大规模的撤迁并是“特殊”时期我国高校组织机构变迁中最引人注目的现象。撤迁并使高等院校遭到了严重破坏。1965年全国高校共434所，至1971年减为328所。其中原有的6所政法院校全部被撤销，原有的18所财经院校被撤销16所。“特殊”中搬迁合并的高校共64所，特别是农林院校，在学习所谓“朝阳农学院经验”的影响下，被迫多次搬迁合并（全国共47所此类院校，有23所搬迁达45次），致使“特殊”时期前已形成的合理的农林教育院校体系被搞得校无定址、人无定居、教无定所。无论是被撤销、搬迁、合并的学校，还是没有被撤销、搬迁、合并的学校，都由于长期“停课闹革命”而使校舍家具、仪器设备、图书资料等学校财产遭到巨大损失。
一、“撤迁并”的直接动力
（一）新中国成立后，一直面临着帝国主义的经济、军事方面的威胁。进入20世纪60年代，中苏关系恶化，边境的局势变得紧张。从1962年起，中印的边境冲突和美国在越南战争中的不断升级，使中国感到越来越严重的威胁。1965年4月，国家发出了《关于加强备战工作的指示》，设计了一、二、三线的战略布局。
20世纪60年代中期以后，苏联在中苏边境制造武装冲突的次数大量增加，性质也越来越严重，中苏国家关系日趋紧张。1969年下半年，中国进入战备高潮。1969年10月18日，为了防备苏联以谈判为由，对中国发动突然袭击，国家发出“六条指示”，命令全军进入紧急战备状态。
此后，各地积极开展战备教育、战备动员、人口疏散。就是在这一时期，一些高校被裁并，一批设在北京、上海、广州、长春、郑州等大中城市的高等学校被外迁；更多的高等院校则以办“干校”、试验农场、分校进行教育革命实践等名义，在农村建立“战备疏散点”，将大批师生员工和部分家属下放农村。同时，大批中等专业学校被裁并，教师和干部被下放。不少部门和地区的中等专业学校几乎全部停办。在高校外迁和裁并过程中，大批校舍被占，大量图书、仪器等设备被毁坏或散失。
由于“战备疏散”的需要，把高校从大城市迁到小城市或农村是可以理解的。但是，在搬迁的同时有些学校被合并了甚至被撤销了，有的学校迁走以后长期不能回来。尽管战争的威胁早在第二年（1970年）已经基本解除。有的学校战备的时候基本没有变动，后来反而被撤销。
（二）1969年10月26日，国家发出《关于高等院校下放问题的通知》。《通知》要求，各部门所属的高等院校（包括半工半读、函授学校），设在北京市的，仍归各有关部门领导，如果搬到外地，可交由当地省、市、自治区革命委员会领导；与厂矿结合办校的，也可交由厂矿革委会领导；设在其他地方的，交由当地省、市、自治区革命委员会领导。高等学校在本校所在省、市、自治区以外设有分校或教改机构的，则实行以总校为主，当地革委会为辅的双重领导。
此后，随着一些高等院校或被裁并，或被从大中城市外迁到小城市或农村，或者在农村办“干校”、试验农场、分校，学校的领导权逐渐下放到地方。原中央各部所属高等学校大部分下放地方领导，同时大批中等专业学校被裁并，教师和干部被下放。据1971年7月全国教育工作会议的材料，经调整后，原中央部属学校176所，保留下来131所，其中除第二至第六机械工业部所属军工院校实行部门与地方双重领导、地方为主的管理体制外，仍由中央有关部门领导的只有6所。领导权力的下放和高校组织机构的撤迁并配合着进行。
