王敦顺利地进入了帝国都城之后，很清楚自己为什么能够如此顺利地完成既定目标。所以他进入都城之后的第一件事，就是履行自己的诺言：清君侧。
王敦为什么会造反？就是因为晋元帝司马睿的集权行为侵犯了众贵族的既得利益，所以王敦把焦点放在了出身普通的刘隗和刁协身上。
现在刘隗已经逃往后赵，刁协被杀。王敦立刻以司马睿的名义发表赦令，宣布“清君侧”行动圆满结束。
王敦进入帝国都城之后，晋元帝司马睿问周顗：“王敦进城后，皇宫什么事也没有发生，他真的只是来清理刘隗和刁协吗？”
从这番对话中我们可以肯定一点：王敦最初的动机并不是造反，他就是想教训一下晋元帝司马睿。他希望司马睿懂得如何尊重众贵族的利益，不要吃饱了没事玩什么集权。
但王敦进入都城之后，似乎有了更多的想法。于是他打算废掉太子，试探众贵族的反应。众贵族对此表示反对，王敦只得顺应民意，放弃了废太子的想法。
敦以太子有勇略，为朝野所向，欲诬以不孝而废之。大会百官，问温峤曰：“皇太子以何德称？”声色俱厉。峤曰：“钩深致远，盖非浅局所量。以礼观之，可谓孝矣。”众皆以为信然，敦谋遂沮。——《资治通鉴》·晋纪十四
史书在说起这段历史的时候，总会刻意夸大温峤的勇敢与能言擅辩，好象没有温峤，太子肯定就被王敦废掉了。真实情况显然不是如此，王敦之所以不敢废太子，绝不是因为温峤有多勇敢，而是因为“众皆以为信然”。众贵族都支持温峤的行为和观点，王敦立刻放弃了废太子的打算。
王敦一直想杀周顗和戴渊，但王敦也知道，自己的实力不足以杀死这二人。但当王敦获得了王导的默许之后，事情立刻就变得不一样了。
王导非常恨周顗，一心想杀死他。在王导没有对周顗流露出杀机之前，王敦迫于形势，只得一直表示：要在皇帝面前推荐周顗和戴渊，让他们出任要职。但当他得知王导的真实想法后，立刻表示要杀死周顗和戴渊。而且王敦杀周顗和戴渊之前，更是得到了王导的默许。
王敦准备杀周顗和戴渊的时候，曾经探过王导的口风。王敦先说：“周顗和戴渊很有名望，可以位列三司。”王导不说话。王敦又问：“就算不列三司，也得作个仆射吧？”，王导依然不说话。王敦最后说：“要不然，宰了他们？”王导还是不说话。
敦既得志，问导曰：“周顗、戴若思南北之望，当登三司，无所疑也。”导不答。又曰：“若不三司，便应令仆邪？”又不答。敦曰：“若不尔，正当诛尔！”导又无言。——《晋书》·卷六十九·列传第三十九
不久之后，周顗和戴渊就被王敦逮捕并处决。
从这个角度来看，周顗和戴渊的死亡完全是王导一手促成的，如果王导开口为周顗和戴渊说句话，事情也未必会发展到这个地步。
周顗与王导的关系非常复杂：他们本来是朋友，但在王敦第一次叛乱之后，晋元帝司马睿曾想杀掉王导全家。就在这种危机关头，王导找周顗求救，周顗却拒绝了王导。
后来王导缓过劲来，因此怨恨周顗，其实是王导冤枉了周顗。周顗一直在劝皇帝不要杀王导，之所以拒绝了王导的求救，是因为周顗有不得已的苦衷。
当时，王敦大军随时可能威胁帝国，如果周顗一方面劝晋元帝司马睿信任王导，另一方面又与王导套近乎，司马睿肯定会认为周顗是一个不值得依赖的小人，因为这种做法很像是周顗在司马睿和王氏之间搞政治投机。就因为这个原因，使得周顗在面对王导的求救时，只能硬着头皮拒绝。
等到王敦胜利之后，周顗依然与王导保持距离，因为他知道自己此时更不能与王导套近乎，否则只会更加危险。
如果周顗对王导说：“在皇帝要杀你全家之时，我曾竭尽全力帮助过你。不信你看我当时写给皇帝的奏章！当时我拒绝你的求救，是有不得已的苦衷。”
周顗要是敢这么做，肯定会死得更惨。因为这种做法只会让人认为周顗脚踏两只船。到了那个时候，周顗必然会身败名裂，所以周顗依然只能与王导保持距离。
此时的周顗，恐怕只能默默祈祷：赶快让王导看到我为他写的求情奏章吧，别让他再误会我了！
但当王导看到周顗为自己写的求情奏章时，周顗已经死去多时了。对此，王导只能哭着说道：“我不杀伯仁，伯仁却因我而死。”伯仁是周顗的字，王导一句话就可以令伯仁不死，但他就是一句话也不说。
