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“中华文明起源和早期发展综合研究”于2001年底立项，2018年正式公布了成果。中华文明探源工程进行了十几年，推动了浙江良渚、山西陶寺、陕西石峁和河南王城岗、新砦、二里头等一系列考古遗址的发掘，取得了不少成果。传说中的“三皇五帝”，在中华文明的起源中到底扮演了什么样的角色，在工程的课题设计和实施过程中并未提及。
本文试图基于逻辑、文献与考古成果对中华文明的起源脉络进行勾勒，让考古成果与文献、传说在逻辑上统一起来。核心观点是：中华文明萌芽于“三皇”时期，起源于“五帝”时期，成熟于“三代”时期，是本土文化融合外来文化的结果。
一、中华文明起源的主要观点关于中华文明的起源，20世纪早期盛行“西来说”（如刘师培、章太炎、梁启超等），30年代出现“独立说”（如傅斯年的“夷夏东西说”、梁思永、李济等），50年代后流行“本土说”（如夏鼐的“中原中心说”、苏秉琦的“满天星斗说”和“直根系说”）。近年来，在考古和古史研究界，人们多倾向于用“多元一体”来描述上古时期各区域文化互动起源，有人称其为“新中原中心说”。
在探讨文化或文明起源时，需要避免混淆的是，文化传播不等于人种迁移，虽然这二者也可能是同步的，但有时少数外来族群也可能让多数本地族群出现文化变迁，这种变迁可能是进步，也可能是退步。中华大地的居住人群一直是流动与融合的，文明溯源是探讨中华大地由文化阶段迈入文明阶段是如何发生的。
文化进入文明的标志，一般有三要素说或四要素说。三要素指城市、文字和金属工具，四要素是在三要素之上加上一条礼仪性建筑。文明要素说最早是由英国一些考古学家根据西亚文明发展情况提出来的。近来中国学者提出文明社会由物质文明、精神文明和制度文明三部分组成。这种划分有更广阔的视角和更抽象的概括，且更具包容性，但不足之处是标志不明确欠清晰，不似“要素说”简单明了。
对于中华大地由文化阶段进入文明阶段，目前中国学界的主流观点是：1.距今5800年前后，黄河、长江中下游以及西辽河等区域出现了文明起源迹象；2.距今5300年以来，中华大地各地区陆续进入了文明阶段；3.距今3800年前后，中原地区形成了更为成熟的文明形态，并向四方辐射文化影响力，成为中华文明总进程的核心与引领者。
从地域版图来看，中国早期文化影响较大的有：长江下游的上山、跨湖桥、马家浜、淞泽、凌家滩、良渚等文化；长江中游的彭头山、大溪、油子岭、屈家岭、石家河等文化；长江上游的宝墩、三星堆文化；甘青地区的大地湾、马家窑、齐家、四坝等文化；山东地区北辛、大汶口、龙山、岳石等文化；北方地区红山、夏家店、石峁等文化；中原地区的裴李岗、仰韶、陶寺、二里头等文化。这些文化构成了中国上古的文化版图，最终孕育出中华文明。
在上述考古研究的基础上，目前学界涌现出对中华文明源头的多种猜测。在没有可以得到公认的论据之前，各种合理的推测和学说都应该允许探讨，这是学术求真的基本态度。
对于文明起源的研究，主要方法包括研究文献、民俗、考古成果和运用分子人类学方法等。考古成果只能提供资料，考古资料要与文献记载联系在一起，才能还原真实的历史。虽然，在没有获得充分内证性材料支持的情况下，一般不将考古成果或某一遗址背后的族群与文献中的上古人物进行对照匹配，但从逻辑的视角分析历史演化，离不开对历史文献，乃至神话传说与考古成果进行联结。
