卵巢是女性激素分泌的主要腺体，卵巢囊肿可以影响卵巢的内分泌功能，患者往往表现为月经紊乱。
卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，卵巢皮质内有各个不同阶段的卵泡。卵巢囊肿可以破坏卵巢的结构和功能，干扰卵子的正常发育、成熟及排出，导致不孕。
生理性囊肿可以影响卵子生长发育，导致不孕。
性索-间质肿瘤能分泌多种性激素，例如分泌雌激素的颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤等，以及分泌男性激素的睾丸母细胞瘤，都可能引起内分泌紊乱或不排卵，导致不孕。
子宫内膜异位症（巧克力囊肿），盆腔炎（附件脓肿、输卵管积水）除了影响卵子生长发育以外，常合并有盆腔粘连、输卵管粘连扭曲、卵巢实质破坏及免疫因素等，从而引起不孕。
很多疾病造成的严重后果不是因为其本身的原因，常常因为并发症。卵巢囊肿也一样，会有一些严重的甚至是致命的并发症，应小心提防。
卵巢囊肿有四个常见的并发症：
- 01 - 卵巢囊肿蒂扭转
是常见妇科急腹症。多见于囊肿的蒂部较长、大小适中（5-6cm）、活动度大，囊肿内部结构不均称、重心偏向一侧，最典型的例子就是畸胎瘤。囊肿扭转多发生在体位剧烈变动、妊娠早期或产后。
扭转后，由于囊肿静脉回流受阻，引起充血，呈紫褐色；进而可因动脉血流中断发生组织缺血坏死。扭转时，患者突发下腹剧烈疼痛，严重时可伴恶心、呕吐，体温升高，甚至休克。一经确诊后，应立即手术。
- 02 - 卵巢囊肿破裂
囊壁缺血坏死或肿瘤侵蚀穿破囊壁引起自发性破裂，这种情况多见于恶性肿瘤；囊肿受挤压，如性交、分娩、妇科检查可以引起外伤性破裂，比较典型的例子是卵巢巧克力囊肿患者，在性生活时可能引发囊破裂。
囊肿破裂后囊内液流入腹腔，刺激腹膜，可引起剧烈腹痛、恶心、呕吐、发热，甚至休克。腹部检查时有腹壁肌紧张，压痛、反跳痛等腹膜刺激体征。确诊后，应立即手术，切除囊肿，清洗腹腔。
- 03 -卵巢囊肿合并感染
这种情况比较少见，多继发于肿瘤蒂扭转或破裂等。患者主要症状有发热、腹痛、白细胞升高及不同程度腹膜炎。应积极控制感染，择期手术。
- 04 - 恶性变
卵巢囊肿的恶变概率不高，多发生于年龄较大尤其绝经后女性。临床怀疑有恶性变者，应及时处理。
