柯南第三次变回工藤新一是在《迷宫的十字路口》剧场版中。毛利小五郎受到京都的山能寺住持的委托，让他们解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像，同时服部平次在调查窃盗集团成员被害事件，后来窃盗集团绑架了山远和叶，柯南服下药变回新一代替服部去救和叶。
刚开始会因为人物的描边模糊感觉到不适，但慢慢的习惯后你会发现这是一部十分好的剧场版，舞台设计、浪漫画面、角色情感、剧情设计和文化气息都十分唯美，而且时不时会响起的京都的传统音乐，空气中弥漫着的浪漫气息，这部剧场版实在是浪漫。
这部剧场版虽然也有工藤新一和毛利兰的感情线，还是服部平次和远山和叶的感情线为主。
樱花树下的和服小女孩，伴随着飘落的樱花，小女孩在吟唱着儿歌与拍打着皮球，一个小男孩在顶着脚尖趴在窗户安安静静的看着她。
一眨眼的功夫，小女孩不见了，只落下一颗透亮的水晶珠，而后被平次捡起当作定情信物，这颗水晶珠还和平次一起登上当地的杂志。
八年过去了，这两个小孩也长大了，并成为了青梅竹马，他们就是服部平次和山远和叶，但由于他们并不知道他们在八年前有过这样的相遇，所以和叶一直以为的第三者其实是她自己。
山远和叶被窃盗集团绑架了之后，新一假扮成服部平次的样子救了她，但由于新一服用的药效不稳定，很快两个人有再次遇险，紧急情况下真正的服部平次出现了，救了两人。
危险过去后，远山和叶不经意的吟唱起当年的那首歌，服部平次意识到，原来那个想念八年的女孩一直就在身边，她就是和叶。真的是首尾呼应啊。并通过此次事件和知道真相后，两人的情感更加的好了。
回到“新兰”这边，由于和叶被犯人们抓住了，而柯南利用引发重感冒的药和白干酒再次变回工藤新一，然后去救和叶，但自己也由于重感冒加上白干酒的功效不稳定，导致身体不听使唤，紧急情况下服部平次出现救了新一和和叶。
新一托着重感冒的身体先走了，遇到要被犯人们发现的小兰，然后在背后救了她。通过缓和的背景音乐和月光的照射，新一从黑暗中逐渐清晰，新一和小兰再次相遇了。让小编感到惊险中带有浪漫，有那种有情人终于能相见的快乐和幸福。
可快乐的时光总是短暂的，新一用麻醉针射晕了小兰，自己的药效也要过了，随之变回了柯南。小编每次看到新一要变回柯南或柯南变回新一时候的那种痛苦，都十分心疼，不知道大家会不会。
而后，小兰一直觉得自己是不是这是一场梦，柯南发现后通过摇晃汽水打开喷射出来，让小兰掏出手巾，看到自己为新一擦过的汗。
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