按照传统历史叙述，华夏历史从“三皇五帝”开始，但是三皇五帝在迄今的考古成果中都无法得到证实。而当各种考古成果与可信赖的历史文献进行对接时，可以得出中华文明演化的大体脉络，这种靠多学科、多领域证据逻辑推测出来的脉络未必准确，却为现有信息条件下尽可能真实还原历史做出有益探索。
之所以要将二者联结，是为避免两种常见的极端化观点，一种是只看考古成果，不相信中国古典文献的记载，另一种是只依赖古籍传述，不采用考古成果辨别记述真伪。只有通过逻辑让文献与实物契合，才能更好地理解真相。
主流观点是在现有证据的条件下得出的多数人认同的结论。当解释还有不圆满的地方时，允许有其它推测和猜想，也许各种观点证据都不充分，但可以继续探寻。通过逻辑链条联结考古资料与文献记载，会出现多种合理的版本，这些可能性应该允许同时存在，任何结论或假说都是探寻真相的努力，都是秉持客观真实的态度进行学术探讨，都不影响主流观点与文化自信的存在。
本文在运用可信文献资料整理中华文明起源脉络时，尽量将多领域的研究成果与可靠的中国传统文献及传说结合越来。当然，以迄今掌握的资料，完全对应是不可能的，且历史文献本身尚存质疑，因此这种尝试只是逻辑演绎，而非资料考证。事实上，中国传统的严肃学者也会运用这种方法提出对历史的认识。
例如《史记》是公认的严谨之作，开篇以《五帝本纪》、《夏本纪》详述中国历史传说时代的人物关系与族群演变，卷十三以《三代世表》将上古帝王谱谍清晰呈现。司马迁在对距他2000多年前的历史进行记述时，同样是查阅了大量可信史料（“予观《春秋》《国语》，其发明《五帝德》《帝系姓》”），进行了大量实地考察（“余尝西至空桐，北过涿鹿，东渐于海，南浮江淮”），然后运用逻辑分析法去粗取精，得出结论（“非好学深思，心知其意，固难为浅见寡闻道也。余并论次，择其言尤雅者，故著为本纪书首”）。
本文提出一种假说，认为中华文明的起源与发展始终处于本土族群与外来族群的融合过程中。外来族群可能统治中原，本土族群也可能外迁海外。中华文明萌芽于“三皇”时期，起源于“五帝”时期，成熟于“三代”时期，是本土文化融合外来文化的结果。“五帝”之首的黄帝与“三代”之初的夏禹可能均有一部分外来族群的血统，但这丝毫不影响中华文明的伟大。这个故事脉络应该从人类走出非洲开始讲起：
距今约6万年前，一批早期人类走出非洲，沿着非洲海岸-南亚海岸-东南亚海岸，终点站抵达澳大利亚。这批智人没有像此前走出非洲的人类那样遭受灭绝厄运。约4万年前，由共同祖先繁衍出的第二波走出非洲的早期人类进入欧亚干草原带，向世界各地迁移。这次扩散持续了3万年。
在这个过程中，第二波早期人类在一些地方与第一波早期人类的后裔相遇，厮杀并融合。在东亚地区，第一波早期人类主要从东南亚进入长江流域，第二波早期人类主要从中亚进入黄河流域，后来成为东亚地区主导族群。这是人类DNA遗传基因分子结构的采样检测中得出的结论。
距今约12900年前，地球出现被称为“新仙女木事件”的超强寒潮，全球气候快速变冷，持续约1200年。期间大型哺乳动物减少或消失，可供采集的植物类食物数量骤减，原始人类开始大规模流动以获取更多的食物，游群与部落在接触与争夺中，拉开了人类文明的序幕。
