神盾局的故事发生在复联1纽约大战之后，菲尔特工在纽约大战中被洛基贯穿心脏死了，局长尼克弗瑞想尽办法将其救活，并让他带队组建一支神盾局特工小队。
斯凯是"涨潮"组织的一员，该组织利用高超的黑客技术，挖掘被隐藏起来的信息，在将其公之于众，而神盾局作为充满秘密的组织，经常被他们光顾，更被涨潮组织视为邪恶的存在。
有一天，斯凯亲眼看到了一位超级英雄，他从熊熊燃烧的高楼中救下了一位被困的女士。为了这位超级英雄不被神盾局抓获，斯凯积极主动与其接触，但对方不想暴露在人们的视线中，最终斯凯仅知道他叫做迈克。
不久后，斯凯在自己的秘密基地被菲尔抓住，但出乎她意料的是，神盾局的人并没有对她严刑逼供，反而是想招降斯凯。
在此期间，斯凯得知迈克并不是超级英雄，而是被蜈蚣计划改造的超级战士，在迈克即将暴走的时候，斯凯与菲尔小队一同化解了危机，最后沃德用新研究出来的子弹救下了即将爆炸的迈克。
通过接触，斯凯对神盾局的看法转变了，并以顾问的形式加入了菲尔小队。
至此，特工小队人齐了:精神领袖菲尔（持续追寻自己复活的秘密），武术大师兼飞行员梅（经常通过秘密线路与某人报告），行动专家沃德（技能高超的模范特工），物理科学家兼发明家菲兹，生物科学家西蒙斯，超级黑客斯凯。
六人处在磨合期，开始了神盾局的职责，守护。有可能守护一个人，也有可能守护全世界。
期间，特工小队也负责处理代号0-8-4事件，未知来源不明物体的回收与处理，斯凯也渐渐融入了神盾局特工的角色，敏锐的菲尔发现了斯凯仍然有秘密。
原来斯凯不知道自己的身世，搜索了能找到的所有信息，最后只有神盾局的一个报告，因为此，斯凯才接近神盾局，希望得到自己身世的真相。
菲尔帮助斯凯调查，并将结果告诉了斯凯，原来她是0-8-4…
得到真相的斯凯没有消极，反而用自己积极的态度影响了菲尔。
在深挖蜈蚣计划中，幕后主使"千里眼"浮出了水面，他就像全知全能的神一样，可以"看"到许多东西，唯独不能看到菲尔复活的经过，使得他对菲尔志在必得。
在经过一系列事件之后，菲尔小队意识到"千里眼"并没有预言的能力，他只是掌握了神盾局高权限，一切的一切都指向了高级特工汉娜。
随着距离"千里眼"越来越近，他的本来面目也浮出水面，死灰复燃的"九头蛇"组织。九头蛇组织展开了大规模的攻击，并强迫菲尔小队一行人来到了神盾局中心。
在中心内，经过殊死搏杀，"千里眼"的真实身份并不是汉娜，而是特工约翰·加勒特。他是第一批改造战士，一直潜伏在神盾局内。
看似一切结束了，神盾局胜利了，沃德和汉娜一同押解加勒特前往神盾局关押特殊罪犯的监狱，怎知在飞机上，沃德突然叛变，原来他与加勒特一直都是一伙的，可以说沃德深得卧底工作的精髓。
加特勒虽然是改造战士，但他的身体将要走到尽头，为了让自己不死，非常渴望得到让菲尔死后复生的秘密，最终，他如愿以偿，得到了让菲尔和斯凯复活的神秘药剂GH325。
在最终的决战中，菲兹和西蒙斯被沃德扔在了海底，二人凭着自己的知识逃了出来，但菲兹因为缺氧导致部分大脑坏死；菲尔在突然出现的佛瑞局长帮助下打败了加特勒。
在大战中，神盾局被彻底毁灭，九头蛇占据上风。佛瑞最后将局长的位置传给了菲尔，让菲尔按自己的想法重建神盾局，可谓是不破不立，虽然经历了一次毁灭，但也消除了内部的隐患。
花裙子蕾娜最后出现，原来她一直都是斯凯父亲的手下，一切只是为了将斯凯带到他眼前，蕾娜的目标是人类的计划，她最终的目的到底是什么呢？
#科幻美剧#
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