进入本世纪以来，随着奇石由观赏与收藏性进入市场化运营，奇石资源得到疯狂性掠夺，短短一二十年间，有的奇石品种已经面临枯竭，为奇石文化的长远发展带来影响。如发现于2002年左右的广西大化县的大化石，在市场经济的恶意炒作下，加上固有的资源少和不可再生资源等因素，如今已面临着出水难与出水少的困局。
中国的四大传统奇石灵璧石、太湖石、昆石、英石因开采时间较久，加上近年来的狂挖滥采，更是面临着毁灭性的打击。一些奇石主产地，出于长远利益考虑，对奇石资源进行科学性开采和有效保护，出台地方性文件进行保护，有的不但不能采挖，而且捡拾带走也会受到经济制裁，最高的罚款2万元。进行地方性保护的主要有灵璧石、昆石、太湖石、泰山石四种：
灵璧石。1999年1月，灵璧县发布了《灵璧县灵璧石石资源管理办法》。2004年6月，宿州市政府又出台了《宿州市灵璧石资源管理暂行办法》。但是，虽然出台了对灵璧石的不少保护性法规，但如今的灵璧石还是没有躲过被盗挖的现象，资源枯竭已经初步显现。
昆石。昆石的主产地在昆山市玉峰山，其石体呈网脉状，洁白剔透，因此也叫玲珑石。2019年，当地政府有关部门张贴通告，禁止任何人进山开采昆石，不准在玉峰山上建筑，以保持自然生态。对于严重破坏山体资源者，要狠狠打击，决不能姑息。其实，昆石的保护自宋代就已有“永禁开采”的碑文记载，但当地百姓出于经济利益考虑，屡禁不止，就是今天仍然如此。
太湖石。太湖石又名假山石、窟窿石，在奇石界赫赫有名，是主要的园林石品种之一，皇家园林多以太湖石置景，如故宫御花园、北京颐和园的假山等。近年来，太湖石的主产地白岘乡也加大了对当地太湖石资源的保护，认识到不加节制的开采就等于搬起石头砸自己的脚，于是该乡成立了专业性协会，吸收50多家太湖石经营户加入，共同协商制订太湖石的保护措施。
另外，新疆与内蒙古、河北的不少地方，也出台了政策性文件，对局部戈壁滩奇石资源进行区域性保护，不允许游客进入保护区内捡拾戈壁石。
上述几种奇石虽然都出台了保护措施，但因属于地方性的柔性保护，其作用与意义不大，起不到震慑的作用，仍然存在私挖滥采的现象。而真正对奇石资源进行严厉性保护的应该属于泰山石。山东省出台发布了《泰山风景名胜区保护管理条例》，突出了涉及泰山石保护的内容。如在泰山风景名胜区内捡拾带离山石的，情节严重的，处2000元以上2万元以下的罚款。
其实，国家颁布有《矿产资源法》，奇石也属于矿产范畴，无论开采何种奇石，只要没有办理开采证和其它相关手续，无论情节是否严重，同样是一种违法行为。如钟乳石是严禁开采的，违者依法论处。
奇石爱好者在开采和捡拾奇石时，一定要遵守国家与地方性法律法规，特别是到泰山旅游，遇到再好的石头也不能轻易捡拾下山，否则就要面对2000元以上2万元以下的罚款了。
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