“新仙女木事件”期间，原始人类被迫拓宽食谱，食用大量植物种子与坚果。其后的2000多年的时间里，地球气温回暖，有利植物生长，人类在长期与植物打交道的过程中发展出农业，出现定居。在农业发明之前，在渔猎为主的人类游群移动频繁，漫长的年代里有大量的不同文化接触。
浙江浦江上山遗址是距今约11000到8500年的新石器时代文化，其人已经会种水稻，会用石磨棒和石磨盘磨稻谷脱壳。湖南玉蟾岩遗址和江西仙人洞遗址均发现距今超过万年的有人工育化迹象的水稻遗存。这一时期的西亚两河流域的“新月沃土带”也出现原始农业和半稳定性聚落。
距今8200年前的“8.2千年冷事件”之后，各地原始人类因环境变化，纷纷聚集到更适合生存的河谷与三角洲地带，大规模人群的出现，使人类演化进入文明爆发阶段，出现城市与国家。古西亚与古埃及文明均在此时诞生，距今7400年前后，两河流域及尼罗河流域出现了目前发现的人类最早的城市。两地约在距今6500年前进入青铜时代。
人类文明最先在古西亚与古埃及这两个距离相近的地区产生，主要是气候与地形的结果。“8.2千年冷事件”之后地球上现今最大的撒哈拉沙漠和阿拉伯沙漠开始迅速形成。大面积草原消失，出现沙漠化，原本生活在这两片广大地区的人类被迫迁移，距离两大沙漠最近的两河流域及尼罗河流域成为地球上最先聚集了大量人口的地区，具备了人类文明产生的前提条件。
由于该阶段中华大地未出现大面积沙漠化等促使人口大规模聚集的气候环境演变，因此这一时期东亚文明进程不如古西亚与古埃及快速而激烈。但此时东亚文明也在气候骤变的刺激下开始快速孕育和萌生。中华大地出现满天星斗的文化聚落，且各有所长，其各自的突出贡献以传说形式流传下来。
东亚洪水泛滥等灾难导致人口骤减。此后，华北地区诞生了杰出的母系氏族部落——女娲氏。灾后女娲造人，大量繁衍，恢复人口，治理水患，斩杀水怪，清除威胁人类的猛兽，利用火灾过后产生的大量芦灰，填补淹水地区（“断鳌足以立四极，杀黑龙以济冀州，积芦灰以止淫水”）。女娲氏恢复和创新了被自然灾害一度中断的人类知识技术积累，如制陶技术，“造人传说”中的泥人塑像是制陶技术的副产品。女娲炼的“五色石”即各色陶土，用于制作工具与修补住处。
随着极寒之后的气候好转，各地人口大量繁衍，生存状态多由游群转为部落，进而出现部落联盟，甚至早期国家的形态。该阶段是中国传说中的“三皇”时期，已经有一些部落在较大地域范围内有了统治能力和影响力，其首领也被视为领导人们走向文明的杰出人物，例如燧人、伏羲、神农三个部落的首领。
继有巢氏发明建筑房屋后，燧人氏发明取火用火，熟食改善人类营养吸收状况，伏羲氏发明渔猎畜牧，动物性食物增加改善人类营养供给，神农氏发明种植五谷，植物性食物大幅提升食物数量，等等。陶器、弓箭、布帛、音乐等新事物也被各地发明。华夏出现第一个创新爆发期。此时定居和游猎均为部落生存的常态，因此各地间已经存在频繁交流互动，生产技术与宗教信仰也在扩散和传播。
中国境内辽河流域的兴隆洼文化（8200—7400年前）、红山文化（6000-5000年前）、黄河流域的裴李岗文化（8000-7000年前）、北辛文化（7500年-6100年前）、仰韶文化（7000-5000年前）、龙山文化（5000-4000年前）、黄河上游的大地湾文化（7800-4800年前）、长江流域的跨湖桥文化（8000－7000年前）、大溪文化（6400-5300年前）、凌家滩文化（5500-5300年前）、钱塘江流域的良渚文化（5300-4300年）等文化遗址都是在两次小冰期之间这个阶段形成的。
