剧透预警：本文含少量《生化危机 8：村庄》结局剧透，请酌情阅读。
《生化危机》的基调一直都简单直接。系列建立在 1998 年发生在阿克雷山区的事件之上。所有一切都始于一次简单的训练任务出了差错。STARS Alpha 小队，浣熊市警局的一只特战小队前往调查在斯宾塞洋馆失踪的 Bravo 小队。这座洋馆属于保护伞公司创始人斯宾塞名下的财产。这座洋馆内发生的故事，在随后的续作中一步步发展扩大，逐渐展现出保护伞公司的巨大影响力。
《生化危机》系列真正的恐怖来源，深深隐藏在变成丧尸的普通民众与保护伞公司员工之下。真正让人感到恐怖的，是那些影射现实生活的游戏事件。毕竟，丧尸是虚构的，但在美国政府支持下对不知情民众和对象进行的科学实验却是真实存在的。这便是《生化危机》最让人切身实际感到恐怖的地方。系列作品从全球资本主义以及优生主义等概念中找到了灵感，打造出了一个接近现实生活的世界。
「优生学」这个词最早由弗朗西斯·高尔顿爵士在 1883 年创造，与阶级主义和种族主义密切相关。主要概念是相信高等基因能够「改良」人种。这个方法和概念此后相继被纳粹德国、日本帝国，以及美国所采纳。美国在 1900 年代出现了数次由卡内基科学研究所等机构推动的相关运动。优生学的支持者，无论是个人、组织还是政府，总是会试图用科学语言来让这个理念合法化。
自从初代《生化危机》在 1996 年发售之后，已经诞生了多个媒体上的大量续作和衍生作品。其中包括小说、设定相关的画册甚至是与剧情紧密相关的 CGI 电影，这些作品都详尽地解释了保护伞公司与政府之间的关系。系列游戏在此地基上建立起了一个形如洋馆的《生化危机》世界观，十款主要作品之间的剧情千丝万缕穿插在一起。营造出了一种由全球资本主义推动非道德科学实验带来的恐怖感，保护伞公司毋庸置疑地是系列的主要反派。
《生化危机 3》中揭露了保护伞公司的主要动机便是优生主义。随后的《生化危机 0》等作品都进一步揭示了更多 T 病毒泄露进而演变为全球灾难的内幕。这些剧情设定都有关于这家公司的核心理念，他们在始祖病毒的基础上不断设计改造，用于 W 计划、也就是威斯克计划这样的优生项目中。保护伞公司成立的初衷便是募集资金来进行这个项目。当时的主要剧情还是有关于这个计划背后的政府合作与阴谋论，后续成为系列反派阿尔伯特·威斯克的背景故事。阿尔伯特·威斯克这个角色的设计，苍白的皮肤加上一头金发，很难不让人联想到纳粹德国推行的「超人主义」形象，生动地代表了系列的核心主题。威斯克本人就是保护伞公司创始人奥斯威尔·E·斯宾塞所推行的优生学项目的实际成果。
在《生化危机》系列的历史中，曾有过不少关于此事的讨论。游戏内的文件里有所提及，游戏之外日本地区独占发行的「《生化危机》完美攻略」等材料中也有介绍。在《生化危机 5》中，玩家深入了解了斯宾瑟创立保护伞公司的初衷，以及他们所打造出的病毒。在一段斯宾塞与威斯克两人的过场动画中，斯宾塞向威斯克揭露出他其实是寻找新一代超级人类项目的试验品。在这部游戏的结尾部分，玩家要在一场激烈的战斗中迎战威斯克，只要打得够久，他便会开始吐露自己的真实计划。
威斯克在《生化危机 5》中的独白，包含了许多常见的社会达尔文主义者会引用的，源自弗里德里希·尼采提出的「超人主义」的理论。全面展现出了威斯克这名角色外貌包含的隐喻以及他代表的思想理念。尼采本人并没有把这个理论传给纳粹，他在后者成立几年前就已过世，但他的姐姐却把这个理念带给了这帮狂热分子。「超人主义」的概念从此被用来巩固白人至上主义者的立场。威斯克的这段独白，再加上系列前作中的其他故事线，打造出了一种超脱游戏视觉观感，真正让人不寒而栗的恐怖感。
