作为5pb.妄想科学系列的第二作，命运石之门无论是游戏还是动画都获得了极大的成功。销量、口碑、人气，几乎可以说一时无两。虽然与前作Chaos;Head同样是中二气息浓厚的伪科学故事，但在人物刻画与性格设定、伪科学逻辑的合理性、故事张力与结构等方面可以说都已经超越了前作。
中二大学生冈部伦太郎和好友兼实验室伙伴的桥田至一同去某个科研发布会，他们遇见了18岁就成功在美国科学杂志刊登论文的天才少女牧濑红莉栖。然而冈部在几个小时前刚刚目睹了少女倒在血泊中，更让人费解的是，伦太郎把这一事件写成的短信，居然发到了一周前……
命运石之门的成功是多方面的，但最重要的原因还是那令人拍案叫绝的剧情与结构。
初看石头门或许会觉得无聊，中二大学生与傲娇少女重复着科研日常，所以许多人难以忍受前期的慢节奏而在12话之前弃番。但是正是有了前期细致的铺衬与谜题积累，中期的节奏爆发才更具有吸引力。
整个故事前期，伦太郎以为利用电话时光机改变现实而使世界线一步步偏移，导致青梅竹马的真由理难逃死亡命运。而在后半部分，为了避免悲剧，又再次将世界线逆转回原点。这个过程中，贯穿于故事主线中的一个个巧妙而隐蔽的伏笔被挑出，令人惊叹之余，也不得不佩服脚本那惊人的架构力。故事进行到这里，已经足以令观众折服，却又峰回路转——逆转回最初的世界线，便有回到了逃脱牧濑红莉栖死亡的世界，那个一直隐而不发却一直贯穿始终的红莉栖死亡谜题也终于得到解答，整个迷局中最关键的一点，竟然在第一话就已经设置好了。
就像是那个古老的命题——恋人与母亲掉到河里，救谁？不论怎样选择，妹妹一样的青梅竹马和深爱的恋人中，似乎必须牺牲一个。在这样一个看似无解的逻辑悖论中，伦太郎最终靠着未来自己的鼓励，成功“欺骗世界”，进入了一个所有人都能幸福的命运石之门世界线。在燃与感动中，给整个故事画上了完美的句点。
除剧情外，石头门的人物塑造也是近乎完美。
动画很好地将游戏每位角色线的剧情通过改变现实—回到最初，这样一个过程整合在一起，每一段分剧情又把每个次要角色不同于主线中的里性格进行了剖析，大多数角色也因此变得有血有肉，立体丰满了起来。
女主角牧濑红莉栖可以说是傲娇典范之一了，但是不同于多数动漫中表现出的ACG化、符号化的傲娇，助手的傲娇还是颇有真实感的，不禁让人觉得：也许现实中也存在这样的性格呢……具备优质“萌”属性却不显得空洞飘渺，助手的人气之高实属合情合理。
主角冈部伦太郎，一个表面上中二到让人感觉羞耻的大学生，唯一具有世界线移动后保留之前记忆能力的“观测者”。制作组对伦太郎的心理刻画是相当成功的，随着剧情推进，我们明白了伦太郎变得中二也是为了安慰失去亲人的真由理。而在反复时间跳跃，避免真由理死亡过程中内心的逃避与坚持；逆转回原有世界线，却要在红莉栖和真由理中做出选择的痛苦、挣扎，无不令人感同身受。
结局在天台上，饱经沧桑人到中年的伦太郎通过手机对年轻的自己说出那句El psy congroo的时候，无数观众在燃与感动中泪目了。赌上性命欺骗世界，拯救所有的人，在这个中二度爆表却又燃成渣的行为中，伦太郎也证明了“中二拯救世界”不是一句戏言。
不同于混沌头脑单纯以假想支撑的伪科学逻辑，命运石之门的伪科学中参杂了不少科学界现有，但无法证实的假说，也就让这种逻辑看起来更具有了可信性。
对于时间的好奇与敬畏，是每个人都存在的感情。人类在可以触摸的物质宇宙中尚且只是渺小的一点，在浩淼的时间长河中更是极易迷失的存在。所以对于时光机的设想，从没有停止过。但是如果真正拥有了时间穿越的能力，又会怎样？
人的一生会有无数的遗憾，选择任何一边，就意味着放弃另一种可能性。假如拥有了改变过去的能力，真的就会变得更幸福吗？真由理，琉华子，菲莉斯，桐生萌郁，乃至伦太郎本人，都在改变过去的过程中失去了更重要的东西。与其对曾经的遗憾念念不忘，也许珍惜现在才是更好的选择吧。
伦太郎欺骗世界拯救所有人的行为固然感人，然而这终归不过是仅存于二次元的，美好的愿望。而在现实中，α与β世界线之外，并不会有一条命运石之门世界线供我们选择。
