德川家康统一全日本后，为巩固德川氏的政权，按与德川氏的亲疏关系，将全日本的大名分为亲藩、谱系、外洋等三类。将亲藩分封到经济富庶之地或军事战略要地，而在这些亲藩中，又以德川家康的九子德川义直（尾张藩），十子德川赖宣（纪伊藩），和十一子德川赖房（水户藩）最亲，此三藩被称为“御三家”。
御三家被准许使用德川的姓氏及家徽，而其他的庶脉旁系却只能使用旧姓“松平”。当幕府宗家无子嗣时，原则上可以从这御三家中迎入养子以继承幕府宗家。但由于水户藩位於江户幕府的东北方，在风水上属“鬼门”方位，而鬼门所入的是为鬼邪，会使幕府有覆灭的风险。故而，又戒令不得从水户藩迎入养子。但水户藩离江户很近，藩主往返甚是便利，常辅佐将军执政，故在幕府中的地位要比其他两家要高一些，因为被称为“副将军”。
除此御三家之外，第8代幕府将军德川吉宗，让其次子德川宗武另立田安家、四子德川宗尹另立一桥家。之后的第9代将军德川家重，让其次子德川重好成立清水家。此三家又被确立为御三卿，同样拥有使用德川的姓氏、家徽及继承幕府宗家的资格。御三卿在血脉上与幕府宗家更近，但家格却远不如御三家。
可另人吊轨的是，幕府的末代将军--德川庆喜，却恰恰是来自於水户藩。按理说，水户藩没有承继幕府宗家的机会。但是，德川庆喜却先被出继给了一桥德川家，又从一桥德川家（御三卿之一）再出继到幕府宗家。
如果说来自於水户藩的德川庆喜，成了幕府的末代将军只是个巧合。那么，在幕末时代，那场轰轰烈烈的倒幕运动，其思想的源头却正是自於水户藩的“尊皇攘夷”学说（水户学）。水户学起源於水户藩的第二代藩主德川光圀主修的《大日本史》（日本史记），德川光圀尤其尊崇儒家的朱子学说，还礼请了流亡日本、向日本乞兵抗清未果的明末大儒朱舜水到水户藩讲学，并协助管理藩政。
而朱子学说，是主张“尊皇”的，故而在德川光圀主修的《大日本史》中，全书也都贯彻了儒家的那种“大义名分”的尊皇思想。尊皇思想在水户甚为盛行，被称为水户学说。影响日本近代历史的樱田门外之变，也是因水户藩而起（攘夷）。就连幕府的末代将军德川庆喜，由于出生在水户藩，其自小就受这种盛行的“尊皇学说”的影响，而自觉是“乱臣贼子”。
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