加盟者要想获得使用连锁加盟总部商标的权利并得到其全力支援，这一切并非是免费的，加盟者必须向连锁加盟总部交纳一定的连锁经营费用。连锁加盟总部收取费用的方式布局相同，有的连锁加盟总部一次结清，有的连锁加盟总部逐项逐次收取费用；有的连锁加盟总部一次性买断连锁经营权。但大多数连锁加盟总部把收费期限定得较长，以保留双方长时间的联系。由于收费方式多种多样，这就要求加盟者在签订合同之前，应逐项细心研究，认清各种方法的利弊，同时征询有关专业人士的意见，以免将来被动。
不同连锁加盟总部的收费的方式有所不同，常见的有以下几种。
1、加盟费。这是加盟者为取得连锁经营权，在签订合同时向连锁加盟总部一次性交纳的一笔费用，但合同期满或中途退出时不予退还。这笔费用一般占加盟者全部投资的5%-10%。
2、保证金。这是连锁加盟总部进行经营指导而收取的费用，连锁店按月交纳，其计算方法依行业不同而不同。
3、其他费用。如市场调查费、培训费、专利设备费、广告宣传费、促销费等。加盟者在分析连锁加盟总部收取的费用并确认合理后，接下来便要对加盟后的营业额及利润做一个初步估计，以得知投资回报率的高低。一般情况下，连锁加盟总部会给加盟者一个参考营业额或利润数字，但他们为了吸引加盟者，往往会将营业额或利润计算得较为乐观。加盟者应注意分析其计算方法是否正确，必要时，加盟者应当征求专业人士的意见。加盟者拿到连锁加盟总部的营业额或利润数字后，还要考虑几个方面的问题：一是季节波动性；二是经济波动因素；三是其他开支。
加盟者最好将预计营业额和利润分成最好、一般、不太理想三种情况，最坏的情况下自己是否能承受。然后再根据准备的营业额和利润估计，推算出自己的投资回收期。一般利润高的行业，回收期在半年至两年之间，利润一般的行业回收期在2-3年时间，而投资大、利润低的行业，回收期则要3-4年时间。超过4年的利润回收期，加盟者就要认真考虑是否值得投资了。
