清朝时期，道学衰落，汉学复兴。许多章句之儒为了躲避文字狱而埋头旧书堆，专门从事古书训诂、考订、校对工作，对整理中华典籍做出了巨大的奉献。对于这个时代的学术精神，嘉定人钱大昕说：“惟有实事求是，护惜古人之苦心，可与海内共白”——那时“实事求是”的思想逐渐取代了“义理优先”的宋明价值观，成为了时代精神。
在明末清初，阎若璩、惠栋等人本着实事求是的态度，对《尚书》进行了考证，他们通过辨析地理山川、制度沿革、文字音韵等做法，证明《古文尚书》实际上是伪造的，并非孔安国所传的“孔壁之书”。“孔壁之书”在汉末之时就已经失传了，东晋年间汝南人梅赜谎称自己发现了“孔壁之书”，并将其进献给朝廷。唐朝时孔颖达编订六经，将梅赜所献的伪“孔壁之书”编入原本《尚书》中，形成现在所看到的《尚书》通行版，导致真伪莫辨，直到清朝才有人对其进行系统的辨伪。
受到了阎若璩、惠栋的影响，道光年间的儒者朱右曾也采用同样的办法来考证《竹书纪年》的真伪，他在《汲冢纪年存真》中证明现今所看到的《竹书纪年》并非战国原本，也不是西晋时发掘的原书，而是明朝时伪造的。王国维在朱右曾的基础上，进一步编写了《今本竹书纪年疏证》，“一一求其所出，始知今本所载殆无不袭他书”，确是伪书无疑。
现今所看到的《竹书纪年》其实是一本明朝伪书
真正的《竹书纪年》是什么样子？《尚书》是一部经历坎坷的书，在遭遇秦火之后，文字一度被禁绝，只能在小范围内进行口授相传。当时秦朝的一个博士名叫伏生，他将《尚书》藏入壁间，以躲过查抄。之后因遭遇兵乱，导致数十篇内容丢失，只剩下二十九篇。汉文帝命晁错到山东去听伏生口授《尚书》，以汉隶抄录下来，因为隶书是当时通行的书法，所以这个版本的《尚书》被称为“今文《尚书》”。
到了汉武帝时，鲁恭王拆除孔子旧宅，发现了用蝌蚪文写成的古本《尚书》，内容比“今文《尚书》”还多了二十五篇。孔安国负责对这本“古文《尚书》”进行校对，编成四十六卷。司马迁在《史记·儒林传》中说：“孔氏有古文《尚书》，而安国以今文读之，因以起其家。”司马迁是孔安国的好友，并且曾借“古文《尚书》”来编夏、商的“本纪”，可知此事非虚。然而这部“古文《尚书》”在西汉始终未能列入学官，当时人们只是把它称为“逸书”。到了东汉以后，“古文《尚书》”就已经失传了（详见阎若璩《尚书古文疏证》），晋朝人梅赜自称重新发现了“古文《尚书》”，并将其献给朝廷，人们信以为真，千百年来一直把这几十篇伪造的稿件当成孔安国所校订的那部真本。
用伪造古文《尚书》的办法来伪造《竹书纪年》
类似的，朱右曾认为《竹书纪年》写成于战国时代，是魏国的史书，因埋入魏王的墓中，所以躲过了秦火，但也因此未能被汉朝人读到。一直过了五百年，才在西晋时被盗墓者发现，并由束皙编订。从魏晋到唐朝，许多学者都读到过原版的《竹书纪年》，并且在自己的著作中进行引用。而从他们所描绘的内容来看，他们所看到的《竹书纪年》并非我们现在所读到的样子。
《晋书》说《竹书纪年》有十三篇，《隋书》说是十二卷，《唐书》则认为是十四卷，虽有小异，但篇幅相差并不大，只有《宋史》说：“《竹书》三卷”，篇幅大为缩减；而到了明朝，范钦重编天一阁刻本《竹书》时，却只分了上下两卷，在篇目上与古人的描绘不同。由此可知《竹书纪年》在宋朝时就已经出现大篇幅亡佚了，宋人所看到的可能是一个辑录的版本。明朝人则在这个版本的基础上，通过收集北宋之前的史料，将人们提到《竹书纪年》的信息整合起来，伪造出了天一阁刻本的《竹书纪年》，所以明朝版本的《纪年》是一部伪书，并非真本《竹书纪年》，人们一般将其称为“今本《竹书纪年》”。
《竹书纪年》由晋朝人整理成书
为什么说“今本《竹书纪年》”是伪书？关于“今本《竹书纪年》”作伪的证据是很多的：
第一是历法问题：杜预是西晋人，他曾读过原本《纪年》，并且说这本书不像《春秋》一样采用周朝历法，而是全用夏正来记事；既然历法不一样，内容也就不可能相同了。因为《春秋》以夏历十一月为正月，而《纪年》则以夏历一月为正月。
然而在“今本《纪年》”中我们却读到了“平王五十一年，春，二月己巳，日有食之”的文字；这段记载与《春秋·隐公三年》里“春王二月，己巳，日有食之”相同。按历法的差异，《纪年》应写作“平王五十年冬，十二月己巳，日有食之”为是。
