笛卡尔在近代哲学中第一个将几何学方法引入哲学，把“我思故我在”作为形而上学的第一原理，以主体性原则为近代哲学奠定了基础，确定了方向。他将哲学体系比做一棵大树，树根是形而上学，树干是物理学，树枝是其他科学。
1 方法论和认识论笛卡尔认为，要想重建哲学的基础，关键在于科学的方法。首先，数学这种抽象而可靠的方法完全可以改造为哲学的方法，其次，形式逻辑三段论也能够使我们的推理严密而精确地进行，于是笛卡尔开始创立一种包含几何学和形式逻辑的新方法，努力避免两者的缺点并吸收其优点，从而进行严密地推理并且获得新的知识。
1.1 方法论原则
笛卡尔在《方法谈》中提出了四条规则，以确保理性演绎的正确进行。
第一条:“决不把任何我没有明确地认识其为真的东西当做真的加以接受，也就是说，小心避免仓促的判断和偏见，只把那些十分清楚明白地呈现在我的心智之前，使我根本无法怀疑的东西放进我的判断之中。”（普遍怀疑）
第二条:“把我所考察的每一个难题，都尽可能地分成细小的部分，直到可以而且适于加以圆满解决的程度为止。”（分析）
第三条:“按照次序引导我的思想，以便从最简单、最容易认识的对象开始，一点一点逐步上升到对复杂的对象的认识，即便是那些彼此之间并没有自然的先后次序的对象，我也给它们设定一个次序。”（综合）
最后一条:“把一切情形尽量完全地列举出来，尽量普遍地加以审视，使我确信毫无遗漏。”（归纳）
1.2 理性演绎法
笛卡尔以几何学为模型，将演绎法看做哲学的根本方法。一般说来，笛卡尔的理性演绎法包括两个部分，即直观和演绎。
所谓“直观”是指“理智直观”，它是一个清晰而周详的心灵的无可置疑的概念，仅仅由理性之光突然而出；所谓演绎，就是从业已确知的基本原理出发而进行的带有必然性的推理。
由此可见，理智直观的作用是为演绎提供进行推理的基本原理，演绎就从这些基本原理出发，形成一个具有普遍必然性的推理过程，最终形成科学知识的体系。
笛卡尔要求哲学的基本原理必须满足两个条件：第一，它们必须是明白清晰的，人心在注意思考它们时，一定不能怀疑它们的真理；第二，我们关于别的事物方面所有的知识一定是完全依靠那些原理的，以至于我们虽然可以离开依靠于它们的事物，单独了解那些原理，可是离开那些原理，我们就一定不能知道依靠于它们的那些事物。笛卡尔称这些基本原理为“天赋观念”。
1.3 天赋观念
“天赋观念”是笛卡尔哲学乃至唯理论哲学的基础。按照笛卡尔的观点，科学体系所要求的清楚明白、无可置疑的基本原理不可能来源于感觉经验，只能是与生俱来的天赋观念。
天赋观念直接呈现说：笛卡尔根据观念的来源不同，把观念分为三类：一类是天赋的、一类是外来的、一类是由我制造出来的。外来的观念依赖于感觉，虚构的观念借助想象，而天赋观念则出于纯粹理智。天赋观念的特点是：首先，它决不能来自感官或想象，而是存在于理智中的，仅凭我们的理解得来的。其次，它必须是清楚明白、无可置疑的。最后，它是普遍有效的，是对事物的本质的认识，是永恒的真理。总之，所有一切不是来自感觉经验，不是来自主观的虚构，只能来自纯粹的理性思维的东西都是天赋的。
天赋观念潜在发现说：天赋观念是潜存在我们心中的，需要学习和训练才能把它们从其他观念的掩蔽和混杂中发现出来。
天赋观念潜存说：天赋观念实际上是一种潜存的能力，一旦经验诱发它就能产生这种观念。这种“生产观念的能力”、“思维的能力”，并不是实在地而是潜在地存在着的，是某种倾向或禀赋。
1.4 怀疑方法
笛卡尔认为在所有的知识真假难辨的情况下，唯一妥当的办法就是对一切知识和观念都采取怀疑的态度，通过普遍怀疑来寻找无可置疑的真理。
所以笛卡尔说：“如果我想要在科学上建立起某种坚定可靠、经久不变的东西的话，我就非在我有生之日认真地把我历来信以为真的一切见解统统清除出去，再从根本上重新开始不可。”他的怀疑与怀疑论的怀疑有所不同：怀疑论以怀疑为目的，笛卡尔的怀疑则是一种方法和手段。正是运用这种“方法论上的怀疑”，笛卡尔开始了重建形而上学的工作。
2 形而上学笛卡尔的伟大性贡献就在于，他不是以存在或实体，而是以“我思”亦即主体作为形而上学的第一原理或逻辑出发点，并且由此出发来确立上帝存在和物体存在，可以看做是形而上学史上的一次革命。既奠定了其主体性原则和理性主义的基本特征，同时也使之始终难以摆脱二元论的限制。
2.1 我思故我在
笛卡尔从普遍怀疑出发，首先肯定了“自我”的存在。在他看来，“自我”的存在是完全自明的。因为，我虽然怀疑一切，但有一件事是怎么也不能怀疑的，那就是“我在怀疑”这件事本身，而怀疑活动是思想活动，所以说我在怀疑也就是我在思想。既然我在怀疑、思想是无可怀疑的，那么作为怀疑主体的“我”的存在也就是确定可靠的了。换言之，怀疑必然有一个怀疑者在怀疑，思想必然有一个思想者在思想。于是就得出了“我思故我在”这个命题。笛卡尔把“我思故我在”看做是绝对可靠的真理，甚至认为连怀疑派的任何最狂妄的假定都不能使它发生动摇。于是他把这个命题当做形而上学的第一原理。
