在根除幽门螺杆菌的时候通常选择阿莫西林与与其他一种抗生素以及质子泵抑制剂，铋剂组成四联进行治疗。比如阿莫西林可与奥美拉唑、克拉霉素、以及枸橼酸铋钾联合使用用于幽门螺杆菌的根除治疗。
有人问根除幽门螺杆菌期间可以吃肠胃宁吗？该药是一种中成药，由十几种中药组成，肠胃宁对于幽门螺杆菌其实没有直接杀灭作用，对于胃肠疾病有一定缓解。阿莫西林是化学药物，属于抗菌药物，主要是针对细菌感染，阿莫西林是杀灭幽门螺杆菌其中一种抗生素。
中药和西药一般不建议同一时间服用，因为中成药中含有许多单一的中药，而每一种中药的化学成分又是非常复杂的，所以同一时间与西药服用，进入体内可能发生什么样的药物相互作用，并未可知，存在一定的安全隐患。
另外作为抗菌素来说，通常更不建议与其他药物一起服用，因为抗菌素是很容易发生过敏反应的，与其他药物同时服用，如果患者发生过敏症状，就搞不清楚是哪一种药物所致。阿莫西林口服制剂是使用率比较高的一种抗菌素，主要用于肺炎链球菌、溶血性链球菌、大肠埃希菌、葡萄球菌、钩端螺旋体等引起的呼吸道感染、急性支气管炎、扁桃体炎，鼻窦炎、咽炎等。
阿莫西林是时间依赖性抗菌药物，需要按时用药，每隔8个小时使用一次才能达到较好的效果，肾功能减退的患者需要减量。对于青霉素过敏或者青霉素皮肤试验阳性患者禁止使用阿莫西林，即使口服制剂也有可能发生过敏性休克。除了过敏症状，阿莫西林还有可能引起腹泻、腹痛等胃肠道反应，有的患者可能出现血小板减少，嗜酸性粒细胞增多等。
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