无论是中国还是外国，历史上都曾经发生过大规模的瘟疫流行。在今天的社会，人们普遍都有了很高的防疫意识，还有比较完善的医疗制度作为保障。可是疫情的蔓延还是会造成不小的伤亡。而且在古代医疗条件显然是更为低下的。我们不难想象，如果在古代一旦爆发大规模的传染病，整个国家都会面临着灭顶之灾。
我们就拿明朝末年的大瘟疫来说，客观来说，明末的大瘟疫在很大程度上改变了中国的历史轨迹。要知道明朝之所以会被清朝击败并取代，除了军心涣散、朝政腐败之外，造成全国人口疯狂锐减的恐怖瘟疫也是一个重要的原因。
根据明史中的记载，万历八年大同瘟疫大作，十室九病传染者接踵而亡。数口之家，一染此疫，十有九亡。这其中就说了这传染病传染性之强使得一人染病全家而亡。所以这个疫情很快就从大同传到了太原。第2年又到了辽州和陆安地区，大概就是今天的山西长治。并且史料中记载陆安染病者不敢问，死者不敢吊。也就是说即便是亲友之间活着的人也绝对不敢给死者吊孝。
有的家庭甚至是一家死绝，连个送葬的人都没有。万历十年瘟疫又传到了相邻的河北宣府地区，这是明朝北方的军事重镇，所以疫情在军中的传播对明朝的守备力量造成了极大的打击。按军中志的记载，人仲景一二日即死，民大头瘟，就是说士兵大规模的患病，症状是脖子和腋下生一个很大的脓包，严重的患病过不了两天就会吐血而亡。医生们按照张仲景流传下来的伤寒药方来进行治疗却完全没有效果。
50多年之后，到了崇祯年间，华北地区又爆发了一轮鼠疫的大流行。有些人怀疑这就是当年病毒的潜伏，因为这两次疫情的症状非常相像，但是和万历年间的比起来这次疫情则更为严重。
崇祯9年首先是在陕北的榆林、延安爆发。到了崇祯13年到17年，疫情在中国华北毁灭性的席卷了5年。有史料记载说，京城大疫人鬼错杂、白日城镇墙上及屋脊行走，每夜则痛哭咆哮，一巷百余家，无一家仅免，一门数十口，无一仅存者。意思是人死的太多，整个城里都笼罩着恐怖的气氛。白天似乎能看到死去的人排着队从墙头及屋顶上走过去。晚上则能听到人们连绵不绝的哀嚎声，令人触目惊心。崇祯16年，等李自成率军打进来的时候，整个北京城几乎成了一座死城。
至于究竟死了多少人，根本统计不过来。所以有人就提出了老鼠亡民的理论。可是瘟疫究竟为什么会爆发呢？有学者推测，是因为中原和蒙古地区交流更加频繁以后，草原上的鼠疫也被带了过来。游牧民族为了补充食物，经常会捕食草原上的黄鼠这导致了鼠疫的爆发。
另一方面就是明朝末期小冰河时期的出现造成了气候失常。从万历年间开始，中原一带一直爆发着各种旱涝灾害，久旱必有疫。连续的自然灾害使疫情来得更加的凶猛。气温的变化也导致老鼠成群的迁徙。由于大规模的饥荒，人们又不得不捕捉老鼠为食。再加上流民都是四方逃难的，众多因素都促进了鼠疫的传播。而明末政府由于一直处于内外交困之中，根本拿不出有效的治疫手段，于是疫情越来越严重，并且最终失去了控制。
在王朝交替的乱世之中，这一切都像是连锁反应。可是神奇的是，就在清军入关后的第2年，瘟疫忽然就止住了，整个华北地区也连续多年风调雨顺。
所以民间有些迷信的人说，清朝取代明朝就是天命所归，当然这不是科学的说法，客观上的原因应该是满族人世居关外。东北地区相对来说地广人稀，人口流动并不频繁，所以他们躲过了瘟疫的流行。而满清入关之时，由于几十年的连续战乱和各地的饥荒，许多城镇和乡村都成了大面积的无人区，瘟疫自然就被控制住了。所以从某种程度上来说，清朝也是从废墟上重建了一个帝国，保留并延续了中华文化的基本结构。这一点也可以说是中国历史不幸中的万幸吧。
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