目前市面常见的过滤形式有：上部过滤、底缸过滤、内置式过滤器、底沙过滤、外置过滤桶
- 上部循环过滤（上滤）
上滤是放置于水族箱上面，潜水泵将水抽入上滤槽内，水流通过过滤棉、生化棉、各种滤材后再由底部的出水管流回到水族箱内。
这是最常见的过滤方式，大多数成品缸配套的是这种过滤方式。在鱼缸顶部靠近灯管位置有一过滤槽，在过滤槽内可以放置过滤棉、活性炭、玻璃环等，潜水泵将水抽入过滤槽，再由过滤槽底部的出水口流回到水族箱内。上部过滤器的最大优点是清洗方便，当过滤材料很脏时，可以很方便地取出进行清洗。最大的缺点是因空间所限，过滤槽的容积小，放的滤材较少，因而过滤功能较弱。上部过滤系统不适用于种植水草，水流会减少水族箱中二氧化碳的滞留时间，同时过滤器的水流还会将空气中的氧气大量带入水中，水中容氧量增加，会使喜好氧气的藻类大量生长，影响水族箱的观赏效果。
优点：价格便宜、结构简单、清洗和维护都很方便。由于在鱼缸上部，对过滤器的维护非常方便；可以将缸内不太理想的水质从鱼缸内物理隔离开来，大大减少鱼缸有机物含量，降低生物过滤的压力，这点是其他方式的物理过滤所不能代替的。
缺点：占用鱼缸上面空间、影响水族箱的美观度，内部空间有限放置滤材相对较少从而生化过滤效果一般，但不利有益菌生长。另外，由于上滤过水面积大、水流湍急会增加CO2的逃逸，如果是喷淋进水的话将更严重，因此不适于种植水草的水族箱。
3 内置式过滤(沉水式过滤器)
内置过滤器是泵与过滤盒连接在一起并安置在水中使用，在过滤盒内部安放有各种滤材（一般以生化棉为主），用于培菌。
内置式过滤由潜水泵与过滤槽直接连接在一起，沉在水中，在过滤槽内有一块卷筒状的过滤棉缠绕在一个漏网的圆柱上，在圆柱的内部有许多生物球，便于硝化菌的附着。内置式过滤器的最大优点是声音轻，水流方向可以根据需要进行调节，适应以水草为主的水族箱用。内置式过滤器的出水口有下个连接二氧化碳的入气口，二氧化碳可以经过此口进入水中，二氧化碳经过水流的冲击，可以很均匀地分散到水族箱的每个角落，被水草吸收。但是，机械过滤杂质的效果不如上部过滤器，因为，过滤后的污物，附着在过滤棉上浸在水中，容易造成二次污染。内置式过滤器清洗也很方便，只要将内部的过滤棉取出清洗即可，由于内置式过滤器的表面与水的接触面比较大，它的单位面积的吸水功率小，最适宜小型鱼缸、饲养小型鱼类和鱼类繁殖期间使用，或作为鱼缸的辅助泵造流使用。
优点：使用简便容易安装、水流方向可以根据需要随意调节、适用于以水草为主的小型水族箱。
缺点：占用一定的缸内空间、由于安置在水中导致过滤到的污物长期滞留在水中，对水体造成二次污染、清洗时需要从水中取出会造成大量的污物重新回落到缸内、过滤效果有限很难独立完成过滤工作。
3底沙过滤：
用一层较厚的细沙将相连通的、管身锯有细小裂纹的水管埋在缸底，
水流在水泵的吸力下经过细沙过滤进入沙底的水管，再被抽至水族箱的上层水面，这种过滤方式常被用在草缸中。 其优点是初期比较美观，但因鱼饵、鱼便积压在沙中无法及时清除，时间长了沙易变黑，积压的有机质、氨氮等超过了硝化系统的处理能力，造成鱼缸水质日益恶化而鱼病不断，整缸清洁时也很麻烦。
优点：单位体积下比同体积的石头表面积多1000倍、 水流使培菌砂充分搅拌滚动，溶氧量高，完全无死角、 培菌砂不停的滚动，可不断地促进整个硝化细菌菌群的新陈代谢、免清洗、免更换滤材，维謢工作简单经济、寂静无声、不占空间，安装简便、迅速、机动性强，拆装容易 、可随时支持新缸或危险状态缸的抢救工作。
缺点：基本无物理过滤功能，不能独立完成过滤工作、进入流沙过滤的水流需要先经过物理过滤否则容易阻塞。
4 底缸过滤
在放置鱼缸的桌下有一盛放滤材的小缸， 小缸被分成几格以放置不同滤材，水从缸顶溢下，经过不同的滤材或器材后再被抽回缸内。在形式上分为三角溢流、方形溢流、圆形溢流、三重溢流管溢流、不打孔溢流等多种形式。因盛放滤材的空间大，所以硝化过滤功能强，比较适合饲养中、大型鱼，且清洁、更换滤材便利。
优点：物理生化过滤完美搭配、增大了整个系统的水体，更有利于保持水质的稳定。底缸空间较大可以放置更多的过滤材料。底缸有更多的空间可以放置各种器材，使主缸更整洁美观。换水等操作可以在底缸进行，有效减少对缸内生物造成的影响。
缺点：主缸水位不易调解、结构复杂，制作成本较高、下水调解不当容易产生噪音、容易造成底柜潮湿、水泵扬程变长功率也会相应增大，耗电量也会增加。
5 背滤与侧滤
在鱼缸的背部或侧部用玻璃隔出一部分做过滤，其内部分成几小格用于放置滤材（或过滤设备）和循环泵，一边设有溢流口，当水泵把水从过滤部分抽向鱼缸时，鱼缸溢出的水通过溢流口流入过滤部分的第一格，在隔板引导下“从上到下的”或“从下到上的”流到里面的各种滤材，水从最后一格流过水泵再次送入鱼缸，循环往复。
优点：和鱼缸还有过滤形成一个整体，不需另外空间形象美观。
缺点：占用了鱼缸的部分空间，缸内的空间会减少、受鱼缸宽度或长度的限制，放置过滤材料也受限制、水分的蒸发会引起水泵所在间隔的水位较快降低，需要频繁补水。
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