《生化危机 6》在此基础上更进一步，明确了美国政府与反复崛起的保护伞公司之间有着千丝万缕的连系，而这个关系自从系列初代作品以来就一直不断在关键剧情部分出现。《生化危机 6》系中的主要反派之一是德雷克·西蒙斯，他在游戏中担任当时总统的国家安全顾问。正是他做出了使用温压弹摧毁浣熊市的决定，借此抹除了许多保护伞公司与美国政府有关联的证据。《生化危机 6》中回顾了这次事件，西蒙斯在这次病毒暴发中扮演了关键角色，并且还在多年后阻止事实公之于众。
高能预警：下方两段文字中将描绘现实生活中帝国主义政府默许的暴行。
在现实生活中，各国之间为了交换情报也发生过类似的事件。例如在回形针行动中，美国情报组织招募纳粹科学家来帮助军队发展。相关文件在 50 年后解密的 CIA 档案中才被披露出来。
日本帝国在侵华战争期间成立了 731 部队，专为日本政府测试和制作细菌武器。部队番号「日本关东军驻满洲第731防疫给水部队」，掩盖了这支部队真正的目的。他们的研究包括如何制造出投向中国平民引发瘟疫的「细菌炸弹」，并且还在实战中进行了测试。在 1995 年，纽约时报刊登的一篇专栏采访揭秘了这支部队的大部分研究，其中详细揭露了 731 部队进行的许多实验。这篇文章还揭秘出美国政府为交换情报，刻意隐藏了绝大部分信息。许多 731 部队的指挥官都得以在战后脱身，他们在 731 部队乃至日本帝国犯下的战争罪行都没有追究。
《生化危机》或许没有借鉴这些事件，但游戏中展现出的保护伞公司用无辜雇员与平民来进行实验，总有一种让人恶心的相似感。在上述 731 部队老兵采访中有这么一段话，一位前科学家称只要他们相信儿童的父母是间谍，就觉得用儿童来进行人体试验没有不妥。报道中披露了许多非人道实验，大多数都与战争罪无异。而《生化危机 5》中的剧情与其无不相似。保护伞公司利用非洲作为测试地点来进行病毒研究，处处影射出历史上发生过的这些骇人事件。
最新的《生化危机》作品中已经很少明确出现这样的主题了。《生化危机 7》中打造出了一个认知力更强的生化武器伊芙琳，通过最后才出现的蓝保护伞公司将其与之前的保护伞公司勉强联系起来，游戏还介绍称他们正与 BSAA（生化恐怖防御与评估联盟组织）合作。然而这些组织都没有进行更多介绍。
虽然《生化危机 7》中缺少系列核心的思想隐喻，《生化危机：村庄》中再度拾起了这个主题。随着《生化危机：村庄》剧情逐渐接近尾声，玩家会逐渐接触到 BSAA 内部一只脱离组织的猎狼小队，以及他们与本作各个事件之间的关联。系列主要角色之一的克里斯·雷德菲尔德正是这只小队的领导者，他得知 BSAA 正利用「有机生物兵器」来清除剩下的生化有害物。在《生化危机 5》中，克里斯·雷德菲尔德和吉尔·瓦伦蒂诺已经得知了 BSAA 的腐败内幕，Tricell 公司一直是这个反生化恐怖组织背后的主要资助者。《生化危机 5》之后的其他系列作品中，这个剧情就很少有所提及，直到《村庄》才终于将这个剧情线接续下去。
《生化危机》系列有机会重新拾起前作所探讨的主题，这种让许多人如今都感到汗毛直立的主题。虽然阿尔伯特·威斯克所代表的斯宾塞通过优生主义创造新一代人类的野心，已经被玩家亲手埋葬；《生化危机：村庄》却又重新开启了一条已经为玩家所淡忘的故事线，BSAA 及这个组织可能的秘密动机。BSAA 利用蓝保护伞公司的研究成果来使用「有机生物兵器」的剧情直让人联想到初代游戏，其中已经暗示了保护伞公司与政府勾结研究生化兵器。这条剧情线同样有望向系列已经引入的另一个主题发展：对军事例外主义的批判。这个主题，与资本主义利用军事力量奉行帝国主义等密切相关。更为重要的是，这些军事力量都为那些最有财力和权势的势力服务。
《生化危机》系列最出名的是其中的恐怖元素 —— 阴森的走廊、成群的不死丧尸等，但让这个系列真正成为经典的就是其中不断映射我们现代社会担忧事物的剧情：优生主义、白人至上主义、军工结合体、以及资本主义。这些理念组合在一起，打造出了一个比丧尸和廉价 Jump Scare 还要恐怖得多的故事。这种深入骨髓的恐怖感，在初代游戏诞生近 30 年后都未曾消散。
