1945年8月9日，第二颗原子弹在长崎爆炸。此前三天，广岛爆炸了人类历史上第一颗实战原子弹。
相比东京、京都、横滨等城市，无论人口、规模、军事、经济，广岛和长崎都远不能与其比较。为什么美军会选择这两座城市作为目标?他们的依据又是什么?
1945年4月，为了确定轰炸的城市，美国“曼哈顿工程”的负责人与陆军航空兵的专家组成目标选定委员会，要从日本城市中挑出4座，2座为首要轰炸目标，2座作为备选。
最初的候选名单由美国陆军航空兵战略航空参谋长诺斯塔德准将(Lauris Norstad)开列， 17个日本城市依次为：东京、川崎、横滨、名古屋、京都、大阪、神户、广岛、吴、下关、山口、八幡、小仓、熊本、福冈、长崎、佐世保。
从军队的角度来说，目标重要性越高，震慑效果越好。但这是人类第一次原子弹实战，遴选的标准要综合文物保护、科研、战后管理等因素，尤其是对原子弹现实破坏性的测量。
因此，城市当时被破坏的程度至关重要，程度越小，越可以准确评估原子弹的威力。其次，投放城市不能太大，也不能太小，最好将破坏控制在一定范围，更方便美军专家事后评判其威力。这样，东京、大阪、名古屋这几座面积大、同时已破坏严重的城市就剔除了。佐世保、吴等小城市也随后被删除。
多方考虑后，5月10日至11日，委员会选定了第一批城市：
1.京都，AA级目标
2.广岛，AA级目标
3.横滨，A级目标
4.小仓，A级目标
但是“曼哈顿工程”负责人格罗夫斯把这份名单提交给马歇尔时，遭到了陆军部长亨利·史汀生的反对。史汀生在20世纪初担任菲律宾总督，期间多次造访京都，对这座优雅而美丽的千年古城感情很深，京都传统而悠久的文化给他留下了深刻印象。史汀生称，京都对日本人有巨大的感情价值和宗教意义，如果将其毁灭，将给战后管理带来很大的困难。
格罗夫斯显然不接受这个理由。他反驳道，京都市区里有264公顷已查明的和195公顷待查明的工业区，正在生产机床、精密机械、飞机零件，以及无线电和火控仪器，是最有价值、最重大的军事目标。但史汀生坚持己见，并向马歇尔力陈不可轰炸京都的文化、政治理由。
马歇尔实际认为是否轰炸京都无关紧要，在他的计划中，即使不用原子弹，几个月后也得用燃烧弹和高爆弹轰炸。无奈的史汀生找到了杜鲁门总统，劝说他将京都从名单中划掉，并继续禁止对其常规轰炸。杜鲁门同意了。
小男孩
但是，美国军方和科学家仍然坚持京都为首要目标，他们列举了一条十分实际的理由：京都坐落在盆地中，街道都是方形网格状，最适合评估原子弹轰炸效果。7月21日，陆军部向在波茨坦开会的杜鲁门总统发去电报，请求把京都重新加入轰炸名单，结果被拒绝。
7月24日，作为京都的替代品，长崎被列入原子弹轰炸名单。但是这里地形多山，并不能很好地测试原子弹的效果，所以，1945年7月25日，杜鲁门最终下达对日进行原子弹轰炸的指令时，目标城市的优先级为：广岛、小仓、新泻、长崎。
胖子
8月6日8时15分17秒原子弹“小男孩”从9600米的高空中笔直地落了下去，在广岛上空580米上下爆炸。
8月9日，美军准备对第二目标小仓投弹，并将长崎作为备选。但小仓的天气十分不利，装有原子弹的轰炸机“博克之车”在云层上空穿梭了3次仍未找到缺口，最后向第二目标长崎飞去。
10时58分，原子弹“胖子”被投下。
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