明、清时期，朝廷都有派遣官员到地方处理临时事务的惯例，清朝尤其频繁，所以清朝对钦差大臣的规定也较为完善。跟一般官职不同，钦差大臣是朝廷临时加派的职位，他们处理事务后，就会被裁撤。当这些钦差大臣被派往地方后，他们跟地方官的关系就十分微妙。
清朝的时候，朝廷派遣钦差大臣，很重要一个目的就是希望能制约地方督抚的权力。在整个清朝历史中，地方督抚权力在不断扩张。
他们原本只是掌握地方军政大权的二品官员，但是在发展过程中，总督挂衔从一品官职，巡抚也兼职成为正二品。它们不仅地位提高，权力也在增长。它们不仅真正获得实际意义上的地方军政大权，还将权力渗透到原本职权规定以外的领域。
它们逐渐拥有对州县官员的任免。如果任其发展，不受约束，督抚就拥有跟朝廷叫板的权力。朝廷一面缩短总督、巡抚的任期把他们调到不同地方任职，同时派出钦差大臣。
但派遣钦差大臣也分情况。一般情况下，如果地方出现重大刑事案件，朝廷担心地方官互相勾连，不能秉公处理，往往会派遣钦差大臣前往。同治年间的杨乃武和小白菜案，地方官徇私枉法，屈打成招，犯人蒙冤。
杨乃武家人喊冤，通过关系，终于说动军机大臣翁同龢和慈禧重审此案。朝廷担心地方官再度勾结，所以委派浙江学政胡瑞澜担任钦差大臣重申此案。
除了重大案件外，遇到赈济灾荒、修建工程等事务，也是朝廷常派遣钦差大臣。因为这些事情最容易引起贪污。但这些都不是固定，只有巡视军队成为钦差大臣的常例。《钦差大臣巡阅各省营伍例》对于钦差大臣如何巡视军队，都有明确规定。
为了让钦差大臣可以更好执行朝廷指令，清朝赋予他们极大的权力。但是，钦差大臣本身是根据临时任务设置的，所以朝廷赋予他们的权力本身并不固定。有一些钦差大臣只是巡视监察，看看地方上是不是有人贪污腐败。一般来说，他们不会太多直接干预地方其他日常事务。
对于朝廷来说，钦差大臣本身是临时派遣的官职，在清朝法律当中，除了巡视军营时，对钦察大臣有较为明确的条例规定外，其余都是一些成例，没有明确完整的条款约束。
所以，这样很容易造成钦差大臣权力过大，不受约束，进而产生腐败等问题。即便他们不贪污，跟随在钦差大臣身边的“小钦差”，也很难避免。胡瑞澜以钦差大臣时，地方官就贿赂他的随行左右。
从一个层面讲，如果地方事务都要依靠朝廷推动，不给地方官员职权的话，那整个朝廷也无法运转。地方官也会对钦差产生依赖。康熙就曾经说过：“督抚等不留心预防，及至地方有事，请皇上自能办理，岂谓之大臣乎。”
换句话说，钦差大臣更像是一种纠错制度，皇帝想要维持统治，还是要依靠原来规定下的制度。也就是总督、巡抚这些官员。所以，朝廷对于如何赋予钦差大臣的权力，会慎之又慎。
也有一些情况下，清朝也会授予钦差大臣调动军队的情况。这种就属于钦差大臣权力较大的情况。左宗棠就曾以钦差大臣的身份指挥军务。这种情况下，钦差大臣在职权上就有指挥地方官的权力。
当然，无论钦差大臣权力大小，他们都是可以直接皇帝对话的官员。监察御史还需要经过都察院，而钦差大臣如果愿意，可以把地方情况都上报皇帝。所以，地方官员常常拼命巴结，主动交出自己的权力。
乾隆年间，钦差大臣巡视军营的时候，军官们都主动出迎，花大笔银子来招待钦差。后来乾隆听闻后十分生气，认为派遣钦差大臣本来是为了提升军队战斗力，结果反倒成了新危害。所以，才给出钦差大臣出巡军营应该遵守的种种规定。
也就是说，钦差大臣的权力除了受到朝廷规定的职权影响，也受到自身品行才干的影响。胡瑞澜担任钦差大臣的时候，对刑名一无所知，才干平庸，又不肯任事。地方官表面恭顺，实际将他随意摆布，沦为傀儡一般的钦差大臣。
杨乃武与小白菜的冤案仍未翻案。如果后来不是刑部尚书桑春荣重新查验，这场冤案就要沉淀于牢狱中，化为尘埃。总结而言，对于钦差大臣而言，虽然他们因为代表皇帝办事，地方官愿意主动巴结，交出权力，但是，更关键的因素在于皇帝是否授予他们指挥地方官的职权，以及他们的品行和能力，决定了他们发挥的职权。
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