种子的采集是花椒播种育苗成功的基础。采种母树要选生长健壮、丰产稳产、品种纯正的盛果期树。当外果皮全部变为固有颜色并微微开裂，内果皮呈现蓝色或种子为油黑色时，即可采收。掠青采摘的种子发芽率低，生命力差，决不能用来育苗。
采收后的果实要放在背阴通风、凉爽干燥的室内或棚下阴干，当果皮开裂、种子从中脱出后，即可将果皮和种子分开。刚脱出种皮的种子，湿度较大，不易贮藏，若不立即下种时，为保证种子质量，应及时晾放在干燥、通风的场合阴干，绝不能在阳光下暴晒，花椒种子很易因暴晒而失去发芽力。未阴干的种子不能成堆存放，更不能堆放在潮湿的地方，否则，会因发热、霉变而失去发芽力。