从考古成果来看，在黄帝出现而初步开始形成中华文明之前，中华文化主要分布7大区域：辽河流域（北方地区）、黄河上游（甘青地区）、黄河中游（中原地区）、黄河下游（海岱地区）、长江上游（成渝地区）、长江中游（江汉地区）、长江下游（江浙地区）。这样划分大体涵盖主要文化遗址，且可以清晰勾勒“三皇”时期中华文化的区域分布。从这个角度看，黄帝部落既可能来自中原地区，也可能来自甘青地区或北方地区，而后者的可能性甚至更大。
约5000年前，地球气候最适期结束，大部分地区发生了从湿润到干燥的转变。古西亚与古埃及的城邦国家因环境恶化而战争频繁，不停有族群向四面扩散，希望能够找到更好的栖息地。东亚地区因自然条件优越，逐渐成为各路迁徙族群的目标乐土，并与当地的众多本土族群在这片“新大陆”上接触、冲突、融合，对土地、资源与人口进行重新分配。
“三皇”时期中国大地部落密布，已有大小尊卑之分，最强大者称“帝”，附属部落被封为公侯，公侯首领的子嗣称公孙。伏羲氏部落衰弱后，神农氏部落头领联合燧人氏部落取而代之，成为部落联盟之首，自称“炎帝”。4700年前，青藏高原地区骤冷，赤杨属植物绝迹，羊齿类孢子剧减，当地居民为求生存大量向东迁徙。黄河流域聚集了来自西部、北部的部落，碰撞和战争不可避免。
中国西北地区有一支游牧部落，居住在野兽出没的地区（“有熊国”），国家不大（“少典”），游猎为主（“迁徙往来无常处”），擅长驯养动物（“教熊、罴、貔、貅、貙、虎”），还会使用中原地区尚未出现的战车（“轩辕”）。这种战车与几百年前西亚出现的战车是否一致已不可考，但先进的军事装备令其所向披靡。
没有人知道这支部落来自哪里，只知道他们迁徙到渭水上游支流姬水的旁边，以“姬”为姓，并与“有蟜氏”部落联姻，生下来的部落新首领被称作“公孙轩辕”。从其父母双方的特征来看，都有可能不是当地的本土居民。或者因交流频繁，发明较多。总之该部落带来众多新鲜事物，并开始挑战神农氏数百年的权威。
神农氏“炎帝”虽然仍在维持天下共主的统治，但已世衰。轩辕氏战力强大，且凭借战车有快速移动的军事优势，与神农氏开战。在阪泉（北京延庆）三战而击败神农氏“炎帝”，轩辕氏成为北方实际上最强的部落（“得其志”）。
“公孙轩辕”挟天子以令诸侯，引发众多部落不满。位于黄河下游、江淮流域的众多部落，不服号令，尤其以蚩尤部落最不听话（“蚩尤作乱，不用帝命”）。不仅如此，蚩尤氏集结了众多（约81个）东方与南方部落，主动清君侧，向轩辕氏发起挑战，进攻至涿鹿（河北张家口涿鹿）。
轩辕氏则集结了所有能够动员的北方部落（“征师诸侯”），双方使用当时最先进的技术（如指南车）、装备（如头盔、甲衣、战车）和武器（金属刀戈、大弩）投入战斗。最终轩辕氏在冀州之野（河北衡水冀州）擒杀蚩尤氏首领。此战胜利后，“公孙轩辕”被各部落尊奉为首领，取代神农氏称帝，自此才有“黄帝”的称号（“诸侯咸尊轩辕为天子，代神农氏，是为黄帝”）。
此后中国进入“五帝”时代，国家形态统治方式日益明显。黄帝不断征讨不顺从的部落，直到平定才离开（“天下有不顺者，黄帝从而征之，平者去之”）。最终黄帝成为中华大地上所有部落的霸主（天子），其统治力和影响力波及各地，并随之带去先进的技术文化，被后世奉为中华文明的人文始祖。
