魏坤琳教授在前四季《最强大脑》中，一直以科学评审的身份坐镇最强大脑，由于节目采用三位嘉宾的难度预判分乘以魏坤琳打的难度系数分，总分超过80分既可以晋级，但是在整个系列比赛中，不管其他三位嘉宾打出怎样的难度预判分，主要的权力还都是在魏教授手上，他可以打出1分的难度系数分，让难度预判分高的选手无法晋级，也可以打出10分的满分，让难度预判分低的选手直接晋级。由于掌握着过大的权力，所以在《最全大脑》的舞台上，魏坤琳常常与嘉宾在打分环节发生争执，接下来盘点一下有哪些嘉宾与魏坤琳发生过争执：
1.郭敬明。
《最强大脑》第三季，选手苏清波挑战“光点美人”，在赛前的预判分中得到了12分，根据节目规则，苏清波需要得到至少7分及以上的难度系数分才能晋级，而在选手成功挑战完该项目之后，魏教授只打了6分的难度系数分，选手以总分72分失去晋级的机会。而此时，小四站了出来，指责Dr.魏打分不公平，为 了指出Dr.魏的打分存在严重问题，郭敬明开始提起之前选手陈智强挑战的“星际穿越”项目，与本场同样有“光点”因素而Dr.魏却打出9分高分，引得全场惊呼。Dr.魏说小四说的很多都非常的业余，而在郭敬明继续争辩的过程中，Dr.魏突然说出“自己好像跟一个女人吵架一样”。这句话引起了郭敬明极大的不满，并直言Dr.魏作 为一个北大的教授，其修养和学识都出现了问题。
随后，Dr.魏也意识到自己之前言语不当，向郭敬明道歉，并提出他可以用爆灯来"狠狠地打击自己"，而郭敬明却不为所动，拒绝按下爆灯键。选手离场后，陶晶莹劝说二人，要包容"让犯错的人懂得认错，去让失去机会的人有下一次机会"，Dr.魏也趁机再次向郭敬明道歉，甚至走下座位希望握手言和。就在全场满怀期待两 人可以如愿"化干戈如玉帛"时，郭敬明却出乎意料地起身摆手表示拒绝，表情冷漠转身离开，全场气氛跌至冰点，Dr.魏表情尴尬回到座位。
魏坤琳与郭敬明在节目中发生的这次争执，应该是《最强大脑》节目史上最大的争执事件，虽然与其他嘉宾之间也发生过争执，但是还没有发生过嘉宾离场的场面。
正是郭敬明与魏坤琳的这场争执，在第六季《最强大脑》的作弊黑幕风波中，魏坤琳被网友扒出与制作人桑小洁存在不正当关系屡次上热搜，而此时，时隔3年之后，郭敬明仍记得曾经被魏坤琳辱骂过像女人的话，在微博发表了“我当年吧，真的很惨一男的，对，是男的。……”直指魏坤琳。该微博一发出，边引起了网友的热议，网友直言：君子报仇，十年不晚。郭敬明的大仇终于得以得报。
2.孟非。
在《最强大脑》的舞台上，除了郭敬明与魏坤琳的那次争执导致郭敬明离场之外，与魏坤琳发生最多争执的应该是江苏卫视的当家主持人孟非。孟非多次因为魏坤琳的评判标准而与他发生争执，孟非也曾在节目中说过他的情商为零。
在一期节目中，为备战日本队而从全国心算高手中甄选出的三位种子选手现场展开较量，经过“听算”、“看算”两轮对抗，吴仁竣和项天佑两位选手凭借惊人的心算能力满分打成平局。决胜局前，周杰伦率先提议希望旗鼓相当的两位选手同时晋级，李永波应声赞同，拥有最终表决权的魏坤琳却表示：“我觉得看他们两个针尖对麦芒特别有意思。”尽管评委极力争取，称考虑到日本选手有两位，让兄弟二人携手晋级双保险更“合情合理”，魏坤琳却“油盐不进”。最终魏坤琳的态度激怒孟非，孟爷爷当场发飙，魏坤琳不逊丝毫，语气强硬：“我们就是要看他们针尖对麦芒，我们就是要看他们的抗压能力。”
3.梁冬。
被称为“扒鸡大姐”的赵淑芳的能力是只要看见一句话，就能迅速报出这些字的笔画总和。她的这种“特殊才能”被魏教授怀疑是否患上了艾斯伯格症。随后，《最强大脑》节目组和魏坤琳就带着赵淑芳奔赴广州中山大学进行了检测，最终判定赵淑芳不是艾斯伯格症。
重新返场接受打分的赵淑芳最终还是没有留下来，因为魏坤琳只给她打了1分的难度系数分，理由是赵淑芳的这种能力虽然很特别，但在生活中不能运用到其他方面，所以“能力并不代表就是才能”。这句话引起了梁冬的强烈反对，他认为现在科学解释不了，看似没有用的东西，并不代表未来不能够加以利用。梁冬例举了以前大家对石油有，对电磁学原理不知道有什么用的案例，还列举了麻雀，以前我们都认为麻雀没有用，后来除四害把麻雀都灭了，结果却发现导致了生态失衡。梁冬不依不饶的通过用各种例子来反驳魏坤琳，引来了观众的掌声，被怼得哑口无言的魏坤琳只能说“科学家碰到了诡辩家”。
4.李永波
李永波作为《最强大脑》的嘉宾，对于魏坤林难度系数分的主导权，曾在节目多次当面提出他的权利过大。在一次节目进入国际战队选手选拔的一轮比赛中，挑战者挑战成功后，低于他分数的几个选手需要来到舞台中央接受挑战，主持人蒋老师友好地问了下李永波的想法，他却拒绝说留谁，并犀利的在舞台上直接提出了对魏坤林的质疑，觉得魏坤林的权利过大，他说对魏坤林打分越来越难以理解，从这么多年参与竞技的角度上，既然它是一个比赛，全世界所有的运动项目都没有说是规则在一个人手上掌握的。对此两个人展开了很长的一段争论，李永波甚至有了要退出节目的想法。
