世传天下两少林，一在中州，二在闽中。闽中少林寺始建于唐贞观三年（629年），传为隋唐之际曾救助秦王李世民的十三棍僧之一的智空（字道广）和尚所建。传说，当年唐太宗命少林寺方丈昙宗为大将军率僧兵到沿海对付海贼。在平定海贼之后，留下道广等寺僧在闽中经营少林寺。道广在得到昙宗的指点之后，遍访闽中沿海山水，找到一处山形地貌与少林寺所在地非常相似的地方，建起了少林在东南沿海的分寺。
嵩山少林院遗址前广场
唐天祐四年（907年），皇室外戚朱温废唐，改国号为梁，史称后梁。此时，统治福建的节度使王审知对后梁政权称臣纳贡，这激起了部分忠于李唐政权的闽中少林寺僧的反对，闽中少林寺随之毁于这场斗争中。
五代后期，王氏闽国政权覆亡后，福建分别被南唐、吴越割据。至后周显德二年（公元955年），统治中原地区的后周世宗柴荣开始毁佛，其后共废佛寺7000余所。中州嵩山少林寺也在废除之列，寺僧被逐出寺院，勒令还俗。而此时位于东南一隅的吴越国正处在笃信佛教的钱氏政权统治之下。吴越国在其存世的近百年间，始终奉行尊崇佛教的政策。吴越国内佛寺兴盛，僧侣云集，佛事活动非常频繁。在这样的背景下，部分少林僧人僭逃进入吴越国境，辗转来到闽中少林寺故地，在闽中少林故地重建少林寺。因寺僧主要来自中州祖庭，故寺院沿用了“嵩山少林寺”的名称。
嵩山少林院遗址
公元 978 年，吴越国上表投降，福建全境归入宋版图。北宋统一后，中原佛教重兴。位于闽中的嵩山少林寺僧人便将重建少林祖庭之事提上了议事日程。北宋嘉佑元年（公元1056年），住持修颙从南“少林寺移住洛阳白马寺”，开始着手重建北少林寺。北宋元祐二年（公元1087年）“报恩开法于少林寺”。北少林完成重建后，随之出现了两个“嵩山少林寺”的局面。为区分这两个寺院，位于闽中的少林寺被改称为“少林院”。两个寺院之间则以“北寺”和“南院”互称，即人们通常所说的“少林南北寺院”。这也就是为什么在少林有着众多分寺下院（一说唐代建9座、元代又建5座，一说共9座）的情况下，只有闽中少林寺能够和中州少林寺并称“南北少林”的根本原因。南少林正式名称改为“少林院”后，民间的称呼依惯仍旧还是“少林寺”。例如，《闽都别记》256回讲述元代福州万寿寺僧人王法助，为造南台万寿桥，上少林院求学拳棍武术和向寺里借宝之事时，均称南少林为少林寺。在少林院附近村庄发现的多本清代“请神簿”中，记录的当地神名有“少林寺迦蓝”。
嵩山少林院遗址
北宋末年，靖康之难，中原涂炭。传此时也有寺僧南逃入闽。此后，南宋与金对峙，南北寺院关系渐行疏远。元初，元朝统治者任命的北寺方丈福裕和尚确立了北少林衍用至今的“七十字辈”，并去临济、沩仰、曹洞、云门四宗，以曹洞宗一统北寺。但是，南院没有受此影响，依旧是以传临济宗为主的十方丛林。北寺资料显示，明朝后期，有“南院”一系僧人入中州少林寺。此系的无言正道“祝发（削发）于上蓝寺，派本临济，至明万历时依入嵩山少林寺，为第二十六代，传之五世乃入曹洞正宗”。也就是说，无言正道到北寺后，又传下传临济宗“园通行超明”5代，到了第6代“玄”字辈，才改归始于元朝的北寺“七十字辈”系列。
嵩山少林院遗址
除了“传宗”不同外，南院与北寺在武术方面的差异也明显加大。以至于明嘉靖四十年（1561年）福建籍抗倭名将俞大猷至北寺观武时，认为“其真诀皆失”，已经异化的没了“少林味”、“少林魂”了。
天王殿
到了明末，清军攻入福建。少林院僧人投身抗清斗争，寺僧遭到杀戮，寺院被焚毁，相关典籍也被收缴焚化为灰烬。但是，清廷单方面的举措不可能完全消除南少林留下的所有印迹，更不能抹去人们心中的记忆，尤其是南少林的所在府县，根本就不会成为一个问题。然而，南少林寺址却在寺毁之后也消失得无影无踪了……
近代《洪门秘笈》称“少林寺在福州府福田县九连山”，日本人平山周的《中国秘密社会史》则称“少林寺在福州府浦田县九连山”。《西鲁序》、施列格《天地会研究》记录的资料以及《清稗类钞•会党类》等文本中，或称南少林在福建福州府圃龙县九莲山，或称福州府鼓岭（在福州市郊），或称在莆田县。虽然，天地会会簿等记录的少林寺址一开始就很明确在福州府，但是，所有的县份名称都不对。福州府下只有福清县和古田县，而无福田县、圃龙县、浦田县。是什么原因造成这种“府对县不对”的情形呢？
大雄宝殿
描写少林寺僧西征反被清庭恩将仇报的《西鲁序》是天地会会簿的核心部分，作者用意即是以此来激发广大会员对清庭的刻骨仇恨，故而忌讳“赐福、保佑清朝”字意出现在是“会簿”这样的反清宣传册子中。然而“祖寺”南少林的所在地却在一个带有“清”字、且是叫作“福清”的地方，这让天地会首领们情何以堪？因此，会簿的执笔者自然要将这里的“清”字改掉。这样一来，原本在邻近莆田之界的福州府福清县九莲山少林寺，到了天地会的“会簿”之中，就变成了“福州府福田县九莲山少林寺”。
后来，天地会会簿中的少林寺址在多次传抄过程中，被传抄者根据自身的理解和判断以及某种需要进行修改。随着时间的流逝、知情者的故去，南少林的寺址也就“失踪”成了“百年之谜”。
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