这一时期中国不仅有了国家形态的治理制度，也出现了大量文明要素中的城市形态。距今5000年前的城墙与围壕遗址全国发现不少于10处，有的建于6000年前。城墙内部有居住区、墓葬区、制陶区等遗迹。金属工具方面的发掘尚不足，目前发现中国境内最早的青铜器是甘肃马家窑文化青铜刀（5000年前），但由于是孤例，没有发现青铜冶炼的痕迹，不排除从外部传入的可能。中国最早的青铜冶炼遗址和大规模成组的青铜礼器出现在河南洛阳二里头遗址（3700年前）。
黄帝的四处征讨加速了各地文化融合。此前中华大地万邦林立，群星璀璨，黄帝的横空出世，令天下归一，中华文明由多元走向一体。考古成果表明，黄帝的统治范围可能波及甚广，权力核心的出现也伴随着区域中心的衰落。红山、河洛、良渚、石家河、宝墩、山东龙山等文化支脉均融合到中华文明主脉中。
以黄帝为代表的轩辕氏是游牧为主、农耕为辅的族群，本身通过吸收不同文化，从而成为较之纯游牧或纯农耕族群更有战斗力的部落，在与其他部落的碰撞中不断融合其他部落，并在融合的过程中，逐步建立起国家形式的统治模式。
黄帝时代出现了新生事物的爆发期，大量发明层出不穷。这些发明有可能均为原创，也有可能存在大量输入。无论是本土发明，还是受外来族群或技术的启发出现再创造，都不影响中华文明的灿烂伟大。中华文明自诞生起就是开放的。
黄帝喜欢云，官职都用云来命名，军队号称云师（“官名皆以云命，为云师”）。这一偏好反映在当时各地器物上均开始流行云纹，并成为日后中华文化中的一大特色。从出土文物看，黄帝所在的新石器时期以勾云纹为主，商代青铜时期的器物常见云雷纹，此后历朝历代都使用云纹，但样式各有不同。
“五帝”时代统治实行“家天下”。黄帝、颛顼、帝喾、尧、舜并称“五帝”。黄帝有二十五个儿子，两个嫡子，帝喾和尧是嫡长子系列，颛顼和舜是嫡次子系列。嫡长子玄嚣分封在长江中游，嫡次子昌意分封在长江上游（若水，即雅砻江）。
由于黄帝长寿，两个嫡子均未能接班，继任者是孙子颛顼。此时天下太平，天子不再需要四处征战、居无定所。于是颛顼赴任后，开始在黄河中游建造统治中华大地各诸侯国及部落的帝都(有多种说法，例如河南巩义双榆树遗址)。这就是震惊世界的石峁古城。它是2021年美国考古学会期刊《考古》“过去十年世界十大考古发现”中唯一上榜的中国遗址。
石峁城位于陕西榆林神木高家堡镇，面积至少425万平方米，规模远大于年代相近的良渚遗址，相当于6个故宫，是已发现的中国史前时期规模最大的城址，也是当时全球规模最大的城市。经系统勘察和科学检测，确认兴建于约4300年前，正是颛顼与帝喾的统治时期。废弃时间约3800年前，即夏朝建立之后。
这座古石城由皇城台、内城和外城三部分构成，皇城台相当于故宫太和殿，内城则相当于紫禁城，外城相当于北京城。这已经完全具备国家都城的基本形制。石峁古城的城内密集分布着宫殿建筑、房址、墓葬、祭坛、手工业作坊等龙山文化晚期至夏代早期遗迹。石峁城墙格局很像北京、西安古都的形制，地势险要，易守难攻，非常符合都城建设的特征。
石峁古城以墙藏玉，6000千余件，是中国文化中琼楼玉宇的神话来源。石峁玉器品式多样，有祭祀用的玉圭、玉璧、玉琮、玉刀等，也有生活和装饰用品，且制造工艺也已达到相当的水准。作坊区还出土了上万根由动物骨头打磨而成的骨针，其中最细的甚至达到了毫米级。石峁虽是出土玉器最多的古遗址，但周边并无玉矿，说明是石峁作为政治经济中心从外部输入的玉器。
