秦可卿与她公公贾珍的事，算是作者没有隐藏住的一个秘密。脂砚斋在批语里很直白地写秦可卿淫丧天香楼，而作者最初设计的她的死法也是在天香楼上吊自尽，并非得病而死。不论古代还是现代，秦可卿和贾珍的事都是一件很耻辱的事情，按理说，秦可卿出了这样的事，应该是被家族所不容的，作者也会羞于提及她。但是恰恰相反，作者将她摆在了神一样的位置，让她成了预言一切的先知。
秦可卿在仙界里，是警幻仙谷的妹妹，她引领贾宝玉看了每个女孩的命运，并且贾宝玉还和她有云雨之事，可见作者打心眼里不排斥她，并且还对她有一种特殊的感情。而在凡间，秦可卿是贾母认为的，重孙媳妇里第一个得意之人，尤氏说她打着灯笼都难找。合族人丁并家下诸人评价她：
那长一辈的，想她素日孝顺，平辈的，想她平日和睦亲密，下一辈的，想她素日的慈爱，以及家中仆从老小，想她素日怜贫惜贱、爱老慈幼之恩。
可见秦可卿在任何一个人眼中都是一个完人，怎么想，她都不会和这样的丑事扯上关系。作者对秦可卿虽然着墨不多，但是秦可卿每次出场都是一种高高在上的感觉。她还给王熙凤托梦，告诉她贾家以后会衰败，并且还告诉王熙凤怎样才能永葆昌盛。作者对这个出轨的女子丝毫没有嫌弃，反而将她摆在神的位置，对她有一种敬仰，为何会这样？
从秦可卿给王熙凤托梦说的话就可以看出来，秦可卿对贾家的实际情况很了解，她知道家里的男子不争气，也知道家里外强中干，即便有元春的加封，也是瞬间的繁华，转瞬即逝。她苦口婆心跟王熙凤说这些未雨绸缪的措施，也可以看出来，她对这个家很有感情，走的时候都放不下家里的情况。
在秦可卿死后不久，元春就加封为贤德妃，还被特批回家省亲，而秦可卿也早就知道会发生这些事。她不仅早就知道元春会晋升，还对元春加封的事看得很轻，说那只是流星的光芒，瞬间即逝。而对于她的死，她说她是没命享受这些福气，对生命似乎有诸多遗憾。
很多人说是秦可卿的死换来了贾元春的升，不管秦可卿究竟是何种身份，有一点明确的是，在她死后，贾家迎来了一种前所未有的盛况，贾家的地位和荣誉都到了最高的顶峰。这些是否可以看作是秦可卿的死换来的？毕竟她和贾珍有丑闻，最后所有人都平安无事，并且迎来了一场盛况，而只有她死了。张太医在给秦可卿看病的时候说：
大奶奶是个心性高强聪明不过的人，聪明忒过，则不如意事常有，不如意事常有，则思虑太过。此病是忧虑伤脾，肝木忒旺，经血所以不能按时而至。
可见秦可卿的聪明才智不在贾家任何一个人之下，她能料到事情的前因后果，也能看清混乱的局面。然而她对这个家的感情又格外深，她肯在天香楼上吊自尽或许就是牺牲自己保全家族的无奈之举。她和贾珍的事，不管她是自愿的还是被逼的，在家族利益面前，她选择了牺牲小我，保全大我。
贾家肯为她如此奢靡的置办葬礼，除了因为她的神秘身份之外，是否也是对她的死在作补偿？作者几经删减，或许就是纠结要不要将她唯一的污点暴露出来。批语里说：
“秦可卿淫丧天香楼”，作者用史笔也。老朽因有魂托凤姐贾家后事二件，岂是安富尊荣坐享人不能想得到处、其事虽未行，其言其意则令人悲切感服，故赦之，因命芹溪删去。
可见秦可卿的这个污点，不仅作者纠结，脂砚斋也有恻隐之心。秦可卿的这个丑事可以说是天大的一件丑事，作者不忍爆料，只有一种可能，就是秦可卿的功大于过。而这个功劳可能大到保全了整个家族的荣耀，秦可卿相当于家族的一个恩人。对于这样的一个“恩人”，作者既从心里敬佩她，认为她的素质配得上先知和女神的身份，也纠结这部写实的故事到底要不要任何事都这样写实。
所以秦可卿的这个丑事，作者一开始可能就是要如实写的，只是秦可卿实在是太优秀，又对家族如此有功，像个救世主一样，将家族推向了一个最繁盛的顶峰。因此作者打心眼里敬佩她，在自己的书里也将她摆到神一样的位置，而对于秦可卿的这个污点，作者就动了恻隐之心，最终也狠心删去，保全了秦可卿仙子一般的形象。
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