太平天国运动是中国历史上一次规模宏大的农民起义，洪秀全则是这次农民起义的杰出领导，但到了1864年6月1日，太平天国处于生与死的边缘。那天，清军几十万大军已包围天京城，太平军在京城外的防御工事几乎全部崩溃。祸不单行，此时洪秀全又突然去世！
关于洪秀全的死亡，历来众说纷纭。主要的说法有两种，一是说他因病而死，另一种说法认为他是绝望自杀。离豫明在《洪秀全》一书中认为洪秀全是因病而死。该书说由于长期的劳累与斗争，再加上太平天国内棘手的事务使他健康状况不断恶化。据书中记载，洪秀全5月中旬病倒，6月1日病死。钟文典著《太平天国人物》中则说当天京被围，“性情激烈而又不肯失志”、极其自负的洪秀全，日夜焦躁，但又无计可施，卧病三日，终于在1864年6月1日逝世。
一般近代史教科书基本上持“病死说”，如曾作为大学历史系教材的《中国近代史》（中华书局1979年版）就明确写道：“天王洪秀全因病逝世。”但20世纪60年代出版的不少历史书，如郭沫若的《中国史稿》、范文澜的《中国近代史》、牟安世的《太平天国》、束世徵的《洪秀全》等均说洪秀全是“服毒自杀”。
洪秀全在5月30日即他死的前日发布了一条诏令，说：“大众安心，朕即上天堂，向天父兄领天兵，保固天京。”这可看做他不愿被俘，决心以身殉国的临终遗嘱，而且自杀选择比较符合他一贯的性格特点。洋人富礼赐曾在《天京游记》上说：“天王五十一岁，身材高大，体格健壮。但待厌倦尘世之时，将有龙车自天下降，彼将乘之上升。”这种说法也在一定程度上附和了自杀说。在天京危急之时，洪秀全曾写一首诗明志，说：“神爷试草桥水深，为何吃粥就变心？不见天兄舍命顶，十字架上血漓淋。不见先锋与先导，立功天国人所钦！”有人认为在这首诗里，反映了他要以耶稣舍身上十字架和先烈萧朝贵、冯云山为榜样，献身于革命理想和事业的决心。另外，太平天国的军事总统帅李秀成在《李秀成自述》中说：“九师之兵处处地道近城。天王斯时焦急，日日烦躁，即以四月二十七日服毒而亡。”洪仁玕在《洪仁玕自述书》中也说：“在我们之中其享福最久者，首推天王。起自广西田间首事诸人，惟彼存留至最后，而其结局并非丧在妖军之手，却在自己之手。”另外曾国藩给朝廷的奏稿也为自杀说提供了依据。另一份奏折里，有一个来自掩埋洪秀全遗体的人的口供：洪秀全于“四月二十七日，因官军攻急，服毒身死，秘不发丧”。（见《曾文正公全集·奏稿》卷二十）此外，在一些史料中还有对洪秀全自杀细节的说明。在李秀成部下任职多年的英国人岭喇在《太平天国革命亲历记》一书中写道：“敌人逼得太平王吞金自尽。”赵烈文在《能静君士日记》同治三年六月十九日（1864年7月22日）的记述说：“昨日擒伪松王姓陈，浔州人，言伪天王实于四月内死，或言知事不谐，吞金而绝。”
“病死说”的支持者认为，像洪秀全这样一个伟大的农民起义领袖不可能服毒自杀。“自杀”是阶级敌人和封建文人的“诬蔑”之词。白寿彝主编的《中国通史》中说，天京被围后，“城中被困缺粮，饿死者日增，洪秀全命‘合城俱食甜露，可以养生’。甜露是《旧约》圣经神话中上帝从天降下的一种食物，洪秀全这里所指的是一种草。他自己久食此草，因而得病”，最终去世。因而“病死说”论者认为，20世纪60年代，曾国藩后人公开的李秀成自供“手迹”不一定是李秀成亲笔所为。而且《李秀成自述》中的“天王斯时（四月）已病甚重，四月二十一日而故”与洪仁玕说的“卧病二旬升天”、幼天王说的“老天王病死了”说法相似，可作为病死说的证据。
持这两种说法者双方各执一词，针锋相对，而洪秀全之死这一疑案还是没有彻底解开。
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