石峁是农耕文化与游牧文化融合的地区。黄帝部落出身游牧，颛顼在此建城就是为了方便统治游牧区与农耕区。在颛顼之后的帝位争夺战中，嫡次子系列的鲧（颛顼之子、黄帝的曾孙）失败了，最高权力被嫡长子系列的帝喾（颛顼之侄、黄帝的曾孙）获得。帝喾为确保权力稳定，并彰显地位的合法与正宗，没有居住在颛顼所建的石峁古城，而是选在黄帝曾经的办公场所——陶寺，并予以扩建。
陶寺遗址位于山西省临汾市襄汾县陶寺村南，距石峁遗址约400公里，面积约300万平方米。多种科学方法判断均显示陶寺遗址的年代为距今4300年至3900年前。陶寺遗址是中国史前功能区划最完备的都城，由王宫、王陵、观象祭祀台、外城、仓储区、手工业作坊区、下层贵族居住区、庶民居住区构成。遗址中还发现了朱书文字、青铜器、玉器、城墙和城门遗址，完全具备文明要素。
陶寺与石峁这两大都邑性遗址，南北呼应，既有不同又有联系。除了因地理条件的不同，城址建设存在夯筑与石筑的差异外，在典型器物、筑城规划、城址结构、夯筑技术、用玉制度、彩绘图案、杀戮祭祀、铸铜技术等方面显示出千丝万缕的关系。陶寺和石峁遗址出土的部分陶器，面貌相似度很高。石峁与陶寺在崇尚和使用玉器方面也有较多相似。
陶寺遗址肯定与石峁遗址之间发生过相互影响与借鉴的深刻互动，相互又保持自己的个性。陶寺外郭城门加筑“C”形瓮城，有可能受到石峁皇城台门址凹凸扣合形内、外瓮城结构的启发，发明了简单却实用的军事城防工事“C”形瓮城。石峁外城东门遗址的始建年代可能略晚于陶寺中期外郭城门，吸收了陶寺“C”形瓮城的合理性，建造了更复杂的反“乙”形门道的内、外瓮城结构。
陶寺都城遗址的聚落形态考古研究已经初步表明，陶寺文化早期与中期的统治者，变换了王族。从都城由早期非典型的两城模式，发展到中期宫城-外郭城双城制，早期与中期王族不同茔域、宫城内宫殿建筑群的变化、丧葬礼制的重大变化、世俗生活文化面貌也出现了明显的变化，这一系列显著变化，都表明陶寺政权在早期与中期之间存在变化较大的政权更迭，这个更迭很有可能是尧舜之变。
各种证据显示：“五帝”时代中华文明已具雏形。当时国家观念、王权观念、私有观念、礼制和历法等均已出现，甚至相当成熟，其中很多被后来的夏商周文明继承和发展。陶寺古城与石峁古城是五帝时期的文明中心。
石峁城主要为黄帝之孙颛顼所建，陶寺城主要为黄帝之曾孙帝喾所建。2015年中国社科院考古研究所召开新闻发布会，初定确定山西陶寺遗址，极有可能就是黄帝之玄孙帝尧的都城。
陶寺古城经帝喾与帝尧的两代扩建，已颇具规模。帝喾死后，儿子帝挚继位，但治国不善，不久就死了（“帝挚立，不善，崩”）。帝挚的弟弟帝尧（帝喾之子、黄帝的玄孙）取得帝位，继续在陶寺统治天下，治理国家。
4200年前的“4.2千年冷事件”在全球范围内带来洪水与降温。环境恶化导致大量族群无法在原有的高原地带生存，纷纷到低海拔地区寻求生存和抢占资源，人口流动加剧，利益纷争激化，同时也为中华文明的进一步成熟创造条件。
帝尧继位后适逢气候剧烈变化，“鸿水滔天，浩浩怀山襄陵”。鲧素有贤名，被举荐治水。鲧本来有资格和机会继承天子之位，但没有争过自己的远方兄弟帝喾。因此，帝喾迁都陶寺之后，鲧就留在父亲颛顼开创的石峁城内。但因黄帝嫡次子系列的封国在川甘一带，鲧也要经常回去，并在那里生下了禹。
