黄得功得功早年丧父，同母亲徐氏生活在一起。他年少时就有无比的勇气，谋略过人。十二岁那年，母亲有一回酿好了酒，他偷偷地给喝完了。母亲责怪他，他笑着说：“赔你很容易嘛。”当时辽地军事很急，得功拿了一把刀混在官军中，跑到战场上就斩获了敌人两颗头颅，中奖赏后大概得了五十两白银，回家献给母亲，说：“我用这钱来弥补偷喝的酒。”从这以后得功给经略当了亲军，积累战功做到了游击。
崇祯十四年（1641年），以总兵的身份同王宪分别护守凤阳和泗州的皇陵，得功驻军定远。张献忠攻占桐城，挟持营将廖应登到城下诱降。黄得功与刘良佐联合兵力在鲍家岭攻打他们，农民兵失败而逃，追到潜山，抓获了农民军将领闯世王马武、三鹞子王兴国，把他们杀掉了。三鹞子是张献忠的养子，是农民军中号称最勇猛的将领。黄得功在战斗时中箭伤了脸，反而更加努力，同贼兵转战十多天，所杀伤的人数最多。
弘光元年（1645年），高杰想进兵河南，谋划收复中原。朝廷诏令得功同刘良佐把守邳、徐两地。不久，河南总兵许定国在河南睢州袁可立府第以歌姬美酒宴杀南明大将高杰。高杰死后，黄得功回到了仪真。高杰一家人和他的将士还留在扬州，黄得功想袭击他们。朝廷赶忙派遣卢九德去指示他停止报复，黄得功于是移驻庐州。四月，左良玉举兵东来，以清君侧名义造反，船行到九江就病死了，他的军队拥立了他的儿子左梦庚。朝廷命令得功赶快到上江抵御他们，驻军荻港。黄得功在铜陵打败了左梦庚，解除了他们的包围。在这场战役中，黄得功身中三箭，弘光朝廷听闻捷报，加封其为太傅，并派遣太监王肇基慰劳。
这时清军已经渡过长江，知道朱由菘逃跑了，就兵分几路袭击太平。黄得功正收兵驻防芜湖，朱由菘偷偷地来到了他的军营。黄得功惊讶地流着泪说：“陛下如果死死地把守南京，我们还能够尽力抵抗，干什么听信奸贼的话，匆匆忙忙来到这里？况且我正在对敌作战，怎么能够保护您的车驾？”朱由菘说：“除了你我是无可依靠了。”黄得功流着泪说“：我愿意为陛下您效死。”
黄得功在荻港时，胳臂受伤差一点快要断了，这时他身穿粗布衣裳，用布带吊着胳臂，佩带着腰刀坐在一只小船上，指挥部下的八个总兵整装待命，前去迎敌作战。而刘良佐这时已经投降了，带着大清军在岸上打招呼要得功投降。黄得功愤怒地喝斥道：“你竟然会投降啊！”忽然一支箭飞来，射在他的咽喉偏左的地方。黄得功知道一切都算完了，就扔了刀，拾起刚才拔下来的箭刺喉而死。他的妻子翁氏听说后，也自杀了。总兵翁之琪投江而死，中军田雄于是就带着朱由菘投降了。死后，葬在仪真方山他母亲墓旁。后清王朝追谥其为忠桓。
《南明史》作者顾诚评价：四镇中高杰、黄得功兵力较强。高杰、刘泽清是望风而逃的败将，本应受到朝廷的惩罚；黄得功、刘良佐在甲申年间也无“功”可录，只是由于他们以兵力作后盾使朱由崧得以如愿以偿登上皇帝的宝座，都成了定策功臣。······正因为四镇的形成本不是在为明室收复“失地”中作出过什么贡献，而是在策立上对朱由崧个人有功。就弘光、马士英而言，需要凭借他们的兵力慑服江南士绅；四镇也自恃有功，“天子乃我辈所立”，从此骄悍跋扈，一味麕集于南直隶江北地区争夺“善地”以自肥，进而挟制朝廷。
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