作为系列第三部作品，也是首款登陆任天堂SFC主机的“火焰之纹章”，本作不仅在画面方面有了长足的进步，而且补完了系列首作“暗黑龙与光之剑”的剧情。
游戏大体可以分成两个部分，第一部“暗黑战争篇”可以看作是“暗黑龙与光之剑”的重制版本，第二部“英雄战争篇”才是“纹章之谜”的主要内容。之所以这样安排，是因为制作人希望没有玩过前作的玩家也能尽快熟悉游戏的系统和故事，所以在“纹章之谜”的基础上增加了缩水版的前作，游戏内容达到冠绝整个系列的42章之多，显得非常厚道。
具体游戏流程一改前两作的高难度设定，此举受到很多新手玩家的欢迎，但同时又保持了极高的平衡性，哪怕有舞娘的二次行动这种强力技能，战斗过程也始终保持着一种难易度刚刚好的感觉，这一点在整个系列之中都属上乘。也正是因为这两个特点，让本作吸引了大量新粉丝，有力地拓展了“火焰之纹章”的知名度和影响力。
当然，说到吸引新玩家的利器，凭借SFC主机的强大机能大幅进化的画面以及出色的人设也功不可没，“火焰之纹章”系列的人物设定从此自成一派，凭颜值判断角色强弱的习惯也由此诞生。也正是得益于此，初期队伍中的小红、小绿、胖子重甲战士等形象变得更加深入人心，进而在之后的几乎所有相关作品中成为了系列的标准配置。
《纹章之谜》的最终销量达到77万份，这对一款当时还比较小众的SRPG来说无疑是相当不错的成绩，Fami通36分的评价也将本作送入殿堂级精品行列，“火焰之纹章”这一品牌从此正式跻身任天堂招牌产品阵容。而《纹章之谜》后来还在NDS上推出过重制版，在保证原作风味的同时引入不少与时俱进的新系统，画面也从像素颗粒的2D进化成3D（虽然效果很糙就是了），想要怀旧的话不妨可以考虑下这款作品。
时至今日，“火纹”的金字招牌已成为游戏界硕果仅存的S·RPG游戏，而在今年春季其系列最新作《火焰之纹章：风花雪月》还将登陆Switch，这是献给所有热爱策略战旗玩家的厚礼。
