1911年，清朝被推翻，于1912年1月1日中华民国成立。而仅仅就在几天前，蒙古在1911年12月29日宣布“独立”，沙俄以蒙古宗主国为由承认其独立。但是，中华民国并不认可其独立，但匆匆开国的民国缺乏足够的力量应对蒙古独立的力量。
辛亥革命
1912年11月3日，沙俄不顾当时民国各势力的强烈反对，时任驻华公使廓索维茨在库伦与外蒙“内阁总理大臣”那木囊苏伦签订《俄库条约（俄蒙协约）》及《俄蒙协约专条》，俄国以支持蒙古自治换取在外蒙享有排他行商业地位。
俄蒙协约
1913年11月5日袁世凯的北洋政府为换取沙俄援助与沙俄签订了《中俄声明文件》5条和《中俄声明另件》4条，沙俄虽表面上承认外蒙古为“中国领土的一部分”，但北洋政府承认了《俄蒙协约》的内容和外蒙古所谓的“自治权”，其内容对华更为不利。北洋政府让步，不在外蒙驻兵、殖民、设官，承认外蒙自治，承认《俄蒙协约》及其专条，换回俄国承认中国在外蒙的宗主权，基于宗主权而衍生出俄国承认外蒙古为中国领土一部分。中国对蒙权力已由主权沦为宗主权，实际默认了沙俄对外蒙古的控制权。
袁世凯
1915年6月7日北洋政府和外蒙自治当局与沙皇俄国在恰克图签订《中俄蒙协约》在形式上取消了外蒙的“独立”，代之以“自治”，但外蒙仍有权与外国缔结有关工商条约，俄蒙商约依然有效。《协约》签定当天，袁世凯宣布册封哲布尊丹巴呼图克图汗，所有外蒙王公喇嘛的爵职名号一仍其旧，赦免所有参加库伦独立之人。条约确认了《中俄声明文件》、《中俄声明另件》和《俄蒙商务专条》的效力。恰克图条约模糊的承认中国对于蒙古的宗主权，但是却承认蒙古除此之外的其它方面都实行自治。
1917年，俄国爆发十月革命，之后苏联政府于1917年和1919年两次发表对华宣言，宣布废除沙俄与中国签订的不平等条约，但实际上继续支持外蒙古独立。苏维埃俄国在1919年7月25日发表对蒙古声明，称外蒙古是一个独立的国家，要与之建立外交关系。
十月革命
1918年3月3日，苏维埃俄国对德国单独媾和。为此，3月8日，日本决定对中国求签订防敌协定，以便武装干涉俄国革命，并趁机侵占中国东北地区。3月25日，中日两国（北洋政府）于东京就共同防敌进行换文，4月30日，西原龟三给段祺瑞政府二千万日元的有线电信贷款（西原借款），同年5月16日签订《中日陆军共同防敌军事协定》，又于19日签订《中日海军共同防敌军事协定》。5月30日，中日双方在北京互换批准书，并公布《中日共同防敌换文》（所谓防敌，是指十月革命后的苏维埃俄国。当时，各列强武装干涉俄国革命。日本企图乘机侵略俄国，并独占中国东北地区。“协定”的主要内容是：
中国与日本采取“共同防敌”的行动；日本在战争期间可以进驻中国境内；日军在中国境外作战时，中国应派兵声援；作战期间，两国互相供给军器和军需品。通过“协定”，日本派出大批军队进入中国东北，日本迅速取代了沙俄在东三省北部的侵略地位。）
西原龟三
段祺瑞
1919年，由于沙俄白军与红军均陷入内战而无暇顾及外蒙古，因此蒙古的亲俄势力逐渐转弱。再加上沙俄利用俄蒙协约实行垄断攘夺，不断贬值卢布，使蒙古王公平民遭受严重经济损失，激起外蒙的怨恨，转而倾向于中国。到1919年6月，觊觎蒙古的白俄蠢蠢欲动，试图武力进犯外蒙，哲布尊丹巴及库伦当局大为恐慌，向都护使陈毅（比陈毅非彼陈毅）要求北洋政府派大军入蒙、加以保护。双方达成《改善蒙古未来地位的六十四条》，但是被由喇嘛控制的“议会”否决，于是外蒙古王公单独组成请愿团，进京直接向徐世昌大总统请愿，要求立即将外蒙撤销自治。