（三）《关于高等院校调整问题的报告》。报告指出，对工科院校，一般拟保留下来继续办；农科、医科、师范院校多数拟保留下来继续办，少数拟改为中专或合并；综合大学，一般拟采取先保留下来、通过教改实践再解决如何办学问题，少数拟将文理分开，理科试办理工院校，走理工结合道路；政法、财经、民族院校拟多撤销一些。1971年4月15日，全国教育工作会议对修改后的上述调整方案讨论后确定：全国原有的417所高等学校，保留306所，合并43所；撤销中国人民大学、中国医科大学、北京政法学院、北京对外贸易学院、上海财经学院、暨南大学、华侨大学、中南民族学院等45所；改为中等专业学校17所，改为工厂3所，增设7所。会议还对高等学校的管理体制进行明确：在中央统一计划下，实行以“块块为主”——多数院校由地方领导，部分院校由地方和中央部门双重领导，以地方为主，少数院校由中央部门直接领导。
1968年5月7日，黑龙江省试行下放干部，办“干校”。10月5日，《人民日报》发表该省庆安县柳河“干校”的经验，并在编者按中传达毛主席的指示：“广大干部下放劳动，这对干部是一种重新学习的极好机会，除老弱病残者外都应这样做。在职干部也应分批下放劳动。”由此掀起干部下放运动的又一高潮。据统计，“特殊”期间中央一级机关开办“干校”106所，下放干部11.9万人，另有随军家属3万多人，知识青年5000多人。各省、市、自治区开办“干校”1497所，下放干部、工勤人员439500人，另有随校知识青年1万人。高校的教师和干部也在下放之列，如长春市10所高校到1969年11月，下放干部、教师4400人，占总数的58.6%。
二、“撤迁并”情况概述
“特殊”期间全国各类院校几乎都受到冲击和摧残。有的学校反复搬迁多达四五次；有的学校先是多次搬迁，最后才被撤销；有的学校在“特殊”前期被撤并，“特殊”后期又被恢复。单是47所农业院校有23所搬迁45次，4所政法院校全部被撤销，在18所财经院校中，16所被撤销，全国艺术院校全部停办，大部分体育院校被合并撤销，等等。
特殊期间，北京的高等教育受到了严重的破坏，有19所院校被撤销停办，15所院校被迁往外地，还有8所院校被合并，只剩下18所高等院校，仅为1965年（55所）的33%。直到1976年北京高等学校才增加到26所，在校学生4.6万人，不足1965年的50%。
而上海市1965年全市有高等院校24所，1972年减少到16所。其中，华东政法学院、上海财经学院、上海对外贸易学院等被撤销；华东师范大学、上海师范学院、上海体育学院等5校合并并改名为上海师范大学；上海机械学院和上海工学院合并为上海机械学院；上海水产学院和上海铁道医学院则迁往外地。
1967年12月天津市革命委员成立后，河北省与天津市正式分开。1968年2月，河北省革命委员会成立后，决定将天津师范学院、河北财经学院、河北艺术师范学院、河北外语专科学校、天津音乐学院、天津体育学院、天津医学院7所全日制普通高等学校归天津市领导，并确定将省属的河北大学、天津工学院、天津中医学院搬出天津，其中河北大学迁到保定市，天津工学院迁到邯郸。1970年，省文教局决定，将天津中医学院搬到石家庄与河北医学院合并，改名为河北新医大学；河北农业大学黄村园林化分校同承德林业劳动大学合并，建立河北林业专科学校；河北工读师范学院改建为河北化工学院。到1970年，河北省省管高等学校只保留了9所，河北大学、河北师范大学、河北农业大学（由保定迁到获鹿牛山，学校一分为五分散设点）、河北师范学院（原为河北北京师范学院，由北京迁到宣化）、唐山矿冶学院、天津工学院、河北化工学院、河北新医大学、河北林业专科学校，其余的全日制及半工（农）半读高等学校全部下放地方或撤并。在“特殊时期”中，一些中央部属高等学校迁到河北省办学。1969年，北京水电学院、北京电力学院撤到邯郸地区岳城水库。1970年，两校下放归河北省领导，分别改名为河北水电学院及河北电力学院。由于岳城水库没有办电力和水利学院的条件，而且连最起码的校舍也不具备，1970年10月，河北电力学院迁往保定市建校。河北水电学院几经搬迁，1973年定在邯郸市建校。“特殊时期”后，两校分别改名为华北水利水电学院及华北电力学院。北京农业大学、北京铁道学院、北京农业机械化学院几经搬迁，先后来到河北后，分别在涿县、石家庄市、邢台市落脚，并分别将校名改为华北农业大学、北方交通大学、华北农业机械化学院。因不具备办好学校的条件，这3所学校在“特殊”后均迁回北京办学。