至于谯王司马氶的死，则是贵族与皇权之争的外延。司马氶出任地方军政中心长官，代表了司马家族扩张的开始。如果司马家族的这种行为得到认可，那么江南的经济、政治和军事资源恐怕就会逐渐成为司马家族的囊中物，东晋帝国也会逐渐成为真正的大一统帝国。理所当然地，这种做法与贵族的既得利益有根本性冲突，不可能得到认可。
王敦起兵之时，甘卓一直在观望，江南贵族周札和沈充更是公开支持王敦，陶侃等人则是动口不动手，坐山观虎斗，只有谯王司马氶全力以赴地投入了平定王敦的战争中，在帝国都城被攻破之后，司马氶依然在与王敦斗争。
谯王司马氶为什么不愿意服软？因为他很清楚：皇帝已经服软了，如果自己再服软，司马家族以后就再也没有任何强硬的可能了，司马家族必须得有一个带种的人站出来，和这帮操蛋的贵族抗争到底！
从这层意义上讲，谯王司马氶的死，是皇权与贵族相争的结果。
说实话，尽管司马家族出现过司马乂和司马遹这样的豪杰，但总体来说，我对司马家族并无好感。因为他们的内斗耗尽了中华民族的元气，致使中原大地进入了将近三百年的乱世。
但当我看到谯王司马氶的坚持时，却情不自禁地想为他喊一声好！
皇帝为了不被制衡，任用了几个出身普通的官员，贵族们立刻用武力收拾皇帝。司马家族当然不是啥好东西，但这帮垄断仕途的贵族更不是啥好东西。
后世很多人说：王敦第一次叛乱成功以后，已经大权独揽，成为了司马懿一样的人物。
这种说法就是在给王敦的脸上贴金，把他打扁捏圆左看右看，我也没发现他有哪里比得上司马懿。
表面上看，王敦就像司马懿那样无所不能。可事实上，他连亲自朝见皇帝的勇气都没有。在都城待了没多久，王敦觉得实在是没意思，就决定回武昌。
在王敦决定离开都城时，谢鲲（谢安的伯父）劝他应该亲自向皇帝告别：“您当初起兵的口号是“清君侧”，现在您已经为皇帝完成了这个任务，当然应该亲自面见皇帝并接受表彰，怎么能这样一声不吭地回武昌呢？”
王敦问谢鲲：“你敢保证我去见皇帝没有危险吗？”
谢鲲说：“我看是没有危险的，如果您认为有危险，我可以陪着您一块去，我可以用我的性命担保您没有危险。”
王敦气得大骂：“你那条贱命值几个钱？你这种人死上几百个，对时局也不会有什么影响的！”
说完以后，直接带着部队回武昌了。
敦既诛害忠贤，而称疾不朝，将还武昌。鲲喻敦曰：“公大存社稷，建不世之勋，然天下之心实有未达。若能朝天子，使君臣释然，万物之心于是乃服。杖众望以顺群情，尽冲退以奉主上，如斯则勋侔一匡，名垂千载矣。”敦曰：“君能保无变乎？”对曰：“鲲近日入觐，主上侧席，迟得见公，宫省穆然，必无虞矣。公若入朝，鲲请侍从。”敦勃然曰：“正复杀君等数百人，亦复何损于时！”竟不朝而去。——《晋书》·卷四十九·列传第十九
就这幅熊样，还有人说他像司马懿？司马懿虽然在后世经常被黑，但是司马懿本人的实力还是值得肯定的。拿王敦这种货色和司马懿相比，我替司马懿感到憋屈！
这也说明了一点：王敦的第一次叛乱虽然轻松获胜，但他并没有控制东晋帝国的力量。
虽然离开了都城，但王敦并不甘心。他很清楚：东晋依然是众贵族共同执政的格局，但他认为自己实力强大，或许努力一把就能当皇帝了。
在这种矛盾心理的驱使下，王敦做出了试图废太子的举动，也因为忌惮周顗和戴渊的影响力，所以最终在王导的默许下杀了二人。随后，王敦又杀死了周札和甘卓。
种种迹象表明：王敦已经按捺不住了。他认为自己不管是朝前走还是往后退，都要面临种种艰难险阻，既然如此，还不如博一把。
但王敦最终还是没能走到最后一步，他病重了。
当王敦感受到死神的召唤之后，他似乎清醒了许多，立下了上中下三条计策。
我死之后，莫若释兵散众，归身朝廷，保全门户，上计也；退还武昌，收兵自守，贡献不废，中计也；及吾尚存，悉众而下，万一侥幸，下计也。——《资治通鉴》·晋纪十五
在王敦看来，他的继任者首选是向皇帝表示臣服，其次是向皇帝表示妥协和退让，最坏的选择才是做一个乱臣贼子。
但王敦的继任者却选择了下计，所以在王敦去世后不久，王敦一系就遭受了灭顶之灾。
王敦被起出尸身，烧毁衣冠，并摆成长跪的姿势戮尸，头颅被斩下后与其继任者的头颅一同被挂在城南朱雀桁上，向平民展示。
王敦的尸首没有人敢收葬，最后还是在尚书令郗鉴的建议下，才让王敦家属收葬。
王敦覆亡后，王敦各党羽都被追捕，但琅琊王氏并未被牵连，王导等人更是加官晋爵。
