公元前221年，秦始皇完成了对东方六国的统一，可谓“秦王扫六合，虎视何雄哉”。而摆在秦始皇面前的问题是：这个庞大的帝国的应该如何管理？采取什么样的制度？这时候丞相王绾给始皇帝出了一个建议：恢复封建制度。他说：“诸侯初破，燕、齐、荆地远，不为置王，毋以填之。请立诸子，唯上幸许。”。
秦始皇
秦始皇觉得这个问题值得商议，因此召开了一场廷议。在廷议中，大部分大臣都支持实行分封制。然而，这时候的廷尉李斯却提出了不同的意见。首先，他提出周朝实行分封制是一个错误的决定，导致“相攻击如仇雠，诸侯更相诛伐，周天子弗能禁止。”。随后又阐明帝国统一后，实行郡县制，“甚足易制，天下无异意”，是“安宁之术”。因此反对实行分封制。秦始皇也十分赞同李斯的观点，最终在全国推行郡县制，分天下为三十六郡。
然而，东方一带的儒生们却一直没有放弃实行郡县制的想法。儒家是一个较为保守的学术派别，他们总是希望恢复周代的礼乐制度和等级秩序，这些制度就包括分封制、井田制和世卿世禄制等。然而这种思想已经不符合时代的潮流了，一味的抱残守缺无异于自寻死路。
孔子
公元前214年，秦始皇在咸阳宫大宴群臣，而这时候儒生又旧话重提。博士淳于越说“臣闻殷周之王千馀岁，封子弟功臣，自为枝辅。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒有田常、六卿之臣，无辅拂，何以相救哉”。也就是建议秦始皇学习商周，实行分封制，以便战乱时候有子弟相救。
秦始皇为此再次召开廷议。此时李斯已经当上了丞相，他再一次反驳了儒生的观点。他认为时代是在不断进步的，不需要效仿前朝，“五帝不相复，三代不相袭，各以治”。并将攻击点直接指向了儒生，认为他们“不师今而学古，以非当世，惑乱黔首”，最后建议秦始皇“非博士官所职，天下敢有藏诗、书、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。”。最终秦始皇同意了李斯的建议，实行了一次“焚书”事件。
李斯
在秦国历史上，这并非第一次“焚书”。早在商鞅变法时期，就主张禁止儒家思想的传播，将儒家的礼乐、仁义、诚信、孝悌等称之为“六虱”。他实行“燔诗书而明法令”的政策，以加强思想控制。后来韩非子也将儒家斥责为“五蠹”之一。商鞅、韩非子、李斯都是法家的代表人物。法家主张顺应潮流，变法图强，因此十分反对儒家“言必称尧舜”、“法先王”的复古思想观。法家的思想迎合了秦始皇加强中央集权和君主专制的目的，因而得到了重用。实行分封制是不利于中央集权的，因而最终被否定。
焚书坑儒
可是儒生们还没有醒悟，依然抱有幻想。两年后，秦始皇因为被术士卢生、侯生欺骗，因而大怒，决定将咸阳的文学方术士赶尽杀绝，儒生自然也在其中。这就是历史上的“坑儒”事件，总共坑杀诸生460人，引起了朝野震动。太子扶苏还劝告秦始皇，“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。”。结果也惹了始皇帝的不满，将扶苏发配到河南地（河套地区）。
从“焚书坑儒”的事件可以看出，儒家的“恢复周礼”已经不符合了秦始皇的统治需求和时代潮流。这件事情之后，秦朝和儒生走向了决裂，许多儒生加入了反秦的行列。同时，儒生也开始积极吸收法家的思想，对儒学进行了改造，最终建立了新儒学的体系。
