日本幕府末期，局势动荡，各方势力相互纠葛在了一起，这里有以萨摩藩为首的新政府军，有象征着旧武士阶级的德川幕府，也有英法等老牌欧洲强国。结局不用多说了，幕府结束在日本六百余年的统治，取而代之是一个更畸形的国家。在这讨幕过程中，一个由乡村武士组成的团伙十分显眼，他们就是“新选组”。估计有不少人听过这个名字，因其在日本历史上的重要地位，经常被拿来当成文艺或影视作品的原型，次数可观。
幕末时期，尊王攘夷运动盛行，一些武士阶层想起了近乎被遗忘的天皇，同时也开始指责德川幕府让日本败于欧洲国家并显然了危机。而后以长州藩为首，打着尊王攘夷的旗号公开与当时的欧洲国家展开了战争。与此同时，一些激进的浪人也响应了旗号，在多个场合参与了对幕府官员的袭击。公元1862年，第14代幕府将军德川家茂准备进京都，庄内藩武士清河八郎提议，鉴于现在攘夷派盛行，应征召浪人组成护卫队。而后这一建议得到采纳，这也就是新选组的雏形。
第二年，清河八郎一共集结了超过两百名浪人，并带到了京都，这其中就有来自试卫馆的近藤勇等人。而幕府好像忘记了一点，清河八郎本身也是一个攘夷派。到达京都之后，他预壮大攘夷派势力，但连同手下人一起遭到了驱逐，返回江户之后，清河八郎被佐佐木只三郎等人刺杀。在这一过程中，以近藤勇为首的试卫馆派和以芹泽鸭为首的水户藩武士选择效忠幕府，并留在了京都。同年，这些留下的人在时任京都守备松平容保（会津藩藩主）的支持下，组成了壬生浪士组，职责是维护京都治安，组长为芹泽鸭（全名芹泽鸭平光干）。
不久之后，这伙人得到了“新选组”的正式名称，名称来历说法不一，有说幕府将军赐名的，也有说是松平容保起的。至于芹泽鸭这个人，简单点说就是有点放荡不羁，一个极大的不稳定因素。因松平保容对其实在忍无可忍，在1863年9月，芹泽鸭以及他的水户派遭到了近藤勇等人的肃清。而后近藤勇成为了组长，麾下亦有副长土方岁三等人。虽受到了西方军制的影响，但新选组并没有抛弃原有文化，平日依旧以专研武士道为主，剑术流派为试卫馆的天然理心流。至于近藤勇本人照片，确实挺像猩猩的。
公元1864年，因幕府的出尔反尔，长州藩军队在京都闹了起来，主要代表人物有吉田松阴、桂小五郎和高杉晋作等人，史称“禁门之变”。结果也不用多说，在欧洲军队的加持下，这些只知道遵从武士道的军队大败，而尊王攘夷运动也以失败告终。期间，新选组作为幕府的支持者，又是会津藩属下，自然也在这次行动，主要作用是肃清京都城内的攘夷派。尊王攘夷运动失败之后，对持的情况并没有结束，反而开始变得极端化，讨幕运动开始了。也可以被称为“倒幕”，但后者更倾向于使用非军事手段。
回看之前的攘夷运动，长州藩几乎以惨败而告终，与此同时另一个强藩萨摩藩也深受其害。在此情形下，他们意识到，欧洲人并不是问题的关键，幕府才是，毕竟前者也打不过。在这种危机时刻，再任由幕府统治下去，败亡是早晚的事，而解决这一切的根本，就是主动接受改革，并引进西方的先进技术。而后这一想法得到了英国人的支持，毕竟幕府倒台之后，也方便了他们在这里做生意。至此由萨摩藩和长州藩等组成的讨幕派成立，对手则是以会津藩为主的佐幕派。
1867年开始，双方关系极度恶化，幕府将军德川庆喜被新政府要求辞官纳地，这一举动直接引起了双方开始进行武力斗争。当然佐幕派也不是传统的旧势力，他们亦得到了法国的支持，但此时日本的民心所向皆在讨幕。1868年，双方在京都南边的鸟羽、伏见等地交战，这一回，幕府军大败，德川庆喜逃亡江户。而后讨幕派乘胜追击，幕府重臣胜海舟见大势已去，便劝说了德川庆喜投降，至此日本幕府时代结束。
鸟羽伏见战争中，新选组亦有参战，但和其他幕府军队一样屡战屡败，队员近乎损失殆尽，而后选择一同撤往江户。这期间，组长近藤勇被讨幕军抓获并处死，在讨幕派眼里，他就是幕府不折不扣的鹰爪。同时新选组一番队队长冲田总司也在这个时候，因肺结核病逝。倒是副长土方岁三，一直坚持着幕府的统治，并带领剩余队员跟随幕府残军退守到了北海道，而后参与建立了虾夷共和国。虾夷指的就是北部地区包括北海道，幕府将军也称征夷大将军，征的就是这个。
德川庆喜投降之后，幕府海军将领榎木武扬占据北海道，并收编了幕府残军。1869年，虾夷共和国成立，其实当时并没有“共和国”一说，只是虾夷政权而已，这一名称是在1874年出现的。倒是这个政权成为了全亚洲最早使用选举制的势力。通过选举，榎木武扬成为了虾夷的总督，而土方岁三担任陆军副司令，以及海陆两军宪兵总监。在这之前，土方岁三在江户开城投降时不幸被乱军所伤，在会津修养了三个月，期间还修建了供奉近藤勇的天宁寺。顺便一提，近藤勇也是天然心里流派的第四代剑术宗师。
公元1869年箱馆之战爆发，虾夷政权遭到新政府军的攻击。新选组人员守卫的辩天台场遭新军围困，土方岁三带领少数人开始突围，但不幸腹部中弹而亡。他的死也标志着，新选组彻底消亡了。奇怪的是，土方岁三的遗体至今下落不明。之后榎本武扬开城投降，虾夷政权，这个最后的幕府支持势力，在坚持了125天之后覆灭。
参考文献《京都历史事件簿》、《新选组事典》
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