蒙哥统治时期，蒙古人发动了一次对西南亚的远征，蒙古汗国的大军像滚滚波涛一样，第二次汹涌而来。
蒙古第三次大征
蒙古再次来临，暗杀派的覆灭1256年，成吉思汗的孙子、蒙哥的弟弟旭烈兀，统率大军，渡过阿姆河，向波斯挺进，在花拉子模国的废墟上建立起来的各个小王国，被这支大军扫荡得一干二净。波斯和高加索的一些小国，纷纷投降，只有马赞兰地区的暗杀派，据守各个城堡观望。
旭烈兀
11月，旭烈兀大军到达麦门迪兹要塞，晓谕当时住在要塞内的暗杀派首领鲁铿丁，若五日内投降，保证全堡人员安全，鲁铿丁采纳著名天文学家突尼斯人纳绥尔丁等人建议，率众出降，旭烈兀命鲁铿丁转谕暗杀派其他城堡守将归顺，100多个大小城堡相继投降，悉被捣毁，一个不留。
12月，蒙古军攻克暗杀派的大本营阿拉木图堡垒，将其夷为平地，堡内财物被劫掠一空，所有建筑被彻底破坏。旭烈兀与鲁铿丁一道回到哈马丹，随之，派使者到叙利亚，晓谕叙利亚的暗杀派诸城堡，令其献堡归降。旭烈兀利用鲁铿丁荡平暗杀派势力后，即欲除之，以绝后患。鲁铿丁在去朝见蒙哥汗途中，被旭烈兀派遣的护送军校杀害。
阿拉伯贵族
旭烈兀又将暗杀派人员分给各营，下令悉数斩杀，一个不留，虽在襁褓者，亦不幸免，其余各地的暗杀派，也被同样处置，残存无几。这个有令必行，随处刺杀，一度在各地的国王和平民中造成恐怖的极端派别，受到了致命打击。
暗杀派既灭，蒙古军下一个征服的目标就是巴格达了。旭烈兀致书哈里发穆斯台耳绥木，责备他未应旭烈兀之请，合击暗杀派。旭烈兀警告哈里发，不要以拳头去碰铁锥，不要把太阳当作灯火，他要哈里发拆除巴格达城墙，填平城壕，纳款投降，以保人民和军队安全，否则，蒙古军攻入城内，必贻后悔，哈里发支吾其辞。
兵围巴格达，最后的抵抗。1258年1月，蒙古大军团团包围了巴格达，旭烈兀的抛石机，对首都的城墙进行了有效的攻击，有一个堡垒被打开一个缺口。旭烈兀有一个夫人是基督教徒，因此哈里发派景教教长陪同大臣阿勒盖米出城，谈判停战条款，但被旭烈兀拒绝，后来，他们提出警告，引证先例，说胆敢侵犯和平城或危害阿拔斯哈里发王朝者，将遭遇可怕的命运：
“如果杀害哈里发，全宇宙就要陷于紊乱，太阳就不露面，雨水就要停止，草木就不再生长。”
然而，旭烈兀对这些警告置之不理。
2月10日清晨，对于阿拔斯王朝来说，是一个不幸的日子。蒙古军终于破城，蜂拥而入，哈里发及其属下全体官员只得前来投降，但为时已晚，他们全被监禁起来。巴格达蒙受了一场空前的浩劫，蒙古军疯狂烧杀劫掠七日，居民被害者数十万人，许多艺术珍品和华丽建筑遭到焚毁，和平城内无和平，一片废墟，遍街遍巷的尸体，数周无人掩埋，恶臭熏天，瘟疫蔓延，旭烈兀被迫撤出城去，好几天之后才重新进城。
旭烈兀可能打算把巴格达留做自己的驻扎地，因此，没有像对其他城市那样，加以彻底破坏，夷为平地。景教的大主教受到特别的优待，某些学校和清真寺幸免于破坏，并得到修复。蒙古人规定在聚礼日的祈祷词中不能提及任何哈里发的名字，这在穆斯林世界史上是破天荒的事件。
2月20日，阿拔斯王朝末代哈里发穆斯台耳绥木被装入袋内，纵马踏死，历时500余年的阿拔斯王朝遂告灭亡，阿拉伯帝国也随之寿终正寝。
阿拉伯帝国也曾是一个庞大帝国
灭亡的背后阿拉伯帝国的灭亡，有其深刻的内在原因和外在因素。首先是政治上的分裂和离心。阿拉伯帝国是一个由军事征服起家的地跨欧亚非三大洲的庞大帝国，内部矛盾重重，纷争不已。最初的征服，有些是有名无实的，在这些草率的、不完全的征服之中，早已种下地方分权和群雄割据的祸根。阿拉伯人与非阿拉伯人之间，阿拉伯穆斯林与新穆斯林之间，穆斯林与顺民之间，都存在着不可逾越的鸿沟。
- 内部不和
