生物显微镜用于观察和研究生物切片、生物细胞、细菌、活组织培养、液体沉淀等。同时，它还可以观察其他透明或半透明的物体、粉末、微粒等物体。一般来说，显微镜是一种主要用于放大人类肉眼可以看到的微小物体的仪器。
显微镜是一种精密仪器。使用时一定要按照操作规程小心耐心。不要操之过急，也不要用力过猛，以免误操作损坏元器件。使用前，您应熟悉显微镜的结构和性能，并检查总零件是否完好无损。镜子上是否有灰尘，镜头是否干净，并做必要的清洁和调整工作。
显微镜初学者对其基本原理和结构知之甚少，做工粗糙也可能对显微镜的易损性造成致命影响。灰尘落入防尘光学元件表面不仅影响光线的通过，还会被光学系统放大后产生较大的污渍，影响观察。落入机械部分的灰尘和沙粒也会增加磨损，导致运动受阻，这也是非常有害的。
每次使用显微镜后，用擦镜纸擦拭目镜和物镜。不要随意旋转对焦螺丝。观察时，必须先用粗对焦螺丝调整焦距，看清楚图像后再用细对焦螺丝微调。由于精聚焦螺丝有一定的旋转范围，在旋转固定时，粗聚焦螺丝要反方向旋转，再用精聚焦螺丝调整。不要用力旋转，以免损坏齿轮。观察后，从载物台上取下载玻片时，必须先抬起镜筒，以防载玻片碰到物镜。
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