乔楚生(张云龙 饰)带路垚(胡一天 饰)和白幼宁(肖燕 饰)来调查钟楼血案，死者是礼顿肥皂厂聘请的钟楼的监工李亨利，报案人是花匠张恭，他和李亨利有过节，昨晚张恭和情人偷偷约会，突然发现钟楼里出来很多老鼠，紧接着就从里面流出很多血，墙面上也在渗血。
乔楚生摸了一下血红的墙，虽然味道很腥，可不是人血，路垚觉得是铁锈。墙体渗出水和铁锈混在一起。陆垚解释说最近上海正值梅雨季，只要在墙面上糊上薄薄的一层油，就可以形成一层不透水的膜，水分渗不进去，就会形成水滴流出来。之所以被人误认为是血，是因为有人在上面涂了铁锈，水锈结合很容易混淆视听。乔楚生奇怪为什么血流会径直流向尸体，陆垚觉得是利用了钟楼人行道有坡度的原因。可乔楚生觉得不太可能。
乔楚生把张恭抓来突审，张恭承认昨晚来找李亨利要债，可他只给了自己五块大洋，还承诺明天会给张恭一根金条。而当时李亨利一直在看表，可能是在等人。其他的他什么也不知道了。
路垚和乔楚生再次来到钟楼前排查，白幼宁查到李亨利平时作息规律，每天第一个来钟楼工地，晚上最后一个离开，门口拉小提琴的和摆摊算命的人可以作证，路垚发现墙砖质量很次，乔楚生怀疑李亨利和政府内部的人勾结以次充好，就叫上白幼宁和路垚连夜查找钟楼修建的批文。
乔楚生和白幼宁整整看了一下午批文，路垚却偷偷跑到钟楼门口闲逛看杂耍。乔楚生很快查到实业科周科长和李亨利暗中勾结，一起把钟楼造价提高，然后再以次充好、中饱私囊。可李亨利一死，周科长也消失了，线索就此断了。
萨利姆来向乔楚生汇报静安寺街心花园的钟楼又死了一个人，乔楚生就带路垚和白幼宁赶往案发现场，报案人是钟楼的清洁工，乔楚生发现死者正是周科长，而现场血迹流向和李亨利完全不同。
白幼宁强行拉着路垚去周科长家排查，路垚被周科长家的唐三彩和各种文物深深吸引，周太太交代了周科长贪污了一箱子金条，白幼宁和路垚叹为观止，没想到一个小小的实业科科长就能贪污这么多金条。
乔楚生带路垚和白幼宁来找礼顿肥皂厂董事长了解情况，可他一直在忙着接电话，路垚看到烟灰缸里满满的烟蒂，还在垃圾桶里捡到一个百乐门纪念版的火柴，百乐门店庆那天九点到十二点在场的人才有资格得到，路垚认定董事长没有嫌疑，线索再次中断。
乔楚生一筹莫展，路垚觉得周科长和李亨利的死导致钟楼工程停工，获益的人就是最大嫌疑人。路垚看到楼下面馆漏水，才意识到他忘关水龙头了，路垚和白幼宁赶忙上楼查看，发现水已经流得到处都是，路垚看到水流的方向，突然恍然大悟，他终于明白凶手杀死李亨利和周科长的办法了。
路垚再次来钟楼，逼算命的人说出“钟楼反弓煞”谣言的出处，算命的人就按照钟楼的形状做了分析，还让路垚亲自上楼去验证一下。
乔楚生派人到钟楼附近的巷子里走访，得知有几户人家对钟楼挡光很不满，于是他便就此进行了深入了解。
路垚站在钟楼顶上向下看，证实了算命人的说法，也因此断定凶手是拉小提琴的那个男人。路垚查出，每天钟楼施工结束以后，工人都会用肥皂水来清理，肥皂水和血液汇合在一起，液体表面会出现张力不平衡的现象，在这种不平衡的受力下，血液就会流动起来。陆垚指出凶手就是利用了每天都在这里摆摊的小商小贩，他们每天的占位基本都是固定的，收摊后他们都会习惯性的把摊位摆在人行道的一侧，这样一来就堵住了几个岔口，液体就会越过去，流向别的路口。
众人追问为何第二天血流又改变了方向，径直流向了周科长尸体所在的北边？陆垚解释道这里每天只有拉琴的男人是没有行李放路边的，如果他站在西边，则早起摆摊的人都会往东挪一点，收摊后也会习惯性的把摊位摆在身后的草丛中，这样一来往北的岔路就会被堵住，血液也会自然而然的流向西侧的花坛；而只要他昨天站回原位，大家的摊位也就都归位了，往北的岔路通了，血液就流向了北边的花坛。路垚借来了那个每天给钟楼画画的人的画本，从他的画里发现拉小提琴的男人位置正如陆垚说的并不固定，所以导致其他人摆放摊位的位置稍有改变，他就是利用这点改变了血液的流向。
这时乔楚生也赶来证实了这个男人是为了让钟楼停工，才不惜杀人造势，让人以为钟楼会带来血光之灾，进而达到拆楼的目的。拉琴的男人只好承认是因为这钟楼挡住了他卧病在床的老婆的视线，而他老婆今天早上已经去世了。
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