在阿拉伯人内部，南方人与北方人之间旧有的隔阂始终存在。无论伊朗的波斯人、东方来的突厥人、含族的柏柏尔人，都没有跟闪族的阿拉比亚人结合成一个纯一的整体。伊朗人念念不忘他们的古老的国家的光荣，从来没有服从新的政治制度，柏柏尔人随时准备拥护任何分裂运动，显示出强烈的部族情感和异族观念，叙利亚人在漫长的岁月中，总是期望有一个苏福扬人起来，把他们从阿拔斯王朝的束缚中解放出来。
伊斯兰教内部的离心力并不亚于政治和军事的力量，这种强大的离心力十分活跃，分离并建立了一系列新的教派，如什叶派、伊司马仪派、苏非派、德鲁兹派、哈瓦利吉派、暗杀派，等等。这些集团中有许多不仅是宗教派别，而且是强大的政治军事力量，它们掀起一次又一次的狂风巨浪，对帝国发起一次又一次的震撼和冲击，阿拉伯帝国被撕裂得七零八落。
其次是经济上的破坏和衰退。横征暴敛和专为统治阶级谋私利的地方政治，都削弱了农业和工业，统治者日益富足，广大民众却日益贫困，二者适成反比。连年累月的流血战争，耗尽了人力，以致许多耕地变成了荒地，下美索不达米亚的洪水泛滥，定期造成巨大破坏，帝国各地的饥荒，又加重了灾难的危害性。
- 天灾不断
在鼠疫、天花、恶性疟疾和其他热病的面前，中世纪的人们束手无策，坐以待毙，这些传染病时常流行，使许多广大地区的人口大量减少，自阿拉比亚人征服亚非地区400年以来，阿拉伯语的编年史上，记载了40次以上比较重大的传染病的流行。国民经济的衰退，自然造成文化的衰退和创造性思想的窒息。
- 制度沦丧
再次是社会道德上的堕落和沦丧。由于社会生活的腐败，阿拉伯人的精力和道德都遭到了破坏，征服者的血液为被征服者的血液所冲淡，皇室里漫无限制的偏房、无数的异母兄弟和异母姊妹，不可避免地引起种种嫉妒和阴谋，再加上豪华的奢侈生活，经常的饮酒歌唱，这种种因素耗尽了家庭生活的元气，难免产生一代比一代懦弱的王室子嗣。帝国内阉人、纳妾、蓄奴弥漫盛行，男性颓废，女性堕落，社会道德日益沦丧。
- 异族强大
最后是外族的入侵和征服。阿拉伯帝国后期，外族入侵不断，帝国命运多舛，不绝如缕，先是波斯布韦希人和塞尔柱突厥人对帝国心脏的挟持，接着是十字军在帝国西部的肆意蹂躏，最后是蒙古铁蹄的驰骋横扫。
曾将阿拉伯帝国踩在脚下的塞尔柱帝国
以游牧为业的蒙古人，刚刚从原始社会过渡到国家组织，国势兴旺，兵源广阔，保有视掠夺为荣耀的氏族遗风，作战骁勇强悍；蒙古骑兵，给养简单，行军时羊群随后，饥食羊肉，渴饮马乳，人有数马，轮流乘骑，来如天坠，去如电逝，很难防御；加之从汉族学会使用炮火和飞火枪等先进军事技术，如虎添翼；成吉思汗和旭烈兀均长于战术，善于用兵，常常出奇制胜。因此，阿拉伯帝国这位垂暮老人，难免丧生于蒙古铁蹄之下。
虽然铺天盖地的蒙古风暴给摇摇欲坠的阿拉伯帝国以最后的一击，最终将其彻底埋葬，但它实际上只不过起了推动作用。阿拉伯帝国灭亡的根本原因，如上所述，是其自身的政治、经济和社会诸因素长期综合作用的结果，正如希提所说：“跟西方的罗马帝国类似的情况一样，在病人已经气息奄奄，命在旦夕的时候，强盗们才明火执仗地打进门来，把帝国的遗产抢得一干二净。”
阿拉伯帝国遭到了蒙古人的毁灭，然而，跟塞尔柱人的先例完全一样，在穆斯林武力失败的地方，他们的宗教得胜了。在阿拉伯帝国废墟上建立起来的蒙古伊儿汗国，最终承认伊斯兰教为国教，重新高举起伊斯兰教的旗帜，这一旗帜后来又被奥斯曼土耳其人接了过去。伊斯兰教能够在中世纪迅猛地传播到世界各地，成为最年轻而又最富活力的世界宗教，这一盖世功劳，不能不归功于阿拉伯帝国。
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