自1939年9月1日设市至今，自贡行政区划经过了多次变迁。频繁变迁的主要原因，前期是更好地促进盐化工业发展，以及伴随盐化工业发展而腾飞的其它行业；后期的大调整，则是为了推进四个区进一步做强做大，进而促进自贡这座城市的壮大和繁荣。
设市初期设置区级机构
自贡市刚成立时，疆域是从富顺县、荣县划出的五镇五乡组成，即桐垱镇、新垱镇、上丘镇、长丘镇、贡井镇、大山乡、高硐乡、新又乡、敦睦乡、艾叶乡，面积160.9平方公里，人口23.52万人。
考虑到各乡镇名称多与地方名称不符，1943年，市政府将桐垱镇更名为自流井镇，新垱镇更名为大文镇，上丘镇更名为筱溪镇，新又乡更名为凉高山乡。
1944年1月，市政府参照成渝两地，将全市划分为3个行政指导区，由警察分局局长兼任指导员，以加强警保（保为村民、居民自治单位）联系，加强社会治安管理。自流井、长丘两镇为第一行政区；贡井、筱溪两镇及艾叶、敦睦两乡为第二行政区；大文镇及大山、高硐、凉高山乡为第三行政区。3个行政区不具有地方政权性质。
区级行政机构建立始于1944年8月。全市改乡镇为区，将原10个乡镇改为9个区，推行区公所管理制度。第一区即原自流井镇，区公所位于慧生公园（今彩灯公园）；第二区即原长丘镇，区公所位于光大街；第三区即原筱溪镇，区公所位于筱溪街；第四区即原贡井镇，区公所位于贡井街；第五区辖原敦睦乡、艾叶乡，区公所位于艾叶滩正街；第六区即原大文镇，区公所位于大坟堡；第七区即原凉高山乡，区公所位于位于凉高山街；第八区即原大山乡，区公所位于大山铺；第九区即原高硐乡，区公所位于高硐街。区公所不是一级政府，是市政府的派出机构，其权限就看市政府授予多少。当年，9个区不仅主持辖区各种行政事宜，有关税收田赋、兵役、选举等都以区为单位。
设置调整区级人民政府
1949年12月，自贡和平过渡后，旋即成立了军事管制委员会和市人民政府。次年3月，新政府考虑到本市地域面积小、土地集中，为节省开支、提高行政效率，决定将原有的9个区合并为6个区，并且是一级政府。第一、二区合并为第一区，第三、四区合并为第二区，第六、七区合并为第三区，第八区改称第四区，第五区不变，原第九区改称第六区。同年6月，又将第六区划入第三区。同年9月，遵照川南行政公署指示，5个区由人民政府改称区公所，由独立的一级政府变为市政府派出机构。
为促进盐业发展，给予地方更大的权力，1953年1月，市政府将第一区更名为自流井区，第二区更名为贡井区，第三区更名为大坟堡区，并成立区人民政府。同时，将缺乏盐卤资源的第四区和第五区分别更名为第一区和第二区，仍设区公所。
为了搞好城市建设，促进城区发展，也便于加强对农业生产的规划，1953年6月，撤销第一、二区公所，成立郊区人民政府，将自流井、贡井、大坟堡3个区所辖的农村部分划给郊区管辖，同时将原第一、二区的大山铺镇、艾叶滩镇分别划归大坟堡区和贡井区管辖。1955年8月，大坟保区改名为大安区（1957年1月至1961年1月曾撤并到自流井区）。
1957年，富顺县邓关一带，勘探出丰富的盐卤和天然气资源。为确保资源开采及利用需要，加速自贡盐化工业发展，1959年8月，邓关镇、邓关公社釜溪河以西部分，永安区（共和国成立后，全国所有县都设有区公所，管辖少则五六个多则十一二个公社或乡镇）的永安、兴隆、黄市、舒平、联络、富全公社，沿滩区（富顺县辖区）的沿滩镇及沿滩、詹井、王井、卫坪、九洪公社，以及宜宾专区宜宾县的漆树、农团、仲权公社，均划归自贡市郊区管辖，使得自贡市面积一下扩大了3倍多，人口翻了一番多。郊区党委、政府办公地由罗湾（现自流井区东兴寺街伍家坝社区内）迁往沿滩镇。
荣县富顺归属自贡管辖
共和国成立后，经过化工城建设、三线建设，全市工业经济发展很快，形成了以盐化、机械、电子为主干的城市工业体系，这就需要更广阔的农村为城市提供商品粮和农副产品，荣县、富顺县便先后归属自贡市。
1978年4月，中国经济面临着全面调整、改革，荣县全境从内江地区划归自贡市管辖，同时，富顺县何市区（现何市镇、三多寨镇、永嘉乡等）划归自贡市并撤销区公所建置，其所辖公社由大安区直管。1983年3月，富顺县全境由宜宾地区划归自贡市管辖。同时，郊区更名为“沿滩区”。至此，自贡市四区两县的格局形成，总面积为4372.6平方公里，总人口277.6万人。
1981年7月，全市实施农村政、社分开试点，在荣边等4个公社试点建立乡政权。1983年，此项工作在全市全面铺开。至1984年3月，全市所有公社都更名为了乡或镇，共有17个县辖区、25个镇、151个乡、12个街道办事处（为区政府派出机构）。
新时期的行政区划调整
1995年，全市完成了新一轮撤乡并镇改革，乡镇个数大为减少。2001年，荣县、富顺县17个县辖区级派出机构（区公所）全部撤销。
2005年6月，经国务院批准，大安区的红旗乡，沿滩区的仲权镇、舒坪镇、高峰乡、农团乡、漆树乡，和贡井区的荣边镇划归自流井区管辖；荣县的龙潭镇、桥头镇、五宝镇、莲花镇、成佳镇、白庙镇、章佳乡、牛尾乡划归贡井区管辖，将富顺县的庙坝镇、牛佛镇、回龙镇划归大安区管辖，将富顺县的仙市镇、瓦市镇划归沿滩区管辖。
2018年12月，自流井区高峰乡及大安区和平乡、凤凰乡更名为同名镇。至此，全市共有96个乡镇、12个街道办事处，其中乡镇平均面积约43平方公里，平均人口1.8万人。
为支持县域经济发展、优化城镇发展体系、做大做强中心场镇，2019年9月，我市又进行了新一轮乡镇撤并改革。调整后，全市共有乡镇65个、街道25个，其中乡镇平均面积约64平方公里，平均人口3.4万人。（记者 蒋周德）
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