在请愿书上签名的有外蒙自治官府的“外长”公车林多尔济、“司法总长”车臣汗那旺那林、“陆军总长”曼彦多尔济郡王（赛音诺颜部将军），以及各部次长。随即有所仰仗（是指关东军，北洋军阀最擅长玩的就是在东北地区在沙俄和旧日本帝国之间玩平衡，但随着十月革命到来，北洋军和日本人联手把俄国势力赶出东北。自己也被日本人所抛弃，这个算是报应吗？）的皖系军阀段祺瑞派徐树铮以便能够结束蒙古的自治，把蒙古收回到皖系军阀的直接控制之下。时值俄国内战时期，因此也无法阻止这种违反以往已签订条约的行为。
徐树铮
第二阶段 自治到实际独立：1920年当白军主力被打败的时候，俄国贵族罗曼·冯·恩琴正在西伯利亚与苏共红军作战。他带领残部800余人越过边境线，逃入了蒙古的境内。罗曼·冯·恩琴宣称改信喇嘛教，并于1921年2月击败高在田（由于直奉战争的爆发徐树铮率大部撤回关内参战，只留少量军队留守）率领的北洋军。扶植以建立第八世哲布尊丹巴为皇帝的君主立宪政府并宣布独立。罗曼·冯·恩琴在外蒙大肆推行暴政。哲布尊丹巴曾回忆说，恩琴挖出敌人的内脏，用来喂自己豢养的狼。为了筹措军费，恩琴将库伦居民轮流关进监狱，让他们待在特制的板条箱里，逼其亲属拿钱赎人。哲布尊丹巴小心翼翼地请求恩琴给他更多世俗权力，但恩琴却放肆地拍着哲布尊丹巴的脑袋。觉得受到侮辱的哲布尊丹巴秘派使者拿着求救信前往日本、北京甚至拉萨达赖喇嘛处求援。有一封求救信恰恰落在亲苏俄的蒙古人民党手里，该党两大领袖乔巴山和苏赫巴托尔都希望借助苏俄之手铲除恩琴，进而谋求外蒙古独立。仅过去6个月之后，苏共认为罗曼·冯·恩琴是内战的遗留问题，并派苏联红军围剿残敌。
罗曼·冯·恩琴
1918年末至1919年初，在十月革命的影响下，蒙古先后成立了两个秘密革命小组——牧民出身的达木丁·苏赫巴托尔领导的库伦小组和霍尔洛·乔巴山领导的领事坡小组。1920年6月在苏俄的帮助下两个小组合并组成统一的组织。1921年3月1日,在恰克图举行第一次代表大会宣布正式建立牧民阶级的政党——蒙古人民党（1925年3月改称蒙古人民革命党） 1921年11月25日蒙古人民党建立君主立宪蒙古，1924年11月26日蒙古人民共和国成立，宣布从中国独立。当时北洋政府并不承认蒙古国的独立。蒙古国成了苏联的仆从国，表面上独立，实际上屈服于苏联。
乔巴山
苏赫巴托尔
1911年到1925年之间虽然俄国（苏联），日本，及西方各国等都基于各自利益考量对于蒙古的地位都有参与争斗。但却碍于各列强在中国境内利益平衡拉拢中国境内各势力的考虑都不太敢明着支持蒙古独立，退而求其次改为自治。北洋政府却为了派系利益，获取列强援助的私利半推半就的与沙俄，日本签订了各种不平等条约，协定。模棱两可的承认了蒙古的自治权力，彻底放弃了对其的主权而仅剩面子上的宗主权。如果当时没有这些各种条约协定的掣肘，而像东北地区一样事实上驻军。否认其自治权，不放弃对其主权声索而不是宗主权。民国后期到建国初期也不是没有收回的可能。毕竟，西藏和新疆也曾经不完全在内地政权的控制之下。如果北洋政府也搞了这些个幺蛾子在新疆西藏，可能今天我们要去看布达拉宫可能需要签证，吃新疆葡萄干，哈密瓜可能被收关税。而中华民国一直处于内外交困的处境中，南方兴起的国民政府从北伐战争、中原大战、十年内战，到1931年九一八事件和1937年全面抗日战争爆发，自顾不暇，无力处理外蒙古问题。其间1928年国民党军队在外蒙东部边界与苏军发生了小规模战斗，之后再没有进入外蒙古。
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