1966年“特殊时期”开始时，江苏有高等学校30所（炮兵工程学院1966年由部队下放，更名为华东工程学院）。“特殊”中撤销2所：南京体育学院和扬州工学院；合并3所，南京农学院农业机械化分队1970年并入镇江农业机械学院，南京农学院1971年迁至扬州，和苏北农学院合并为江苏农学院，南京医学院、南京中医学院1970年合并为江苏新医学院；高等学校数减为25所。此外，南京艺术学院1969年冬与南京师范学院美术、音乐两系和江苏省戏剧学校合并为江苏省革命文艺学校。
湖北地区在这个时期高等学校作了如下大变动：①保留武汉大学、华中工学院、武汉水利电力学院、武汉水运工程学院、湖北农业机械学院、华中农学院、华中师范学院、武汉医学院、湖北医学院、湖北中医学院、宜昌医专、恩施医专、武汉体育学院、武汉钢铁学院等14所。②撤销武汉测绘学院、中南民族学院、武汉邮电学院、长江工程大学、武汉外语专科学校、武汉农业机械专科学校、武汉机械学院7所。③改办一批高等学校。湖北大学改为湖北财经专科学校，湖北艺术学院改办为湖北艺术专科学校，在湖北工业技术学校基础上创办湖北化工石油学院（1980年更名为武汉化工学院）；湖北农业机械专科学校与武汉工学院合并，改办为湖北农业机械学院。④由省外迁入两所，北京建筑工业学院从北京到常德转迁武汉，原武汉建筑工程学校同时并入该院，改名为湖北建筑工业学院（1978年易名为武汉建筑材料工业学院）；北京地质学院迁入江陵县，不久再迁武汉，原武汉地质学校并入，更名为武汉地质学院。1973年增设3所医师分院，恢复武汉测绘学院，共为24所。1975、1976年又增加一些医、农、师范分院及大专班，1976年全省高校数为45所。
江西省则首先对高等学校进行大砍大并，把原来的13所学校撤并为5所，除冶金部主管的江西冶金学院保留外，将江西农学院并入江西共产主义劳动大学总校；江西工学院与江西大学理科合并，改名为江西理工科大学；江西师范学院与江西大学文科合并，改名为江西井冈山大学；江西医学院与江西中医学院合并，改名为江西医科大学。然后又强令江西理工科大学迁到武宁县新城公社（不久又迁景德镇市），江西井冈山大学迁到井冈山拿山公社，江西医科大学迁到吉安县青原山公社。
安徽省革委会在疏散备战中调整本省大专院校，将原有14所大专院校，撤并8所，保留合肥工业大学、安徽大学、安徽农学院、安徽工农大学、安徽劳动大学、安徽医学院等6校。撤并的院校是安徽工学院、安徽水利电力学院、安徽中医学院、蚌埠医学院、芜湖医学专科学校、皖南大学、合肥师范学院、安徽商学院。
1969年，辽宁省革委会决定下迁的学校有辽宁大学、沈阳音乐学院、锦州医学院、大连医学院，并将东北工学院大部分教师、干部下放到盘锦办农场。同时，撤消了锦州师范学院。1970年，经中央有关部和辽宁省革委会决定外迁、停办的有沈阳化工学院、沈阳轻工学院、沈阳音乐学院、大连日语专科学校、辽宁中医学院，并将沈阳农学院“一分为五”，分迁到朝阳、黑山、昌图、瓦房店、锦州等地，其间还撤销了锦州工学院，改为锦州机床厂。
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