篡位成功后，朱棣从来不忘使用广施恩惠的手法来笼络人心。但也正是由于是篡位之臣，对于那些反对他或触犯这个禁忌的人，他毫不留情地加以铲除。朱棣还因此发明了瓜蔓抄的诛戮手段。这种问罪的方法就好像瓜蔓蔓延，株连非常广，因此得名。
瓜蔓抄在古代流行的族诛的基础上，让许多的无辜者受到牵连，比族诛更加狠毒和残酷。早在建文四年，朱棣攻占南京后，建文朝的左佥都御史景清刺杀他，但是失败了，朱棣大怒，于是下令杀他九族，又把他祖先的坟墓都挖出来，因此他的很多同乡被牵连，以至于整个村子都被杀光，成为废墟。
黄子澄、齐泰是朱棣起兵时宣称要消灭的“奸臣”。在朝廷之上，黄子澄对朱棣称“殿下”而不是“陛下”，嬉皮笑脸。朱棣怀疑他有影射其起兵谋位的嫌疑，敏感的朱棣大怒，命人将黄子澄所有的亲戚一律逮捕，将黄家老小65口，妻族外亲380人全部押到黄子澄面前，但黄子澄依然不改口，于是朱棣命人砍去他的双手双脚，将他碎剐而死，他的家人也全部被斩首，而那些亲戚则全部发配边疆。
齐泰也像黄子澄一样身受千刀万剐而死，他的家族也被诛灭。建文帝时礼部尚书陈迪在朱棣面前和他辩论君臣大义，朱棣便叫人将他儿子们的鼻子割下来煮熟了给他吃，还问他味道怎样。陈迪也是很有骨气，回答说到：“忠臣孝子的肉，比什么都鲜美。”最后其父子六人全都被凌迟处死。
而方孝孺同样难逃瓜蔓抄的下场。因方孝孺是建文帝身边最亲近的大臣，忠心不二，誓死不降，朱棣经过多次尝试收为己用无望后，把方孝孺的朋友门生也列作一族，连同宗族合为“十族”，总计873人全部凌迟处死。