又如“今本《纪年》”说：“桓王二十三年，三月乙未，王陟”；又与《春秋·桓公十五年》的“三月乙未，天王崩”重合。据夏正，《纪年》应写为“正月乙未，王陟”才对。可见，“今本《纪年》”是在《春秋》的基础上伪造的，有些内容因疏忽而没有统稿，故而露出了马脚。
第二是内容矛盾：“今本《纪年》”说周成王十三年，“鲁大禘于周公庙”；接着又说成王二十一年“周文公薨于丰”。则在周公还活着的时候鲁国就为他立庙并且进行祭祀了，这殊为不合理。
第三是与古本《纪年》矛盾：郦道元是北朝人，他曾读过原本《竹书纪年》，并且在《水经注》中多加引用。其中有一条说：“晋烈公三年，楚人伐我南鄙”，这里的“我”是指晋国。在原本的《竹书纪年》中，周幽王之前的内容属于《周纪》，之后属于《晋纪》，而在三家分晋的后面又接以《魏纪》。“今本《纪年》”没有这种划分，所以里面说：“周威烈王九年，楚人伐我南鄙。”这里的“我”变成了王室，显然是伪造者忘记了改成“楚人伐晋南鄙”的缘故。又如《史记集解》引古本《纪年》说：“夏用岁四百七十一年”，而“今本《纪年》”中夏朝实际只存在四百三十一年。
第四是内容缺失：唐朝之前的人都说《竹书纪年》里存在一些记载为《史记》所有没有，如“齐桓公田午杀其母”、“梁惠王与齐威王会于平阿”、“齐宣王杀王后”等，这些内容在“今本《纪年》”里并没有找到。
从这些问题中可以推断，明朝人所重刻的“今本《纪年》”并不是唐朝之前人们所读到的那本；它就像伪《古文尚书》一样，通过重刻、同名来以假乱真。真正的《竹书纪年》早在北宋时就已经失传了。
今本《纪年》伪托为南梁沈约批注
原本《竹书纪年》是否能推翻《史记》？“今本《纪年》”是一本宋明时期的伪书，用它来质疑《史记》显得过于滑稽，但真正的《竹书纪年》我们还是可以读到的——它以片段、摘录、转述的形式存在于古人的书籍里。
在南北朝时，人们就已经很注意到《竹书纪年》与《史记》的差异了。裴松之的儿子裴骃编纂了一本《集解》，在里面大量征引《竹书纪年》作为异论来供读者进行参考。而到了唐朝时，司马贞的《索隐》和张守节的《正义》也经常引用《纪年》来纠正《史记》的错误。例如《燕召公世家》里共有一个燕桓侯、两个燕桓公和两个燕文公，显然谥号与世系已经混乱，因此《索隐》排出了一个与《史记》不同的燕国世系，其可信度显然要比《史记》高。
当然，最为人们所熟知的是《竹书纪年》推翻了《史记》中的许多传说。《晋书·束皙传》里写道：
其中经传大异，则云夏年多殷；益干启位，启杀之；太甲杀伊尹；文丁杀季历；自周受命，至穆王百年，非穆王寿百岁也；幽王既亡，有共伯和者摄行天子事，非二相共和也。
夏、商、西周距司马迁时代已近千年之遥，距《竹书纪年》成书的年代也有数百年之久，谁的说法更可信也只能让读者各取所需了，在这部分争论真伪显然难有收获。在记载到春秋历史时，《竹书纪年》与《史记》的差异并不大，因为它们有《春秋》与《左传》作为支撑。而到了战国时代，两本书的矛盾又变得多了起来。例如《晋世家》说三家灭知伯之后，晋国的国君分别是哀公、幽公、烈公、孝公和静公；《纪年》中则是敬公、幽公、烈公和桓公，世系不一样；又如《魏世家》说文侯在位38年、武侯在位16年、惠王在位36年。而《纪年》则说文侯在位50年，武侯在位26年，惠王在位52年，年代也不一样。
《竹书纪年》可以纠正《史记》在战国史方面的错误
《竹书纪年》既然是魏国史书，记载晋魏之事时自然会比《史记》准确得多。这点从其他书籍的旁证中可以看出来：《史记》认为魏惠王生前并未称王，并且他是齐威王的后辈，与齐宣王同时；而《竹书纪年》则认为魏惠王在位三十六年之后便称王并改元年，又继续活了十六年才死去。《孟子》正好可以证明《纪年》才是对的，在《梁惠王篇》中，孟子就一直用“王”来称呼魏惠王，并且孟子与齐宣王交谈的内容全放到梁惠王的后面，因为魏惠王死去的那年，齐宣王才刚继位不久，所以孟子是先见过魏惠王，之后才到齐国去拜见齐宣王。而非《史记》所说的先见齐宣王才见魏惠王。另外，《孟子》里也记载燕国子之之乱发生在齐宣王时期，而非他的儿子齐湣王时期，与《纪年》相同，而跟《史记》矛盾。
总而言之，对于三代之事，因年代久远，很难说《纪年》与《史记》哪个更准确。而对于战国时期的分歧，应以《纪年》为主，《史记》为辅。
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