《塞尔达传说 时之笛》是一款任天堂64的动作冒险电视游戏作品，由任天堂情报开发本部负责开发，为任天堂64主机上第一款《塞尔达传说》系列作品，同时也是该系列第一个3D化作品。出色的游戏设计、丰富的解谜元素，加上优秀的3D游戏画面和背景音效，令本作成为日本权威游戏杂志《Fami通》史上第一款获评满分（40分）的游戏。
《塞尔达传说 时之笛》的故事发生于《塞尔达传说》系列前四个作品之前。跟大部分《塞尔达传说》系列一样，本作的游戏世界是一个名为海拉尔的虚构王国。
海拉尔平原是这个王国的枢纽，接通了海拉尔城和周边的市镇与其他多样的地形。这个世界里住了不同种类的人种：长有尖耳朵的海拉尔人、住在火山洞穴的哥隆族、半鱼人索拉族、居于森林的哥奇利族和强盗谢鲁多族等。
游戏开始于主角林克的恶梦，梦中他看见一个男人骑着马，在雷电交加的晚上追击另一匹马上的塞尔达公主。突然，妖精那比把林克由恶梦之中唤醒，并带他到村落的守护神“大迪库树”面前。
大迪库树受到咀咒，奄奄一息，林克进入树的内部杀退敌人、解除了咀咒，但始终阻止不了大迪库树枯萎。大迪库树临终前告诉林克是一个来自沙漠的邪恶之辈咀咒他，那个人还打算控制整个海拉尔，林克必须要阻止他。大迪库树最后把神石“哥奇利绿宝石”交予林克，着他到海拉尔城堡找塞尔达公主。
来到海拉尔城，林克跟塞尔达公主见面。原来塞尔达公主同样经常做有关海拉尔未来的不祥之梦，也早料到林克会来找她。她相信是谢鲁多强盗之王盖侬道夫想夺走在神圣领域内的圣物“圣三角”，因为拥有圣三角的人就可以得到神一般的力量。
塞尔达公主要林克去找三颗神石（其中一颗哥奇利绿宝石已在他手上），这样他才可以进入神圣领域，赶在盖侬道夫之前拿到圣三角。林克首先到哥隆城跟哥隆族族长见面。林克帮助哥隆族打败洞穴里的敌人首领后，族长为表谢意就把神石“哥隆红宝石”送给林克。之后，林克又到了索拉村落，将索拉族的公主露多由索拉族的神圣鲸鱼贾布贾布的肚里救出，露多便把“索拉蓝宝石”送给林克作为谢礼。
林克回到海拉尔城后，目睹他恶梦中的一幕——盖侬道夫骑着马把塞尔达公主劫走。塞尔达公主看见林克，便把随身的时之笛抛进护城河，并以心灵感应教林克吹奏“时之歌”。盖侬道夫离开后，林克拾起了时之笛，吹奏时之歌，并拿出三颗神石，打开了通往神圣领域的大门。进入神圣领域后，林克把能够打倒邪恶的“王者之剑”由剑座拔出。此时盖侬道夫突然在林克身前出现，原来他跟踪林克进入神圣领域，并把圣三角夺去。
林克醒来就是七年之后，他也成为青年。在那里他遇见保护圣三角的七贤者之一，光之贤者拿乌鲁，拿乌鲁说林克的精神被封印了七年，好让他长大有能力挥舞王者之剑，并击倒盖侬道夫。他又说，只要七贤者集合，就可以把盖侬道夫囚禁在神圣领域；不过盖侬道夫把海拉尔城变成黑暗之城，所以其中五位贤者失去了自己身为贤者的记忆。林克回到海拉尔并遇到神秘人斯克，他引领林克到五个神殿并打败里面的怪物，令神殿的力量可以唤醒失去记忆的五位贤者。
林克唤醒了五位贤者之后，斯克也显露他的真正身份——时之贤者塞尔达公主。她说由于盖侬道夫心术不正，所以圣三角分裂成三块，应验了古代的预言。盖侬道夫拿走了力量之圣三角，其余两块就由命运选定的两个人得到：塞尔达公主得到了智慧之圣三角，而林克就得到了勇气之圣三角。当塞尔达公主把可以击倒盖侬道夫的“光之箭”授予林克后，盖侬道夫再次出现，把塞尔达公主困在魔法水晶内，带到他的塔中囚禁。其余六位贤者便把林克送到塔里去。经过一番恶战后林克击倒了盖侬道夫，救出塞尔达公主。他们逃出正在崩坍的海拉尔城堡，林克却突然被火圈困住，必须再跟盖侬道夫决战。盖侬道夫以力量之圣三角的神力，把自己变成野猪般的怪物盖侬。经过另一轮战斗，盖侬道夫已是强弩之末，在火圈外的塞尔达公主以力量暂时令盖侬道夫不得动弹，林克立即举起王者之剑击倒盖侬道夫。七贤者随即把他封印在神圣领域之中，但仍持有力量之圣三角的盖侬道夫大喊会向他们的后代报仇。最后，塞尔达公主用时之笛把林克送返他的童年。游戏以林克和塞尔达公主在城堡的花园中对望作结。 之后就是穋修拉的假面的冒险。
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