青藏高原东侧的岷山位于四川、甘肃交界之处。发源于的岷山南麓的岷江曾长期被视作长江正源。岷山氏居住在岷江上游，成都平原位于岷江中游。岷江流域野蚕众多，因此岷山氏最早发明了养蚕纺丝，并以蚕为图腾。通过丝绸的对外贸易，岷山氏富甲一方，成为南北丝绸之路的枢纽中心。
曾经有一支外来族群，沿着古丝绸之路来到岷江上游，征服并融合了岷山氏。该族群崇拜眼睛，岷山氏崇拜桑蚕，两个图腾崇拜组合在一起，称为“蜀”（眼睛 桑蚕）。“岷山氏”改称“蜀山氏”。新国家被后世称为“古蜀国”，统治区域后由岷江上游逐渐扩展到中下游，后留下三星堆遗址（约4800年-3100年前）。
古蜀国统治集团大力发展该地独特的养蚕纺丝技术与丝绸贸易，被称为“蚕丛（丛者，聚也）”。蚕丛氏来自异域，相貌奇特，发髻与服饰均与当地人迥异，风俗也与众不同，人死后用石棺石椁。他们有独特的宗教信仰和神权政体，热衷祭祀活动，盛行青铜文化，成为独树一帜的地方势力，并对禹产生影响。
黄帝在征战的同时，很注重通过与各部落联姻，维持统治的稳定。黄帝娶蚕丝产地蜀山氏部落之女嫘祖为正室（隋唐之后嫘祖被奉为“蚕丝始祖”），生子昌意。昌意再娶蜀山氏部落女子为妻，生子颛顼。鲧被分封在川、甘交界的岷江流域。他的儿子禹就出生在富裕的岷江流域汶山石纽（西羌地区）。
鲧被帝尧征召治水后，历时九年，勤勤恳恳，声望日增，对尧的帝位形成威胁。帝尧于是启用舜（黄帝的七世孙、母亲是东夷人）。舜获得权力后，以鲧“治水不力”为由，将其流放到东夷之地并最终处死（“舜登用，摄行天子之政，巡狩。行视鲧之治水无状，乃殛，鲧于羽山以死”），消除了竞争隐患。
舜虽然是颛顼之后，属于嫡次子系列，却一直与本族人不睦，而选择投靠嫡长子系列。帝喾与帝尧均为嫡长子系列。帝尧对舜的投靠不以为意，认为舜之所以受到父母、兄弟及周围人的排斥，完全是那些人的邪恶与过错，舜没有杀死那些人，说明舜慈孝高尚，因而予以重用。舜在尧在世时即开始代为行使天子职权。
舜在权力稳固后，就把尧软禁起来，让尧做有名无实的太上皇。帝尧之子丹朱被赶到了都城以外的尧山遗址（山西浮山县），父子不能相见。帝尧死后，舜正式继位天子，却受到帝尧之子丹朱的反对和讨伐。
丹朱一度占优，攻占平阳（陶寺），舜被迫定都蒲阪（山西永济）。但后来形势反转，舜逐渐取得优势，诸侯拥舜，舜以天命为由，重新占据陶寺。（《史记》此处的传说是：“尧崩，三年之丧毕，舜让辟丹朱于南河之南。诸侯朝觐者不之丹朱而之舜，狱讼者不之丹朱而之舜，讴歌者不讴歌丹朱而讴歌舜。舜曰天也，夫而后之中国【注：陶寺】践天子位焉，是为帝舜。”）
帝舜通过政治与军事斗争平定丹朱之后，任命禹继续治水，如有差错，后果将与鲧同。当时禹的政治和军事实力尚不足以反抗舜，只能从命，不敢轻忽，“劳身焦思，居外十三年，过家门不敢入”。
率众治水之外，禹利用中原受灾较轻、各地灾害严重的时机，高举天子之命，开疆拓土，征讨各地尚未臣服的部落前来朝贡（“披九山，通九泽，决九河，定九州，各以其职来贡，不失厥宜，方五千里，至于荒服”）。
水患是当时人类的共同灾难，禹以治水为名，要求各地部落听从调遣，有道义上的正当性，不服从就利用武力消灭。在此期间，辉煌一时的长江下游的良渚文化、长江中游的石家河文化、长江上游的宝墩文化都不约而同地迅速消亡。
