工程师要消灭人类的原因，可以通过电影中的细节找到答案。那么现在就奉上细节描述，
第一，在电影开头查理和伊丽莎白发现的考古痕迹是35000年前的遗迹。而到达外星飞船之后测定的那个死在门外的外星人工程师却是2000年前。说明工程师要消灭人类并不是特别久远的事情，至少35000年前，人类还是崇拜者工程师的。
第二，查理和伊丽莎白发现考古遗迹中的壁画，是很多小的人跪着，而高高在上的一个大点的人用手指着那六颗特殊排列的星星。在飞船中跟大家介绍的时候会发现每一幅远古的壁画都是这种格局。最最重要的是说的这么多古代文明中，为什么没有中国？？
第三，伊丽莎白经过测试发现工程师和人类的基因完全吻合。普罗米修斯号上的人争论中还说道完全无视三百年的达尔文进化理论。
第四，他们看到工程师逃跑进了储藏着各种罐子的仓库，而最后一个工程师没来得及进去，被自上而下关门将头颅给夹断了。为什么前面跑进去的工程师会对自己同类的头颅置之不理，以至于大卫他们进去的时候头颅还在门口？
第五，米尔班和费菲尔德迷路后，在走廊里看见很多的工程师遗体，说看起来像从内到外爆炸一样。而且伊丽莎白将带回飞船的头颅复活时，工程师的头颅也是自爆了。
第六，大卫他们第一次进到放着各种罐子的大厅的时候。就是工程师逃进去的那个大厅。大厅内有一颗硕大的头颅，而且大厅的顶端还有各种壁画。
第七，大卫和超级富豪皮特韦兰他们去工程师的驾驶舱，将最后一个工程师苏醒后，工程师并没有立即攻击他们。而是充满疑惑的看着他们，直到皮特韦兰让大卫告诉工程师他们此行的目的之后，先是慈祥抚摸了大卫的头部，然后突然发难。
第八，伊丽莎白在所有一切都毁掉之后，去工程师的飞船找到大卫的头颅时，第一件事情竟然是要回自己的十字架，而且大卫还问她，经历了这一切，你还有信仰？
第九，大卫能够看懂工程师的文字并且和工程师交流的原因仅仅是因为大卫研究了各种古文明的文字和语言。
第十，为什么工程师的飞船要在一个小山丘内？而普罗米修斯号船长将之称之为金字塔。
我想还有更多的细节有待去发现，但是这是个细节足以解开谜底。那就是为什么工程师要毁灭人类。。
我想工程师和人类的关系应该是这样的。电影开头第一个工程师喝下毒药分解后，没有被毁掉的DNA创造了生物和人类。但是工程师们并没有将第一个工程师的罪责怪罪到人类身上，而是当起了人类的神。于是各种古代文明都有对工程师的崇拜。这就是为什么第二个问题中那些古代遗迹的图片中都是一群跪着的小人围绕着一个大人的原因。为什么查理说的那么多文明中没有古中国文明，恰恰是因为他说的文明都有宗教崇拜，且中国文明并没有严格意义上的宗教崇拜的原因。
工程师不仅仅是古人类的神，而且深深的影响着古代人类的发展，甚至古人类的语音和文字都是在工程师的影响下创造起来的。至于金字塔之类的超过人类能力的神迹，更是工程师们的杰作。这就是为什么大卫能够通过学习古人类的语音文字从而达到和工程师文明交流的原因，也是为什么工程师飞船要在一个小山丘内的原因。
但是虽然工程师毕竟是人类的造物主，毕竟是人类的神，他们还是比人类要高级的，比如他们超级先进的科技，比如他们可以自爆以躲避被寄生虫的感染。这个时候的他们就是神话中奥林匹斯山上的众神。是人类崇拜和仰视的。而且工程师完全按照他们自己的社会去改变影响着人类的发展，比如工程师们也有自己的神。有他们自己的信仰。这就是第六个细节中大厅里有一个超级大的头颅的原因，而且大厅内顶有壁画。大厅内的大头颅很像佛教的方式，大厅内顶的壁画很像基督教教堂的方式。这也解释了为什么电影开头第一个工程师为什么喝毒药自毁的原因，可能是对神灵和信仰的亵渎，同时也解释了为什么逃掉的工程师都自爆的原因，因为他们有坚定的精神信仰，所以宁愿自杀也不会让寄生虫肆虐感染回母星。而电影中与之对比的就是维克斯将查理烧死在舱外，并且在后来得知外星飞船带着毁灭去地球的之后一心要逃跑的情节。这是人类不如工程师的地方。因为人类的自私。
那么到底为什么工程师们要毁灭人类呢？因为人类的对信仰的缺失，因为人类的自私。第一个细节中，人类在35000年前是崇拜神的，是崇拜工程师们的。但是人类后来终究放弃了对工程师们的信仰，变的贪婪而且自私。维克斯不让查理进飞船和逃跑等就代表着人类的自私，超级富豪皮特韦兰已经拥有一个超级帝国还幻想着永生就是贪婪。人类已经放弃了信仰，堕落成了贪婪自私的动物，更关键的是人类已经在工程师们的影响下发展出了文明。所以工程师们要动手消灭人类。这就是为什么工程师们死亡时间是2000年前的原因，因为就是那个时候工程师们觉得研究这种寄生虫去消灭人类的。2000前的人类是什么时候，正是人类已经堕落到极致，基督教中的上帝让耶稣降世背负人类所有罪责的时候。工程师就是做出毁灭人类的决定，并且准备实施的时候除了意外。可以说35000年前那些远古壁画中大的人像就代表着神，神指着六颗星星的原因并不是告诉人类他们来自哪里，而是告诉人类这是惩罚之剑。所以当大卫和超级富豪皮特韦兰将最后一个工程师苏醒后，工程并没有立即发难，因为他看着这么多人类围绕着他，以为这个崇拜和信仰的表现。而当大卫说出来的目的之后，工程师才明白人类已经变的更加贪婪。而且人类已经掌握了火种，不仅没有了对他们的崇拜，而且是来问工程师要更大的权力的。工程师温柔的抚摸了一下大卫，是对人类这个子民的最后一次爱。然后才突然发难。并且立即起飞去毁灭地球。正是因为信仰的缺失和自私贪婪的个性决定了这一切，所以伊丽莎白找到大卫后的第一件事就是要回自己的十字架。
至于普罗米修斯这个神话，我想导演的解读是众神对普罗米修斯的惩罚和唾弃并不是因为普罗米修斯盗取火种给了人类，而且因为普罗米修斯将火种给了贪婪自私还没有能力掌握火种的人类。看似是人类的英雄，实际上是助长了人类的自私贪婪和嗜血。
