这部影片是根据，犹太基督宗教故事改编的，充满了欺骗和阴谋，真正敌人不是使徒，而是一小部分狂热宗教徒。人类，使徒，亚当的灵魂熏，莉莉丝的灵魂绫波丽，都被Seele无情的欺骗，利用，特别是丽子博士母女2人，贡献自己智慧和肉体给男主父亲玩弄，十足渣男。
世界之初，有一株神树，结有生命之果（永恒生命），智慧之果（智慧），亚当是神创造第一个生命，被称为第一使徒，之后亚当又生了12个使徒，包括自己在内是13个，12个使徒吃了生命之果，获得永恒生命，智慧不足，第13使徒莉莉丝吃了智慧之果，没有永恒生命，只能通过繁殖来延续生命，这就是人类由来。
生命之树死后化为朗基努斯（死亡之枪）和希望之矛。亚当是生命之祖，使徒如果取得对方果子，回归亚当身体，可以创造新的生命。使徒，莉莉丝和人类，对目前状况非常满意，所以共同决定封印亚当和莉莉丝，封印工具就是这2把神枪，只要拔出来，他们都有感应，白之月是用来收集所有使徒生命之果，黑之月用来收集所有人类身上智慧之果。
被封印亚当和莉莉丝被藏在生命禁区南极，称为第一次冲击。由于人类没有永恒生命，年代久远，这个秘密被当成了宗教传下去。 到了近代2000年时候，人类活动范围增大，一群心理极度空虚宗教徒组织Seele在南极发现了被封印亚当和莉莉丝，死海文书，朗基努斯之枪，知道了如何创世的方法
seele这群教徒对世界不满，想重新创世，一个疯狂的创世计划诞生……人类补完计划。他们拔出了亚当身上神枪，亚当复活，愤怒亚当引发大爆炸，造成了第二次冲击，全球半数生命灭绝，地轴偏转，其中就有葛城美里老爸，多半是被灭口。
为了赢得最后胜利，Seele掩盖真相，说是陨石袭击南极引发大爆炸,祸及全球。为了消灭使徒，他们做了充足准备:
第一，分离亚当的肉体和灵魂，肉体还原成了尼布铠甲钥匙，灵魂做成了熏，并且忽悠他:你是第13使徒。
第二，把真正第13使徒莉莉丝（人类始祖）伪装成亚当，并且在她身上插了2把神枪，作为诱饵，藏在日本地底下，灵魂被抽出来做成了绫波丽，因为使徒只能根据神树化成神枪感应亚当所在，所以使徒为了阻止人类疯狂计划想夺回亚当，保护起来。
第三，人类力量太渺小，为了对付强大使徒，他们复制了亚当肉身，制造出人形使徒武器，因为来源于亚当，所以叫:Eva，意思是生于亚当。初号机是莉莉丝肉身复制的，作为备用，第一使徒亚当肉身被还原成尼布铠甲钥匙。Eva没有灵魂，所以必须找驾驶员。
故事男主老爸是一个典型宅男，心理极度自卑，只知道读书，却被男主老妈踮唯大美女喜欢上，结果两人是王八看绿豆，对上眼了，生下了男主角，他们都是超级宅男冬月学生，在冬月带领下接触了人类补完计划。男主母亲无法阻止人类补完计划，为了保护儿子，主动献出自己灵魂让初号机夺走，2号机夺走了明日香母亲一半灵魂，母爱伟大啊。后来研究发现，虽然是复制品，由于力量过大，所以给所有Eva加了固定器，限制Eva力量，不再发生夺取灵魂事情。男主老爸疯狂，好不容易找到这么漂亮老婆，现在老婆没了，为了能见到老婆，夹带私货，决定跟Seele合作，实行人类补完计划成神，创立了Never，虽然与组织计划有点出入，但大部分都是一样的，组织也是睁一只眼闭一只眼。
不明真相的使徒被和被Seele欺骗的全人类展开了你死我亡的战争，整个动漫，使徒没有乱杀无辜，反而是Seele消灭了全人类，这跟日本人说他们素质高，一边往海里倒核废水一样异曲同工之妙。
随着战争白热化，初号机意外获得使徒生命之果，成了无限接近神，破除了身上固定器，而人类补完计划仪式被提上日程:简单说就是消灭全人类，让全人类回归黑之月成智慧之果，然后利用手中忽悠的亚当，完成融合，生命之树诞生成神后决定新世界未来，也能见到自己老婆。
由于初号机过早的觉醒引起了调情专家加持良治和踮的情人例子博士的怀疑，经过调查发现了整个事件真相:使徒消灭人类全都是谎言，他们只不过想夺回亚当保护起来，只不过智慧有限，被欺骗了。
当11个使徒被消灭后，假的第13使徒熏（亚当灵魂，人类身体）被忽悠从内部进入中央教条实现融合，决定未来世界，熏发现了中央教条根本不是亚当肉体，而是是莉莉丝肉体插着2把枪，自己和剩余12个使徒全被骗了，决定自杀，阻止seele计划。
既然计划暴露了，卸磨杀驴的NEVER决定铲除所有挡道的人，其实很多人不愿意参与补完计划，他们是被欺骗的，打了半天才发现Seele组织这群死宅男，自己空虚，想灭世，但是大部分人和死徒都不想灭世，搞了半天真正敌人是带头大哥Seele，使徒竟然是友军。被Seele利用了，大家一起组成了wund反抗Seele，才有了破版，Q版，和终版
在终版里面，男主父亲直接把自己肉体与亚当肉身融合，具有了不死之身，利用初号机莉莉丝肉体，准备祭天仪式，男主才发现自己为啥那么宅，那么自卑，原来是遗传，自己老爹是个落弱无能的人。最后祭天仪式虽然成功了，但男主还是和普通人一样觉得世界很有希望，没有走Seele路子，也没有消灭亚当和莉莉丝而是选择之前和平共存的路。
最后影片结尾，看到了亚当莉莉丝，也收获了自己爱情，友情，不过代价很大。自己背上老爹和SEELE黑锅，脖子上一直带着项圈，象征惩罚，果然主角不是那么好当的
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