带有这些文化的浓郁特征的精美文物大量出现在了远在北方的石峁城。各地物产、生产技术、历法、葬俗、艺术形象等也汇集而来。
石峁城曾经是颛顼都城，也是鲧和禹的统治中心与办公住所。禹在外治水和征讨期间，战利品源源不断运送至石峁城，由儿子启来管理。
启在积累财富、巩固城防以外，积极训练部队，准备以武力手段将最高政治权力夺回来，并为自己的祖父鲧报仇。
石峁建城之初，黄土高原地区有大面积的森林覆盖，质地疏松，气候适宜，有利于石质工具进行简单的土地开垦和浅种直播等原始农耕活动。
然而农业活动会造成天然植被的破坏和土地贫瘠化，反过来导致农业衰退。而且，单一作物对土地有着较为致命的影响，土壤的侵蚀度增加，同时肥力也在减弱。在地表植被遭到破坏后，水土流失加剧，土地恢复力极其缓慢。
随着石峁人口的增加，需要更多的土地、木材、陶器来满足人们的需求，所以森林与草地被砍伐与开垦的速度加快，再生速度比不上破坏速度，原来的森林草原迅速沙漠化，最终农业无以为继，粮食短缺，石峁人必须另谋出路。
禹的军队和启率领的全体石峁人发动了对陶寺的战争，以残酷的手段消灭了留在城内的敌人，为被尧舜冤杀的鲧复仇。不仅击败了舜的势力，还清除了嫡长子系列的尧的势力，并采用了残酷的“绝嗣”之法杀死并掩埋了陶寺贵族。
关于五帝历史，虽然古代文献中的“禅让”记载也符合情理，但从现实中的考古挖掘来看，暴力战争更有可能。考古成果显示，陶寺与石峁都属于龙山文化，两处遗址之间有交流，两地居民有血缘关系，后来石峁居民残暴毁灭过陶寺。
禹军占领平阳（陶寺）后，舜之子商均逃到阳城。禹军追到阳城，商均又逃至安邑。禹军一路攻杀，因此历史上禹的都城有平阳、阳城、安邑等多种说法，很可能这些地方都曾为禹发出号令的指挥都城。
禹在大约4000年前（公元前2070年）称帝，建立夏朝（“即天子位，南面朝天下，国号曰夏后”）。夏朝历代君主都以“后”称呼自己，例如羿夺取太康之位篡权，篡位后就被称为“后”羿。商朝和周朝君主则称“王”，例如商纣王、周武王。
此时石峁城地区因气候恶化已经农业衰竭，不适宜生存，因此夏朝几代帝王向南方农耕区迁都。为了寻找更好的自然环境，多次改址，最终河南二里头遗址（距今3800-3500年）成为夏朝都城。
石峁出土的牙璋被二里头传承，成为了夏文化的标志物。夏朝的建立，结束了中国历史的“五帝”时代，中华文明走向成熟，夏文化成为中华大地的主导。
夏朝迁都次数较多，每次都城建造期短，规模有限，因此后世难以发现与石峁城规模相似的遗址。“五帝”时代与夏朝时期，丝帛发达，是官方文字的主要载体，但极易腐坏，所以各地出土的“五帝”与夏时期文物中很难见到文字（三星堆遗址也未发现文字应为同样原因）。
综上所述，本文的核心观点是：中华文明萌芽于“三皇”时期，起源于“五帝”时期，成熟于“三代”时期，是本土文化融合外来文化的结果。1.中国“三皇”时期（距今约6000年前），黄河、长江及辽河流域的伏羲、神农、女娲等神话传说中包括了诸多文明要素，出现了开始从文化阶段向文明阶段发展的迹象；2.中国“五帝”时期（距今约5000年前），由黄帝开创的中华统一局面已经具备国家雏形，考古成果也证实此时中华大地各地区陆续进入了文明阶段；3.中国“三代”时期（距今约4000年前），以夏代建立的国家为开端，中华文明日益成熟。中华文明的每个阶段的发展，都是本土文化融合外来文化的结果。
