1、防止衰退的措施
菌种退化是指整个菌体在多次接种传代过程中逐渐造成菌种发酵力（如糖、氮的消耗）或繁殖力（如孢子的产生）下降或发酵产物得率降低的现象。对此，首先要鉴定是否由于染菌引起产量下降或菌种生长延缓，可直接进行镜检判断或采用划线分离来确定是染菌还是菌种退化；其次要判断是否由于培养条件引起暂时性变化，可通过培养几批菌种观察生长代谢情况来确定。
菌种退化的原因有两方面：一是菌种保藏不妥；二是菌种生长的要求没有得到满足。例如，遇到某些不利的条件，或失去某些需要的条件，或诱变型新菌株发生回复突变而丧失新的特性。如果发现菌株已经发生退化，产量下降，则要进行分离复壮。因为在菌种发生衰退的时候，并不是所有的菌体都衰退，其中未衰退的菌体往往是经过环境考验的、具有更强生命力的菌体。因此，采用单细胞菌株分离的措施，即用稀释平板法或平板划线法，以取得单细胞长成的菌落，再通过菌落和菌体的特征分析和性能测定，就可获得具有原来性状的菌株，甚至性状更好的菌株。
对于某些菌种，还可配合其他办法分离单细胞菌株，如芽孢杆菌，可先将菌液用沸水处理数分钟，再用平板进行分离，从所剩的孢子中挑选出最优的菌体来。如果遇到某些菌株，即使进行单细胞分离仍不能达到复壮的效果，则可改变培养条件，以达到复壮的目的。同时，通过实验选择一种有利于高产菌株而不利于低产菌株的培养条件，能够得到产量较高的菌株。如果将单菌落分离和一定的培养条件相结合进行复壮，则更为有效。因此产生退化现象的原因多为基因突变，所以使用诱变剂处理，对退化类型的菌株具有杀伤力，经诱变剂处理后再进行单菌落分离，就可得到复壮的菌株。同样道理，其他不具诱变作用的物理和化学因素也可用于复壮处理，但需针对具体菌种进行具体分析，以选择最佳的复壮方法。
2、菌种生产的保藏
微生物工业生产与纯种培养、菌种质量密切相关，而菌种质量又与菌种的制备和保藏直接相关，所以说菌种保藏是微生物工业生产的重要环节。菌种保藏的目的是保证菌种在长时间内尽可能保持原有菌株优良的生产性能，提高菌种的存活率，减少菌种的变异，以及不被杂菌污染以利于生产上长期使用。
菌种保藏的基本原理是根据菌种的生理、生化特点，创造条件使菌种的代谢活动处于不活泼状态。在长期保藏菌种的实践中人们采用了多种方法，以适应不同的微生物。虽然不同的菌种保藏方法各有优缺点，但其基本原则相同：选用优良纯种和创造一个最有利于菌种休眠的环境，即微生物生长繁殖和代谢受抑制且不易突变的环境。这种环境要求干燥、低温、缺氧、缺营养、有保护剂等。微生物工业菌种常用的保藏方法有：斜面低温保藏法、石蜡油封保藏法、砂土保藏法、硅胶保藏法、冷冻干燥法、液氮超低温冻结法等。菌种保藏的方法除了能长期保持菌种原有的优良性状，还应简便、经济，能广泛应用于工业生产。
菌种保藏注意事项：
（1）保藏的菌种要用良好的培养基，采用对数期种子；
（2）在保藏操作中，严格无菌操作，定期做无菌检查；
（3）要注意保藏菌种的制备质量；
（4）为了防止菌种退化，在保藏期间，要为菌种创造最适宜的保藏条件；
（5）严格控制接代次数；
（6）保藏菌种恢复培养时，要移接到保藏以前所用的统一培养基上进行培养，以维持优良性能的稳定性。
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