翼龙作为统治天空数百年的中生代霸主，吸引了很多古生物学家。一直以来对于飞行爬行动物的智商以及体温问题的争论也是众说纷纭。有的科学家认为它们和大多数爬行动物一样，是冷血动物，还有人则认为它们是恒温动物。有人认为飞行爬行动物作为鸟类的祖先，智力可以和鸟类相媲美，还有一些人则认为大部分翼龙的智力低下，根本不是鸟类的对手。
许多翼龙头上都装饰有骨冠。这些头冠似乎有两个功能。一是视觉显示，用于区分彼此，也吸引雌性的关注。另一功能是稳定飞行。翼龙的几种突出的波峰足以影响空气动力学的动物的飞行。
对翼龙头部的研究
要搞清楚飞行类爬行动物的治理问题，就必须研究它们的头骨。许多的翼手龙身上发现在生长在头后方的骨冠。这些骨冠的大小不等，从一个小肿块，到像无齿翼龙那样长而惊人的骨冠。在不同的种类中发现、后者有两个基本的波峰形状，一种骨冠长的，从头后方突出，几乎和喙一样长。另一个是宽斧形，位于头骨盖顶，在眼睛上方。这些大的骨冠肯定作为一种舵转向影响动物的空中运动。它可能是一个性别特质，骨冠的大小可能取决于性别间的差异，科学家发现这些骨冠只是翼龙成熟的一种标志，与它们的智力并无关系。一个翼龙头骨脑壳有许多控制大脑和身体的其他部分之间的关系的线索。这些神经连接的证据可以以孔的形式出现在大脑通过神经螺纹连接大脑的其他器官。
翼龙可能和鸟类一样聪明
提莉埃是最早研究灭绝生物大脑结构的科学家之一。1927年，她出版了基于它们的脑腔铸型翼龙的大脑的一个重要研究。她发现翼龙的脑部，相比于现代爬行动物更像现代鸟类。这十分令人吃惊，因为像恐龙一样，翼龙是从早期的爬行动物进化而来的。然而，它们的大脑更像是那些和它们大小、形状、地点相近的鸟类的大脑。从晚侏罗世翼龙的大脑比始祖鸟的大脑更像现代鸟类，已知最早的鸟类生活在时间问题中的翼龙一样。最近的工作由古生物学家底波拉・S华顿得出结论，翼龙的大脑和现代鸟类一样发达。
翼龙的大脑和其他爬行动物相比，翼龙大脑已经大大扩大，视野有显著的差异。这是非常有意义的，因为一个飞行的生物，俯冲和抢夺猎物必须有卓越的视力。翼龙的大脑和鸟类进化得相似，因为它们过着相似的生活方式。食肉动物依常自己的感官来定位和捕捉猜物。飞的超验意识发展的平衡和视觉的动物。在大脑中控制这些能力的部分，随着转向机动，较发达的翼龙的大脑比鳄鱼，非鸟类恐龙和其他爬行动物。鸟类的大脑以类似的方式发展，强调大脑的发展，致力于飞行，视觉和平衡。
飞龙类的体温之谜
古生物学家说到飞行爬行动物，恐龙体温的问题一直是热烈辩论的来源。从翼龙研究的早期，科学家们得出结论认为，这些生物吸热，没有外温。温血动物的体温调节内部源相关的心脏和循环系统。它们不依赖于环境为热源的凹痕可以保持持续时间的身体活动。哈利是翼龙研究进行中最伟大的古生物学家之一。在1864年，他说，这些飞行的爬行动物可能是温暖的。根据他的结论，翼龙的血会在拍动翅膀时上升温度，简单的事实。为了停留在高处，一个飞行生物需要长时间的拍打翅膀。
认为翼龙是热血的间接证据支持的其他几个理由是:它们的骨头表明翼龙的生长是迅速并不间断的，就像今天的鸟。翼龙也许是恒温动物的间接证据中，最引人注目的是它们的中空的骨头。像鸟一样，翼龙似乎有一个复杂的气囊连接到它们的肺部网络。气囊分布整个身体，甚至存在于一些骨头四陷中。这对于热血的翼龙来说有两个显著的好处。首先，它允许空气流通在整个身体，并保持它冷静。劳累过度和过热问题是鸟类和翼龙共有的问题。其次，由肺循环的空气通过骨幣和回到肺部，可以从空气中吸收更多的氧气。肌肉需要氧气才能正常工作，所以这个呼吸气囊系统帮助翼龙利用氧气输入最有效的吸热监管系统的支持。
越来越多的证据都表明一些翼龙可能有毛发，这也就意味着翼龙很有可能是温血动物，这种飞行的爬行动物身披毛状纤维，可以用于保温，减缓热损失。遗憾的是翼龙和现代鸟类相差甚远，甚至连远亲也算不上，它们的智商到底与鸟类相比孰高孰低，至今还没有定论。
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