神兽不一定具有唯一性，有些神兽因为太过罕见而被人认为是仅有一只的，但其实不是这样，有些神兽拥有一定的数量，尤其是二级神兽，当然我们能得知事情的真相大多得益于小智逆天的运气，在他的旅途中出现过太多的神兽了，接下来就让我们详细说一下！
三圣鸟
这三只传说中的鸟神奇宝贝算是神兽里面最为常见的了，先是在橘子群岛小智就遇到了三圣鸟，它们各自占领了一座小岛作为据点，它们一般是不会离开自己领地的，后来三圣鸟分别先后又出现过两次，因此可以判断它们并不是同一只。
火焰鸟第二次出现是在阿弘为主角的故事中，在他乘船来到火山岛的时候遇到了传说中的火焰鸟，而小智再度遇到火焰鸟还是在卡洛斯地区，小智劲敌之一的多罗巴为了拍到火焰鸟的照片一直苦苦寻觅，最终在小智的帮助下发现了火焰鸟，小智为了和火焰鸟化解误会还进行了对战，不过完全打不过。
而急冻鸟则是小智一个叫阿彻的摄影师同伴一定要拍一张它的照片，结果在差点被暴风雪困住的关键时刻反而被急冻鸟救了，最终阿彻心满意足的拍到了急冻鸟的照片，另外一次遇到急冻鸟是在对战开拓区的第一战中，这只急冻鸟和对战工厂的头目达拉先生是朋友，小智选择急冻鸟作为对手进行对战，对决中喷火龙发挥出色战胜了传说中的急冻鸟，一战封神。
三圣兽
关于这三只神奇宝贝有一个传说，是说当年烧焦塔中被困住的三只神奇宝贝被凤王复活后变成了如今炎帝、雷公、水君这三种神奇宝贝，但这三只神奇宝贝似乎并不是数量唯一的，因为除了传说中的那三只之外，剧场版《幻影的霸者 索罗亚克》中还有三只异色的三圣兽。
三神柱
这三只神奇宝贝是传说中雷吉奇卡斯所创造出来的，它们的制作材料非常易寻，因此它们的数量也不是唯一的，梦幻所在世界树中，三神柱是那里的守护者，负责阻止来犯的敌人，而对战开拓区的最后一站中，实力强悍的头目神代也拥有这三只神奇宝贝。
水都守护神
拉帝亚斯和拉帝欧斯这两只神奇宝贝也是二级神兽，它们同样也不只有一只，在剧场版中，它们是水都的守护神，还有能够超级进化的这两只神奇宝贝曾被胡帕召唤过来，另外金黄市的乔伊拥有一只拉帝亚斯，而神兽男达克多拥有一只拉帝欧斯，因此很多二级神兽都是有许多只的，而像银伴战兽也算是二级神，但它目前来说只发现了一只而已。
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