清朝的八旗制度，起源于金代女真人时期的“猛安谋克”制度，通过此将所辖部众的生产生活与军事战争有效的组织结合起来，以此进行统一的领导，所有部众同生活，共生产，拿起武器一起上战场打仗，放下武器一同捕猎生活。这样一套军事和社会组织相结合的制度，被誉为清朝能够定鼎中原、一统天下的重要基石，同时也为后来大清王朝从兴盛走向衰落的重要原因。
众所周知，八旗包括了镶黄旗、正黄旗、正白旗、镶白旗、正红旗、镶红旗、正蓝旗和镶蓝旗。其中镶黄旗、正黄旗、正白旗被称为“上三旗”，由皇帝直接统领，其余的被称为“下五旗”，由宗室王公统领，从这样的称谓以及统御关系上来，“上三旗”的地位高于“下五旗”成为了一种必然，而“上三旗”中的镶黄旗一直以来又被称为“头旗”。至于“下五旗”之间，尽管没有进行严格的地位高低的确认，但也可以根据其在左右翼排序的位置，进行地位上的区别与划分。
而这样的地位高低划分也不是一成不变的，随着统治者的更迭与领旗旗主的变更，各旗之间的地位也在发生着变化。
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努尔哈赤时期，地位最低的便是两白旗。“八旗”的形成并不是一蹴而就的，这也是经历一个漫长而复杂的“从一到八”的过程。
明万历十二年（1584年），努尔哈赤以“十三副遗甲”起兵，其部队以黑旗为帜，故称“黑旗军”，此为“一旗”阶段。
到了明万历十七年（1589年），努尔哈赤统一建州女真，随着势力的壮大，努尔哈赤另设“红旗军”，由他自己亲自统领，并将此前的“黑旗军”交由自己的弟弟舒尔哈齐指挥，此为“两旗”阶段。
明万历二十一年（1601年）前后，努尔哈赤开始根据女真人传统的“猛安谋克”制度，对所属部众进行大规模改造与重建，并以纯色为辨，建立黄、白、红、蓝四旗，“军民一体”的制度也就此形成，此为“四旗”阶段。
明万历四十三年（1615年），努尔哈赤势力进一步壮大，并且基本统一了除叶赫部外的女真诸部，于是其对于部众进行了第二次大规模的调整，在此前“四旗”的基础上，划分为正黄、镶黄、正白、镶白、正红、镶红、正蓝、镶蓝，共计八个旗。
至此，“八旗”正式形成，并且在第二年，也就是明万历四十四年（1616年），正式建立后金政权。
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努尔哈赤时期的八旗，除了正黄旗（45个牛录）和镶黄旗（20个牛录）为努尔哈赤亲领外，其余均为努尔哈赤的子、侄、孙统领，即：正红旗（25牛录）由努尔哈赤次子代善统领；镶红旗（26牛录）由代善长子岳托统领；正蓝旗（21牛录），由努尔哈赤五子莽古尔泰统领；镶蓝旗（33牛录）由努尔哈赤的侄子，也就是舒尔哈齐的次子阿敏统领；正白旗（25牛录）由努尔哈赤的八子皇太极统领；镶白旗（15牛录）努尔哈赤之孙，其长子褚英之子杜度统领。
满洲人历来是“以黄色为尊”，再加上两黄旗是由最高统治者努尔哈赤亲领，因而两黄旗的地位是八旗中最高的。
而在努尔哈赤晚年的时候，其将亲领的两黄旗，分别授予阿济格、多尔衮和多铎每人15牛录，其余的20个牛录自己统帅做亲军，并且明确表示阿济格统领镶黄旗，多铎统领正黄旗，自己去世后统帅的亲军全部交给多铎。
由于这20个牛录的亲兵基本都来自于镶黄旗，并且包括费英东、额亦都等“五大臣”在内的一众努尔哈赤亲信与起兵元勋皆隶属于镶黄旗，同时在此后的征战中，努尔哈赤依旧是直接统领镶黄旗，所以从这一时期开始，镶黄旗便成为了默认的“头旗”，直至大清王朝灭亡，这一地位始终得以被保留。
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至于其他六旗，并没有明确排列名次顺序，其主要区别也仅仅是在围猎和驻防的位置上。而这个时候的两白旗，分别是在左右翼之末，再加上此时的皇太极虽然已经夺下了镶白旗，但在“四大贝勒”中，也只是排在最后一位，所以其统领的两白旗就自然而然的成为了努尔哈赤时期名义上的“末旗”。
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“上三旗”、“下五旗”的序列确定后，镶蓝旗成为了默认的“末旗”。天命十一年（1626年），努尔哈赤去世，皇太极登上了后金汗位。
皇太极登基后的第一件事情就是将自己统领的两白旗与由阿济格、多尔衮、多铎统领的两黄旗进行“黄白互换”，进而改由自己亲领正黄旗，其长子豪格统领镶黄旗，并且将这两旗的位置由左右翼之末提升为左右翼之首，多尔衮三兄弟的统领的两白旗则从此前的左右翼之首的位置改为左翼之中。
与此同时，代善统领的正红旗及其长子岳托统领的镶红旗也被安排在了右翼之中的位置，因而阿敏统领的镶蓝旗与莽古尔泰统领的正蓝旗成为了排在左右翼之末的“末旗”。
到了后金天聪九年（1635年），皇太极借机对正蓝旗进行清算的同时，就此吞并了正蓝旗，“八旗”进入到了短暂的“七旗”时期。后皇太极又将两黄旗进行重新的整合分配，并重建正蓝旗，由他自己统领镶黄旗、正黄旗，其长子豪格统领新的正蓝旗。
