），甘英奉西域都护班超之命出使大秦（罗马帝国）。甘英率领使团一行从龟兹（今新疆库车）出发，经条支（今伊拉克境内）、安息（即波斯帕提亚王国，今伊朗境内）诸国，到达了安息西界的西海（今波斯湾）沿岸。这次出使虽未到达大秦，但增进了中国人当时对中亚各国的了解。
范晔《后汉书》：①“自中兴以后，逮于永元，虽颇有弛张，而俱存不扰，是以齐民岁增，辟土世广。偏师出塞，则漠北地空；都护西指，则通译四万。岂其道远三代，术长前世？将服叛去来，自有数也？” ；②“孝和沈烈，率由前则。王赫自中，赐命强慝。抑没祥符，登显时德。”
《东观汉记》：“孝和皇帝，章帝中子也，上自歧嶷，至於总角，孝顺聪明，宽和仁孝，帝由是深珍之，以为宜承天位，年四岁，立为太子，初治尚书，遂兼览书传，好古乐道，无所不照，上以五经义异，书传意殊，亲幸东观，览书林，阅篇藉，朝无宠族，惠泽沾濡，外忧庶绩，内勤经艺，自左右近臣，皆诵诗书，德教在宽，仁恕并洽，是以黎元宁康，万国协和，符瑞八十馀品，帝让而不宣，故靡得而纪。”
司马彪《续汉书》：“孝和年十四，能折外戚骄横之权，即昭帝毙上官之类矣。朝政遂一，民安职业，勤恤本务，苑囿希幸，远夷稽服，西域开泰，郡国言符瑞八十余品，咸惧虚妄，抑而不宣云尔。”《帝王世纪》：“孝和之嗣世，正身履道，以奉大业，宾礼耆艾，动式旧典，宫无嫔嫱郑卫之燕，囿无般乐游畋之豫，躬履至德，虚静自损，是以屡获丰年，远近承风。”
苏顺：“天王徂登，率土奄伤，如何昊穹，夺我圣皇，恩德累代，乃作铭章，其辞曰：恭惟大行，配天建德，陶元二化，风流万国，立我蒸民，宜此仪则，厥初生民，三五作刚，载藉之盛，著於虞唐，恭惟大行，爰同其光，自昔何为，钦明允塞，恭惟大行，天覆地载，无为而治。
冠斯往代，往代崎岖，诸夏擅命，爰兹发号，民乐其政，奄有万国，民臣咸祑，大孝备矣，閟宫有侐，由昔姜嫄，祖妣之室，本枝百世，神契惟一，弥留不豫，道扬末命，劳谦有终，实惟其性，衣不制新，犀玉远屏，履和而行，威棱上古，洪泽滂流，茂化沾溥，不玦少留，民斯何怙，歔欷成云，泣涕成雨，昊天不吊，丧我慈父。”
黄香：“惟永元之盛代，圣皇德之茂纯，躬烝烝之至孝，崇敬顺以奉天。以三载之孟春，建寅月之上旬，皇帝时加玄冕，简甲子之元辰。皇舆幸夫金根，六玄虬之连蜷，建螭龙以为旗，鸣节路之和銮。既臻庙以成礼，乃回轸而反宫，正朝服以享燕，撞太蔟之庭钟。祚蕃屏与鼎辅，暨夷蛮之君王，咸进爵於金罍，献万寿之玉觞。”
崔瑗：“玄景寝曜，云物见徵，冯相考妖，遂当帝躬，三载四海，遏密八音，如丧考妣，擗踊号吟，大遂既启，乃徂玄宫，永背神器，升遐皇穹，长夜冥冥，曷云其穷。”李贤：“凡瑞应，自和帝以上，政事多美，近于有实，故书见于某处。自安帝以下，王道衰缺，容或虚饰，故书某处上言也。”
苏辙：“黄帝、尧、舜，寿皆百年，享国皆数十年。周公作《无逸》，言商中宗享国七十五年，高宗五十九年，祖甲三十三年。文王受命中身，享国五十年。自汉以来，贤君在位之久，皆不及此。西汉文帝二十三年，景帝十六年，昭帝十二年。东汉明帝十八年，章帝十三年，和帝十七年，唐太宗二十三年。此皆近世之明主，然与《无逸》所谓‘不知稼穑之艰难，不闻小人之劳，惟耽乐之従’，“或十年，或七八年，或五六年，或四三年”者，无以大相过也。”
钱时：“西京自成帝而下，皆制于王氏，竟致移国，固不足论。以孝宣之英明而诛霍氏甚易，然亦往往大费区处，然后甫定。和帝才十四岁耳，一指顾间，去诸窦如磔鼠，且其方略措置精密详练，以是而论，岂非有汉之英君哉。
然自此以后，乃浸微浸消，终已不竞，何也？谋不出于王公大人，而出于阉官，谋之所出者，权之所归故也。今日之事，虽明典宪，惬公论，观其机，伏而不露，毒发而莫测，即阴谋巧计者之所为，与他时祸国实同一根，是以和帝能去外戚之奸，而宦官用权自此始为汉氏膏肓之疾。悲夫。”
胡寅：“孝和幼冲即位，年十有四而能诛锄窦宪，自是大柄在手，威权不失，后十六七年间亦无大过举，尊崇儒术，友爱兄弟，优礼贤者，克纳嘉言，四夷希侵，中国绥靖，方之章帝实乃过之，而作史者未能铺张扬厉，旷阙多矣。”
洪迈：“汉昭帝年十四，能察霍光之忠，知燕王上书之诈，诛桑弘羊、上官桀，后世称其明。然和帝时，窦宪兄弟专权，太后临朝，共图杀害。帝阴知其谋，而与内外臣僚莫由亲接，独知中常侍郑众不事豪党，遂与定议诛宪，时亦年十四，其刚决不下昭帝，但范史发明不出，故后世无称焉。”
范光宙：“两汉主以冲年知尊礼大臣而诛锄权奸者，前称昭而后称和。夫主上贵察而断，忠佞之不办，非察也；刑赏之不果，非断也。孝昭践祚甫十四，而上官之诈、大将军之忠能鉴别如薰莸，然今以窦宪之恶而帝能与秘臣谋诛之，歼大憝於君侧而官禁为之肃清，至於尊礼袁安，引用陈宠，而鲁丕、贾逵之徒群而论难於前。
夫帝固冲主也，而即位之初遽能去奸而进贤，其睿谋雄断岂下孝昭哉？独诛宪之举谋及郑众，权奸虽除而阉竖用事，遂为东汉基祸之主，人谓帝拒一虎而进一狼，葢诚然哉，是故论汉和者，重予之而又重惜之。”
