1、职能不同：差额拨款单位都具有行政事业性收费职能，其提供的服务，虽然带有公益服务性质，但都有收费职能，或者有收费实际事项发生。虽然有的是非盈利事业单位，有的是准盈利事业单位，有的是半盈利事业单位，但改变不了其收费的本质。只要有收费职能，不管是其职能已经发生变化，收费事项取消，没有了收费权力，或者是收费职能未取消，但实质上已经取消收费行为，或者是收不到费，没有盈利，收入微薄等，也改变不了职能本身的性质。而全额事业单位，其职能是行政辅助类或者公益服务类，不能或者不宜由市场配置资源，不开展经营活动和收费服务费用，其宗旨、业务范围和服务规范由国家法律法规规定。
2、编制类型不同：差额事业编制是独立存在的。虽然不管全额和差额，都使用的是事业编制，但差额拨款事业单位使用的事业编制是特定的，专供差额事业单位使用，这在事业编制类型上是严格与全额事业编制分开统计的。机构编制部门禁止混编混岗，差额事业单位不能使用全额事业编制，全额事业单位也不能使用差额事业编制。
3、财政拨款方式不同：全额事业单位是经费、人员工资由地方财政完全供给，差额是按比例供给。差额的比例是可以变动的，根据差额单位收支情况、公益服务职能承担情况、实际债权债务情况等因素，由地方政府随时确定差额比例。收入好，财政负担1%也叫差额；收入不好，负担重，承担公益服务职能工作量大，财政负担99%也叫差额，全部负担也叫差额。比例不是问题，职能性质是确定单位性质的关键。
4、分类改革不同：全额事业单位并非全部是公益一类事业单位，根据职能划分，相当一部分是公益二类。而差额事业单位除乡镇卫生院是公益一类外，其它全部是公益二类事业单位，有的甚至是生产经营类。其分类改革的方向，是将由社会和市场可以承担的服务，交由社会或者市场承担。不宜由社会或者市场承担的职能，继续保留在事业单位序列，或者将职能整合到其他事业单位。差额事业单位在事业单位分类改革中，将会发生重大变化，对职工影响也比较大。但根据国家政策，随自收自支类事业编制人员之外，其他体制内人员基本上遵循“编随事走、人随编走”的原则，在两至三年过渡期内，逐渐分流到其他单位，临近退休人员可以直接交由社保部门保障，绝不能简单推向社会，造成新的人员就业问题。
