1226年，蒙古西征胜利后，成吉思汗借口西夏迟迟不纳人质，以65岁高龄亲率大军第六次攻打西夏。战争异常激烈残酷，西夏先后失去灵州、盐州，江山岌岌可危。
1227年正月，成吉思汗发动了对西夏的最后一击。六月，西夏遭遇严重的地震和瘟疫，已走到穷途末路。而此时，成吉思汗也在六盘山区的清水（今甘肃清水）患了重病，在西夏投降前病亡。西夏主李晛投降后，蒙古诸将根据成吉思汗的遗命，一举杀死所有西夏王室权贵，西夏灭亡。
蒙古是一个拥有广阔草原的游牧民族，在还没有懂得农业的巨大经济效益之前，军队每占领一座城池，就会进行斩草除根式的屠杀，名为“屠城”。因此，蒙古帝国及元代初期，蒙古军队铁蹄每践踏一处，常常是血流成河，尸积如山。
1219年，成吉思汗率军西征，一路屠杀劫掠。1220年二月，攻下不剌花城，屠杀3万抵抗者；三月，屠杀3万多降卒；夏，攻占花剌子模的首都玉龙杰赤城，除了工匠被押送蒙古，年轻妇女和儿童掠为奴婢外，其余尽数屠杀。杀掠之后，还放水灌城，将藏在城中的人全部淹死，往日繁华的花剌子模首都变成一片水乡泽国。
在进攻中国北方的过程中，杀戮人口也十分严重。1214年，成吉思汗率军攻陷平州（今河北卢龙县）、河间（今河北河间市）、济南、太原等50多个府州，士兵也以杀人为戏，一时间“城郭为圩，暴骨如莽”，千里之内难见人烟。窝阔台时期，杀戮政策没有多大改变。1232年，蒙古军队攻下河南府（今河南洛阳），下令无论老幼一律诛杀，务必斩草除根，结果河南府剩下的居民不足千户。
1235年，窝阔台又出兵中原，还“凡城邑以兵得者，悉坑之”，不忍下手的士兵则以军法论处。1236年，阔端率军进入成都，将成都每50人编为一队，分别用刀刺死，城中死者达140多万，城外荒郊上尸骨不计其数。
而且，兵祸引起的疾病和饥馑也使百姓大批死亡。1233年，金都汴京（今河南开封）被攻破后，蒙古军强迫遗民北迁，途中饥饿和病疫夺去了许多人的生命，路旁尸骨随处可见。
连年不断的战祸，使中原人口锐减。1233年，中州户口统计仅“户七十三万余”。两年之后，燕京（今北京）、顺天（今河北保定）等36路，人口只有4754975。
也就是说，元代疆域辽阔，远远超过宋、金两朝，但是人口却大大低于宋、金，而蒙古帝国和元朝的杀戮政策是中原人口锐减的主要原因。
“以马上取天下，不可以马上治天下”，元朝的统治者同样遇到了和前代统治者一样的问题，用武力能夺得天下，但是用武力不能治理得了天下了。早在1219年，邱处机就劝过成吉思汗治国应“以敬天爱民为本”，长生应“以清心寡欲为要”。他还劝成吉思汗尊重汉地习俗，重视农业等等。
邱处机去世后，耶律楚材也多次向成吉思汗进言采用汉法，因忙于征战，成吉思汗无暇考虑怎样有效地治理占领区，所以耶律楚材没有得到重用，但是他晚年对窝阔台说：“此人天赐我家，尔后军国庶政，当悉委之。”窝阔台时期，耶律楚材参照汉法，建议军民分治，建立赋税制度，废除屠城政策，汉化取得了初步效果。
但是，在统一的过程中，南下元军的屠杀和劫掠，依然给各族人民带来了灾难。同时，蒙古军队的残暴行为也激起了各族人民的强烈反抗，增加了各族人民对蒙古统治者的仇恨，不可避免地使蒙古族与其他民族产生心理隔阂。
甚至，元朝已经统一后，1280年，福建还爆发了陈吊眼率领的反抗，攻入漳州城，各地百姓纷纷响应，队伍很快发展到10万人。直到1282年，元朝调集4省的军队，才将此次反元起义镇压下去。
元世祖忽必烈时期，还对海外用兵。1274年和1281年，两次进攻日本，均以失败告终，几乎两次全军覆没。第一次，征集水军1.5万人，大小战船900多艘；第二次，征集军队14万人，战船900多艘。而远征占城、爪哇，征海船100艘、战船2500艘，也获得了失败。元朝的这些海外战争，造成了巨大的人力、物力浪费，同时也证明了蒙古军队不擅长海上作战。
蒙古军队的屠杀和抢掠，在各族人的心里留下了难以抹平的创伤。到元朝末年，反元大起义基本上都是打着民族矛盾的旗帜。
刘福通起义，义旗上书写着“虎贲三千，直抵幽燕之地；龙飞九五，重开大宋之天”，就是有意利用民族矛盾，团结汉人抗元。并且，刘福通还立韩林儿为皇帝，称韩林儿为宋徽宗八世孙。结果，韩林儿做了皇帝后，成了民族主义的象征，使各地的起义都用上了韩林儿的年号。后来的明太祖朱元璋，也是以拥护韩林儿为名，打出了反元的旗帜。无疑，人民的反元情绪，是与蒙古军队的杀戮抢掠和统治者的歧视性政策有着直接关系的。
“得民心者得天下，失民心者失天下”。蒙古军用势不可挡的铁蹄占领了辽阔疆域，甚至还曾侵略占领过欧洲，但野蛮的征伐也在各地各民族种下了仇恨的种子，为灭亡埋下了伏笔。
当然，元朝很快灭亡，也与统治者内部不断争权夺位，相互残杀和火拼有关系，在短短的26年中（1307至1333）竟然换了8个皇帝。国本大伤，大大削弱了元朝的统治能力。最后一个皇帝妥欢帖睦尔，1333年嗣位时，年仅13岁，他面临一个政治腐败、财政枯竭、民不聊生、反抗不断的局面，再也无力回天了。至1368年，妥欢帖睦尔被明军逐出大都，逃往应昌（今内蒙古克什克腾旗西），元帝国在中原的统治宣告结束。
,
