剧场版《air~真心为你》中，是《EVA》老版动画真正的结局。
在TV版的设定中，绫波丽是“莉莉丝的容器”，她的身体是用碇源渡的老婆碇唯DNA克隆培养出来的，用来装莉莉丝的灵魂。碇源渡对她特别上心，一方面是因为“睹物思人”念自己老婆的旧情，另一方面是想通过绫波丽来控制莉莉丝的意志，以完成自己计划。
至于碇源渡计划的内容，还是需要从头开始解释：
40亿年前莉莉丝随“黑之月”坠落到日本箱根，这次巨大的碰撞产生的碎片在引力的作用下形成了月球，并被后世称为“第一次冲击”。此后LCL液体从莉莉丝的体内不断流出，汇入海洋。可以说LCL是地球生命的最初形态，而人类也诞生于LCL之海。换言之，莉莉丝是地球上所有人类的“母亲”。
另一方面，根据SEELE在南极发现的死海文书记载。当使徒接触亚当，或者是完整的莉莉丝被EVA处刑，都会引发“第三次冲击”造成人类灭亡。
但SEELE信奉的是“人类需要主动赎罪”，如果是使徒引发的冲击就算不上是赎罪，所以“人类补完计划”的一切都围绕着在约定之日“处刑莉莉丝”来进行。所以NERV一边造EVA阻止使徒入侵，一边等待“约定之日”的到来。
期间发生了两个巨大的转折，第一次转折是SEELE发现，碇源渡有自己的阴谋，他并不想遵从SEELE的指示杀死莉莉丝。
用SEELE的台词来讲就是：碇源渡打算让亚当和莉莉丝融合，自己成为“神”。对于成神之后究竟会发生什么动画中并没有多说。但可以确定的一点是，成为了“神”的碇源渡，可以如愿以偿的再次见到自己的老婆。这就是碇源渡将亚当胚胎移植到手中，又与绫波丽融合的目的所在。
答案说到这也就有了，但事情并没有结束。
还有第二次重大的转折，二号绫波丽为了救碇真嗣战死之后，真正的感情开始觉醒。重新启用的3号绫波丽，干的第一件事就是想毁掉自己曾视为珍宝的碇源渡的眼睛。从这个时间点开始，绫波丽、以及她代表的莉莉丝的意识，已经不是碇源渡所能掌控的了。所以在与亚当融合之后，绫波丽舍弃了碇源渡。
最终的结局是，绫波丽带着亚当的胚胎，回归了莉莉丝的本体。“使徒与亚当融合”这一条件达成，莉莉丝有了引发第三次冲击的力量。并且她遵从了碇真嗣的意志“要大家一起消失”。
于是第三次冲击在碇真嗣的催动下发生了。所有人类的灵魂重新回归莉莉丝，身体化作LCL之海，一切都回到了人类诞生之前的景象。
不过虽说这种结局并不是碇源渡的本意，但他还是通过这样的方式再次见到了唯，完成了自己的愿望。
,