笛卡尔通过普遍怀疑确定了“自我”的存在， 那么“我”是什么呢？一方面，我因为怀疑或思想才能存在；另一方面，如果我停止了思想，我就不存在了。所以，我发现只有一种属性属于我，与我不可分，这就是思想。因此，“严格来说我只是一个在思维的东西，也就是说，一个精神、一个理智或一个理性”。这就是说，“我”是一个心灵实体，这个实体的全部本质或本性只是思想，它不需要任何地点以便存在，也不依赖任何物质性的东西。笛卡尔所说的“思想”范围很广，它包括一切意识活动，诸如怀疑、领会、肯定、愿意、想象、感觉等等。
笛卡尔的“我思”具有划时代的重要意义，为近代哲学奠定了反思性、主体性原则和理性主义等基本特征，标志着近代哲学的开端。他通过怀疑这种否定性的方式将思想的形式与思想的内容分开，由此而确立了主体的独立地位，并且以之为一切思想或认识的基础。然而，他把这一认识论的反思转化成为本体论的结果，亦即认为我是一个思想实体，却是不合法的，同时留下了一道二元论的难题。
2.2 关于上帝存在的证明
我们虽然可以通过怀疑来确定“我”的存在，但这也表明“我”的存在是不完满的。既然如此，在我的思想中怎么可能有比我更完满的观念存在呢？我是从哪里得到这个比我更完满的东西的思想呢？我们只能认为有一个更加完满的存在将这个观念放进我的心灵之中，这个完满的存在就是上帝。
笛卡尔还说，既然我并不是完满的，那么我就不是唯一存在的实体，必然有一个更加完满的实体作为我的依靠，而我的一切都来源于他，因此上帝是存在的，而我的存在在我的生命的每一时刻都完全依存于它。
就我们会被欺骗、会犯错误的原因而言，笛卡尔指出：首先，上帝赋予我们区分真假的能力不是无限的，其次，错误是由于认识能力和自由意志这两种原因同时发生作用造成的。
2.3 关于外部事物存在的证明
笛卡尔形而上学的第三原理是“物质存在”。既然上帝是一个完满的实体，所以我也就确信上帝是不会欺骗我的，因为欺骗和谬误这些非实在的东西与上帝这样一个绝对实在的完满属性不相符合。这就是说，由于确信上帝的实在性和完满性，我现在也确信物质世界的存在。笛卡尔说：“凡是我们十分明白、十分清楚地设想到的东西，都是真的。”在证明了上帝的存在之后，这条规则就有了根据：它之所以是可靠的，只是因为上帝存在。
笛卡尔从普遍怀疑出发，确定了心灵、上帝和物体三个东西的存在，他称之为“实体”。他说：“所谓实体，我们只能看做是能自己存在而其存在并不需要别的事物的一种事物。”因此真正符合这个定义的实体只有上帝。笛卡尔又说，“实体”的定义可以在相近的意义上运用于不同的对象。所以从相对的意义上说，心灵和物体也可以称为实体，除了上帝之外，它们不需要任何其他东西而存在。
心灵与物体是两个独立的实体，上帝是笛卡尔二元论必不可少的补充，既保证了物质世界的真实存在和我们观念的实在性，又保证了心灵与物体之间的一致性。
2.4 心身问题
当笛卡尔通过普遍怀疑确立“我思”的存在时，他坚决主张心身二元论，即两者是相互独立、互不干涉的实体。由于这种二元论难以解释心身之间显而易见的相互关系，也无法说明心灵对身体的认识问题。因此笛卡尔仔细研究人体解剖学和生物学，他找到了大脑中间我们一般称为松果腺的腺体，认为它就是心灵与身体这两个运动过程的交换台。这就是笛卡尔的心身交感论。
3 物理学在自然哲学领域，笛卡尔持一种机械唯物论的立场：笛卡尔的物理学以广延为物体的根本属性，以相对位移的机械运动来说明一切自然事物和现象，将宇宙看做是一部大机器，认为动物也是自动的机器，与灵魂不同的身体也是机器，从而为近代机械论的自然观奠定了基础。
3.1 物体即广延
物体的本质属性是广延，所谓“广延”指的是具有长、宽、高三向量的形体。
笛卡尔承认物质世界的客观实在，认为具有广延性的物体是占据空间的实体，因而广延与空间是同一的。由此出发，笛卡尔认为虚空是不存在的，我们通常所说的虚空是指在一个场所中没有我们假设为应有的东西，但还存在着别的东西。
广延作为一种量的特性是可以分割的，因此我们也可以推断，不可分割的物质部分如原子是不可能存在的。
不仅微观世界无限可分，而且宏观世界也是无限延伸的，物质世界是一个统一的有广延的实体。
3.2 运动及其规律
在笛卡尔看来，物质的形式多样性都依靠于运动。所谓运动乃是一个物质部分（或物体）由其紧相邻接的物体（或我们认为静止的物体）移近于别的物体，亦即“相对的位移”。它是实体的一种存在方式，不是实体本身。运动是绝对的，静止是相对的。
他认为运动的原因有两种，一是普遍原因，二是特殊原因。所谓普遍原因亦即“第一原因”，它是世界上所发生的一切运动的总原因或最高原因，即上帝。所谓特殊原因实际上是运动的现实原因，指的是物体的个别部分获得它们所没有的运动的原因，即物体之间的作用与反作用。
