《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号）规定，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。合伙企业的所得税，按照“合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则“进行缴纳。这里所谓“先分后税”原则的“先分”并非指合伙企业的利润分配，而是指合伙企业按合伙协议约定的比例确定合伙人应分配的应纳税所得额；所谓“后税”是指合伙企业合伙人按合伙协议约定分配比例分配的应纳税所得额分别缴纳企业所得税或个人所得税。
这里有人问，合伙企业如果对生产经营所得不进行分配，合伙人是否要缴纳所得税？其实之所以产生这一疑问，这与当前合伙企业相关税收政策不完善有关。
对于合伙企业个人合伙人如何缴纳个人所得税，财政部、国家税务总局《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》(财税[2000]91号)第四条规定，合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%—35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。据此，合伙企业每一纳税年度的生产经营所得应由个人合伙人在合伙企业规定的纳税期限内缴纳，而不论合伙企业是否对生产经营所得进行了分配。
对于合伙企业法人合伙人如何缴纳企业所得税，相关税收政策并没有确定性的规定，故在税收征管中关于法人合伙人如何确认企业所得税纳税时点问题常出现争议。有人认为，合伙企业法人合伙人纳税义务发生时间应适用企业所得税法的规范，作为企业的对外投资行为，即应在合伙企业做出应纳税所得额分配或决定分配时作为企业所得税的纳税时点。
综上所述，合伙企业由合伙人缴纳所得税中，法人合伙人适用企业所得税法与合伙企业行政政策规范之间存在一些税收政策规范衔接问题，虽然在具体的税收征管中这一问题并不突出，但毕竟是一种惯性做法，希望能尽快出台相关税收政策来解决这一问题。
