元文宗图帖睦尔在燕帖木儿的帮助下终于第二次登下了皇帝位，文宗再次即位后，就更加倚重燕帖木儿。为了表彰燕铁木儿特意追封燕帖木儿的祖上及其父母，并命人在大都北郊刻石记录其功绩。元文宗任命他为中书右丞相后，还特意取消了左丞相，以示独尊。同时还昭告天下，凡是帝国的号令、选法、刑名、钱粮、造作等百务，都要听从燕铁木儿总裁，百官不得越过奏事。
其实燕帖木儿原是忠诚于元武宗海山家族的，对他来说海山的二个儿子和世㻋或图帖睦尔即位对他来说应该都一样的，且元明宗和世㻋也对燕帖木儿不薄，在哈拉和林的登基大典上就许与最高官阶了，那样为啥后面燕帖木儿会不顾一切的倒向图帖睦尔呢？
其实早在图帖睦尔赶到大都先和世㻋即位之时，图帖睦尔就已经“做通了”燕帖木儿的工作了，让他不顾一切，完全倒向自己的一边。同时明宗和世㻋即位之后肯定会重要自己在中亚时的各种支持势力，以及自己的人马。肯定不会像文宗那样信任燕帖木儿，更不会在任命官员的问题上听从他的意见。
燕铁木儿的军事才干值得肯定，但在政务方面可谓昏庸至极。他在掌握大权后，“挟震主之威，肆意无忌”，让中书省臣奏请赐给自己安丰等路封户，龙庆州之园池、水硙、土田，嘉兴、平江等处田地，占有了大量财富。
同时，他还以享乐敛财为务，比如娶泰定帝皇后为夫人，又先后娶40余名宗室女子为妻妾。传说燕铁木儿在府中建水晶亭，墙壁皆为水晶，镂空注水，养五色鱼。
燕帖木儿的所作所为让元朝本已捉襟见肘的财政状况继续恶化。而在选定皇位继承人的问题上也积极干预。
元文宗图帖睦尔在1329年立自己的长子阿忒纳答剌为皇太子，然而次年阿忒纳答剌却因病夭折了，这下子，文宗一病不起了。临终前，元文宗对于自己毒杀兄长之事，追悔莫及。于是，遗诏传位于侄子妥欢帖睦尔。然而，燕帖木儿又怎么会立妥欢帖睦尔为帝呢？为了方便自己继续把持朝政，燕铁木儿无视元文宗的遗诏，转而立元文宗7岁的幼子懿璘质班为皇帝，是为宁宗。
然而，人算不如天算，元宁宗懿璘质班在位仅43天就病逝了。宁宗驾崩后，燕帖木儿还想立元文宗次子燕帖古思为帝。但是文宗皇后不允许，她坚持尊从元文宗遗诏立妥欢帖睦尔为帝，13岁的妥欢帖睦尔被迎回大都。文宗皇后开始短暂地临朝称制。由于，燕帖木儿是当年谋杀明宗的主谋之一，对年纪渐长的妥懽帖睦尔充满了防范，因此迟迟不肯举行登基大典。在皇位空缺期间，一切军国重事均决于燕帖木儿，实际上拥有皇帝之权。后燕铁木儿以荒淫过度身死，妥欢贴睦尔才得于1333年六月即皇帝位于上都，即元惠宗。
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