至此，镶黄旗、正黄旗、正蓝旗的“上三旗”制度得以建立，同时镶黄旗的“头旗”地位也得到了最终的确认。
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至于“下五旗”的地位高低以及排序区别并没有进行划分，这其中也有着皇太极为了政治平衡所作出的权衡。
在二贝勒阿敏和三贝勒莽古尔泰相继被皇太极扳倒后，代善成为了皇太极树立其政治威望的最大威胁，尽管这一时期的代善一再选择退让，甚至主动放弃“兄长贝勒”的身份让皇太极“南面独坐”，但依旧遭到了非常严厉的打击，尤其是在代善最为欣赏的两个儿子岳托和萨哈廉去世后，整个代善家族陷入到了“青黄不接”的局面，空有两红旗的地位与实力，但却缺乏足够的影响力。
阿济格、多尔衮、多铎掌握的两白旗，尽管地位上受到了皇太极的打压，但由于努尔哈赤的遗命安排，使得两白旗始终是八旗中实力最为强大的存在。
至于济尔哈朗的镶蓝旗，名义上应该处于“末旗”位置，当然这其中很大原因是在于济尔哈朗并非努尔哈赤的子孙，而是出身于舒尔哈齐家族，可他与皇太极之间关系密切，是皇太极的“铁杆”支持者，其在百官之中的地位也仅次于代善排名第二，所以镶蓝旗在这一时期也同样成为一支不容小觑的政治势力。
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然而，“下五旗”内部的相对平衡伴随着清崇德八年（1643年）皇太极的去世而被打破，在多尔衮的主导下，八旗势力开始进行重新排列。
首先，多尔衮对于自己的政敌力量进行了残酷的打压，尤其是对于豪格，多尔衮在顺治五年（1648年）直接将其折磨致死，并且就此接管了豪格的正蓝旗。后来，多尔衮重组两白旗和正蓝旗，改由其本人统领正白旗和镶白旗，其弟多铎统领正蓝旗。
其次，多尔衮在皇太极去世，两黄旗群龙无首的情况下，对于索尼、鳌拜、图赖、图尔格等一众两黄旗的高级将领进行了残酷的迫害，打压两黄旗的势力，并逐渐将两黄旗的势力排挤出了权力中心。
再次，就是极力抬高其统领的两白旗的势力，多尔衮不仅让其所统领的正白旗取代正蓝旗位列“上三旗”，同时还擅自让正白旗圈换原本属于镶黄旗的京郊土地，所提拔任用的大臣也大部出自于两白旗之中，例如苏克萨哈等人。
所以这一时期，多尔衮统领的两白旗和多铎统领的正蓝旗，尽管名义上排序并不占优势，但实际上权势、地位远超其他五旗，包括镶黄旗与正黄旗。
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可伴随着顺治七年（1650年）多尔衮去世，此前八旗间的政治势力划分再度被打破重组。
顺治皇帝剥夺了多尔衮统领的两白旗，将正白旗改由顺治皇帝本人亲领，至于镶白旗则重新赏赐给了豪格家族，同时顺治还将“下五旗”旗主的任免权收归在手中。
至此，清朝时期八旗的“上三旗”与“下五旗”的格局势力划分与家族势力分布正式确定，分别为：
“上三旗”：镶黄旗、正黄旗、正白旗，由皇帝本人亲领。
“下五旗”：镶白旗，隶属于肃亲王豪格家族世系；正红旗，礼亲王代善世系；镶红旗，克勤郡王岳托世系；正蓝旗，豫亲王多铎世系，镶蓝旗，郑亲王济尔哈朗世系。
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与此同时，自努尔哈赤时期就已经形成的“议政王大臣会议”，即在执行“满洲贵族议会制度”，各旗旗主以及王公贵胄的座次，也按照所属旗在围猎和驻防的位置上进行确认与安排，即：
左翼四旗：镶黄旗、正白旗、镶白旗、正蓝旗。
右翼四旗：正黄旗、正红旗、镶黄旗、镶蓝旗。
按照清朝时期“左高右低”、“左尊右卑”的传统，镶黄旗无论是位置上还是历史沿革上，其“头旗”的位置都是无可撼动的。而“镶蓝旗”，除了其位置上排名末位外，也因为旗主并不出自于努尔哈赤家族而是出自于努尔哈赤之弟舒尔哈齐家族，因而镶蓝旗也就此成为了八旗之中的“末旗”。
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然而，即便是在“下五旗”之中，有着名义上的座次先后划分，但实际上，“下五旗”各旗旗民与部众，所享有的权力以及所承担的义务是一样的，有的是驻防地域与方位的不同，而没有高低尊卑之分。
只不过，“下五旗”与“上三旗”相比，地位上与待遇上的差别还是显而易见的。例如紫禁城内的侍卫，全部由“上三旗”子弟担任，这些侍卫的首领，即领侍卫内大臣也均出自“上三旗”。而这些侍卫所承担的不仅仅是拱卫皇宫的职能，此后也会得到更多和更快晋升的机会，成为朝中大员，这其中最典型的例子就是乾隆朝时期的军机大臣傅恒了。
与此同时，皇帝对于品阶较高的后妃以及有过突出贡献的在旗朝臣，也会通过“抬旗”的方式进行褒奖，这在当时也被认为是对其本人乃至其家族的最高荣誉，而这也可见“上三旗”与“下五旗”之间的地位差距。
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