我国辽阔的土地上孕育了多样生态系统，为保护好它们，一系列自然保护区被建立起来。1956年，第一个自然保护区鼎湖山自然保护区建立。截至2018年6月，我国共建立474个国家级自然保护区，总面积约98万平方公里，约占我国陆地国土面积的10.1%。
按照保护对象不同，国家级自然保护区分为三类：保护生态系统、保护动植物以及保护古生物和地质遗址。其中生态系统分为森林、湿地、海洋（海岸）、草原草甸、荒漠五大类。一些以野生动植物为主要保护对象的自然保护区，也可归并到这五大类生态系统之中。另外，一些保护区覆盖了多个生态系统类型，如三江源国家级自然保护区，就包括了森林、湿地、草原草甸和荒漠四大生态系统。
近一半自然保护区以森林生态系统为主要保护对象
在目前的国家级自然保护区中，以森林生态系统为主要保护对象的最多，219个森林保护区占到了国家级自然保护区总数的46%。此外还有一些以野生动植物如大熊猫、珙桐为主要保护对象的保护区，也是以森林生态系统为主。
森林是一个大的生态系统类型，又可以细化为更具体的生态系统种类。如大熊猫所栖息的森林，主要分布在陕西、甘肃和四川三省秦岭、岷山、邛崃山等山系的亚高山地带，包括较低海拔处的落叶阔叶林和高海拔地区的云杉，冷杉为主的针叶林，还有过渡的针阔混交林。大熊猫的主要食物是生长在林下的冷箭竹等竹子。和大熊猫共享这些森林的还有羚牛、川金丝猴以及金猫、黄喉貂等物种。这一区域降水丰沛、四季分明。目前以大熊猫为保护对象的国家级自然保护区有31个。
云南西双版纳、海南尖峰岭、霸王岭等国家级自然保护区以保护热带雨林为主。西双版纳热带雨林有着由望天树、青梅等高大乔木组成的林冠层，众多藤本、气生根植物缠绕期间，蕨类和兰花等附生植物组成空中花园，还有多种榕树为鸟兽提供重要的食物来源。
东北部与俄罗斯、朝鲜接壤的边疆地区，以吉林珲春东北虎国家级自然保护区为代表，森林以蒙古栎、山杨、红松等构成的温带针阔混交林为主，林中的狍、梅花鹿、野猪等有蹄类，是东北虎、豹等捕食者的食物来源。这一区域四季分明，但无论是年均温还是冬季的极端低温都要比熊猫栖息地低很多。
我国内陆湿地生态系统主要分布在青藏高原等区域
数量上仅次于森林生态类型保护区的是内陆湿地类保护区（国际湿地公约给出的湿地定义包含了水深不足6米的浅海区域，而在自然保护区保护对象分类中这部分保护地划归为海洋海岸类保护区），现有58个，占到国家级自然保护区的12%；此外，还有如黑龙江新青白头鹤国家级自然保护区、碧水中华秋沙鸭国家级自然保护区、安徽扬子鳄国家级自然保护区等以濒危物种为主要保护对象的保护区也以湿地生态系统为主。湿地是河流、湖泊、沼泽等水生环境的统称，这一概念引入我国较晚，在1992年我国加入国际湿地公约后才逐渐被使用。我国的内陆湿地生态系统主要分布在青藏高原、长江、黄河中下游以及东北三江平原。
江西鄱阳湖国家级自然保护区是多种濒危鸟类的重要越冬地，也是多种淡水鱼类的重要栖息地。大片的挺水植物如芦苇，是震旦鸦雀、斑背大尾莺等众多雀形目鸟类的觅食场所；浅水区和泥滩里，沉水植物的块茎和软体动物是白鹤的主要食物；更深的水域中则游弋着濒危的江豚。
草原和草甸是以“草”为主要植被生态系统
草原和草甸都是以“草”为主要植被的生态系统，草甸相对湿润，水分充足，而草原则更多分布在较为干旱的环境中。在更加干燥寒冷，风沙较大的地区，则容易形成沙生、耐盐碱植物占优势的荒漠。我国的草原、荒漠生态系统主要分布在我国西北部，以及青藏、云贵高原地区。目前，我国有4个草原草甸类保护区和13个荒漠生态类保护区，分别占到了国家级保护区的1%和3%。
三江源国家级自然保护区是我国典型的高寒草原草甸生态系统，主要生长着嵩草科和莎草科的多年生草本植物。保护区内典型的动物有雪豹、藏羚羊、野牦牛等动物。青海柴达木梭梭林保护区常年干冷多风，沙源丰富，植被低矮稀疏。梭梭林是荒漠环境中典型、稳定的植被类型，为跳鼠、荒漠猫、藏野驴等动物提供了栖息环境。
海洋生态系统面临更严峻的物种多样性丧失威胁
海洋海岸类保护区其实覆盖了差异巨大的众多生态系统。如珊瑚礁、红树林、海岸滩涂、河口水域等。目前，我国已经建立了17个海洋海岸类保护区，以及广东珠江口中华白海豚国家级自然保护区、辽宁大连斑海豹国家级自然保护区等海洋野生动物为主要保护对象的保护区。我国的海洋保护区集中分布在渤海湾、东南沿海以及广东-海南沿海。相较其他类型的生态系统，我国海洋生态系统面临的污染、物种多样性丧失、气候变化等威胁要更加严峻。
广东徐闻、三亚珊瑚礁是我国少数几个以珊瑚礁为主要保护对象的国家级保护区。珊瑚礁由珊瑚虫骨骼堆积而成，为种类极为丰富的海洋动植物提供了生活环境。红树林是分布在海洋潮间带，适应了周期性淹没和高盐环境的独特的植物类群，城市周边的红树林提高了当地应对气候变化的弹性。
自然保护区，国家公园试点以及其他类型的保护地，共同构成了我国的自然保护地体系，将多样而宝贵的自然生态系统纳入到法规的保护之下。但划定建立保护区（国家公园）只是保护地工作的第一步，让保护地切实发挥保护作用，是自然保护所需要持续努力的工作。保护区不是理想国，即使是国家级自然保护区，也时常面临着盗猎盗伐、能源矿产开采、地产开发等威胁。 师旭/文 宁峰 雍严格 董磊/图 特别感谢山水自然保护中心的帮助
