鸭的消化器官包括喙、口腔、舌、咽、食道、胃（腺胃和肌胃）、小肠、大肠、盲肠、泄殖腔以及附属器官和肝脏、胆囊和胰腺等。
1.喙、口腔与舌
鸭的口腔前部为角质的喙，扁平形，末端为圆形，便于啄食饲料，喙被覆有角质膜，大部分为较厚而又柔软的皮肤，称为蜡膜。上、下喙边的角质板形成锯齿状的许多横褶，便于鸭在水中采食食物后将泥水从喙的两侧滤出，而将食物留在口腔内。在横褶的蜡膜以及舌的边缘上，分布着丰富的触觉感受器。口腔的顶壁为硬腭，因无软腭，硬腭向后与咽的顶壁直接相连，合称口咽腔。
2.咽
鸭没有牙齿，采食方式为吞食，饲料进入口腔后随即咽下。由于鸭的唾液腺不发达，加之无咀嚼，所以鸭采食时常常需饮水，以湿润食物，帮助吞咽。鸭吞食时靠抬头伸颈，借助重力、食道壁肌肉的收缩力以及食道内的负压将食块和水咽下。
3.食道
鸭的食道是一条从咽到胃、细长而富有弹性的管道，食道壁由外膜、肌膜和黏膜构成，食道腺位于黏膜下，可以分泌黏液。鸭食道下端为膨大部，呈纺锤形，可贮存大量纤维性饲料，并有润滑和软化食物的作用，所以鸭具有很强的耐粗饲和觅食能力。鸭吞咽食物时抬头伸颈借助重力、食道壁肌肉的收缩力以及食道内的负压将食物和水咽下，到达食道膨大部并停留24小时后，逐渐向后流入胃内。
4.胃
鸭胃分腺胃和肌胃两部分。腺胃也称前胃，呈纺锤形，体积很小，但消化腺特别发达，可分泌胃液。胃液中含有蛋白酶和盐酸，能消化蛋白质和分解矿物质。食物在腺胃内与胃液混合，经短时间停留后进入肌胃。肌胃也能分泌具有消化作用的胃液。
肌胃俗称“砂囊”，是禽类特有的器官。鸭的肌胃又称鸭肫。肌胃的胃壁很厚，呈侧扁圆形，表面覆有腱质，肌肉发达，收缩力强，主要是对食物起磨碎作用。肌胃的磨碎作用，一是靠肌肉强有力的收缩；二是靠肌胃内一层很厚而结实的黄色角质膜（也称内金），此膜在磨碎饲料中起机械作用，又能保护肌胃黏膜不受坚硬饲料的损伤；三是靠采食时吞进的沙砾。
这些沙砾在肌胃内滞留的时间较长，增加了肌胃的磨碎作用，使鸭能有效地利用谷物和粗饲料。如将沙砾除去，消化率会降低25%～30%，粪便中也可见到整粒的谷物，俗称“过料”。所以，在配合饲料中要加入2%的沙砾，或在舍内放置砂槽任鸭自由采食。
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