单纯性的甲状腺肿以观察为主，可能不需要治疗，特别是当甲状腺肿很小，没有临床症状，且甲状腺激素水平正常的情况下，随诊观察就可以了。不过，如果甲状腺激素水平受到影响，不管是太高还是太低，则需要就医治疗。
如果已经发生甲减，应该给甲腺激素替代治疗，这点对于妊娠妇女非常重要。
治疗的目标包括使甲状腺激素水平恢复正常，通常是通过药物治疗。当药物起效时，甲状腺可能会慢慢恢复到正常大小。然而，有大量疤痕组织的较大结节性甲状腺肿，通常在治疗后不会缩小。
如果甲状腺肿引起不适，导致甲状腺激素过度分泌，对药物没有反应，或者发生癌变，可能需要手术切除整个甲状腺。彩超证实甲状腺肿钙化者，或者甲状腺肿合并甲亢的患者也可以采取手术治疗。术后需要长期补充甲腺激素治疗，以免复发。
如果不适于运用手术治疗的患者，可以采用放射碘131治疗性功能性切除，也可以使体积缩小30%到50%左右。
如果患有甲状腺肿，医生可能会建议定期进行超声检查，对其进行评估，以确保甲状腺肿没有生长或发展出结节。
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