闽台缘博物馆座落于泉州市的西湖之畔、清源山下，与华侨博物馆隔路相对，2006年5月正式对外开放。
中国闽台缘博物馆是反映祖国大陆（福建）与宝岛台湾历史关系的国家级专题博物馆。虽然它是后建的，但比泉州博物馆的规格要高。
闽台缘博物馆主体建筑面积23332平方米，采用“天圆地方”的设计理念，运用闽台两地传统建筑“出砖入石”的特色工艺，红白相间，浑然天成，充分体现了海峡两岸的人文精神与地域特色。
广场中央是个长 74米、宽18米的巨型水池，水面将主体建筑倒映在池中，非常壮观。这座大水池在设计时还特意将水池的源头抬高0.2米，因此注水会由里向外源源不断地流动，寓意两岸关系“源远流长”。
博物馆广场上，建有两个石雕九龙柱。这两座“九龙柱”，高19米、直径2米，是祖国大陆最高的一对“九龙柱”，柱上蟠龙腾飞，栩栩如生。
“九龙柱”重达135吨，前面的卧碑宽12米、高2.5米、厚1米、重达70吨，由一块完整的砻石构成。这块卧碑与一对“九龙柱”构成一组寓意深远的景象，以“九龙吐珠”象征海峡两岸同胞都是龙的传人，海峡两岸的关系坚如磐石。
“气势恢弘”是许多人看到中国闽台缘博物馆时的第一感觉，一座传统建筑与现代建筑完美结合的闽台建筑典范，该馆的中庭、走廊、客厅回廊等公共建筑都是采用闽南出砖入石的装饰技术，是一座名副其实的建筑博物馆。博物馆采用“天圆地方”的设计理念，四道斜阶斜穿屋面，不仅很好地凸显设计理念，而且成为主建筑“天圆”的馆顶到“地方”馆底平滑的过渡，达到了建筑美学的曲线美，成为该馆最鲜亮的“外衣”，非常抢眼。每道斜阶有108个台阶，可以直通馆顶的观景天台，纵览泉州市区全景。整座建筑充分利用红砖、白石，出色地体现人文精神和闽台特色，成为泉州标志性的建筑。
内部建筑格局，典雅大气宏伟。
泉籍旅美现代艺术家蔡国强在中国闽台缘博物馆成功爆绘了一幅巨型火药爆绘壁画。该画高18米、宽9米，面积达162平方米，创该类画世界之最，堪称是“世界最大火药爆绘壁画”。这幅爆绘壁画题为《同文、同种、同根生》，是蔡国强为中国闽台缘博物馆开馆的献礼之作。画面由一棵大榕树及树根构成，用火药在特制的大麻纸上爆破，炙烧绘成画。作品后面运用现代化LED灯光艺术和现代化电脑技术控制，将180个百家姓显像在这幅壁画上，由电脑控制与榕树交映显现出奇妙的图腾。这幅壁画寓意深远，象征着海峡两岸同胞同文同种、同根同源。
博物馆二楼为馆内的基本陈列《闽台缘》的展厅，陈列从历史学、考古学、人类学、社会学、民俗学等多学科角度，通过七个部分、二十一个单元、八十七个组合，以殷实的实物、文献、图片等资料，用举证的方式和对比的方法，从地理、民族、政治、经济、文化等诸多方面，科学、真实、直观、生动地阐述了台湾自古是中国的领土，祖国大陆人民与台湾同胞一脉相承、手足情深的历史事实。
主题馆的第一个部分为“远古家园”，分“陆桥相连”、“史前文化”二个单元。以砂岩材质模型再现远古时期海峡陆桥相连，古人类、古动物互相迁徙的地貌景观。同时，以单体展柜、大通柜照片、灯箱等展示闽台史前四个文化类型的考古实物资料，印证闽台两地一水相连，自古物种互播，人类互迁，两地人民共同创造了灿烂的史前文化，开辟远古的家园。
史前文化中，闽台先民创造了诸多原始文化。而台湾长滨文化和三明万寿岩文化以及漳州莲花池山文化的对比中，我们可以看到台湾长滨县出土的石片器、砾石偏锋砍器、细石器、手斧等文物，还有三明万寿山发现的旧石器时代人工地面、排水沟等遗迹，漳州莲花池山出土的刮削器等遗物。
早期出土的各种化石
各种石器
大坋坑文化与大陆新石器文化
海峡两岸新时期文化分布图
出土的各种陶器碎片
大坋坑新时期遗址发掘的陶器
发掘现场
出土文物
台湾圆山文化与新石器文化
台湾风鼻头文化与大陆新石器文化
出土墓葬
第二部分为“血脉相亲”， 分“闽越东徙”、“大陆民众迁台”二个单元，介绍自古越族以降的各个历史时期，东南沿海先民跨海东渡台湾, 他们在筚路蓝缕开发的过程中，以祖籍地作为在台定居地的地名，与祖地合修族谱，共建宗祠，同修祖厝，寻根认祖。两地保持血浓于水的密切联系。
早期的闽越人居所
宋元时期，大陆民众迁台
宗亲牌位
完颜氏青花盘
明清时期，泉、漳、汀三府迁台示意图
清朝移民浪潮
这座牌位也太高级了吧？
陶瓷香炉
这也是一个宗亲牌位
金饰木雕宗亲牌位
祠堂祭堂
家氏宗祠
美江家谱
祭祖的方式
家庙与家祠
祖坟
陈氏族谱
